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Classification taxinomiques



  1. #1
    AurelienSTE

    Classification taxinomiques

    Bonjour à tous,

    Je me pose des questions au sujet des classification taxinomiques.
    -Celle de Woese, en 3 domaines: archées, bactéries, eucaryotes. Mais alors il ne décrit pas de règne, donc pas d'embranchement, ni de classe etc ?

    -Celle de cavalier-Smith, sans domaines (?), mais en 1 règne, et 6 clades: .Bactéria (prokaryota)
    .Protozoa Chromista Fungi Plantae Animalia (Eucaryota)

    Est ce exact ou manque t-il des choses ?

    -----


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  3. #2
    Cyrille999

    Re : Classification taxinomiques

    Bonjour à toi,

    Il "n'existe plus" de règnes, embranchement, etc.... que des clades même si par facilité de compréhension ces termes peuvent être encore utilisés. Donc tu peux fusionner les 2 classifications:

    3 domaines: Archées, Bactéries et eucaryotes: Dans le clade des eucaryotes, il y a les clades (règnes pour ceux là) Fungi Plantae Animalia

    Après, tu apprendras que ça bouge toujours la phylogénie, que les compréhensions sont pas encore figées ou stables, que ça s'affine en fonction de la connaissance en biologie moléculaire et que plusieurs arborescences-classifications peuvent cohabiter dans le paysage scientifique par manque d'éléments ou de compréhensions, les divergences peuvent apparaître sur un clade qui démarre pour un auteur à un certain moment et pour d'autres, à un autre moment en fonction de l'ancêtre commun.

    C'est un domaine (la cladistique) très dynamique au moins encore pour des dizaines d'années !

    Tu y trouveras donc des bouts de cladogrammes différents --- mais le clade mammalia pourra toujours être considérée comme la "classe mammifères" (à utiliser avec précaution, voire à rayer de ton vocabulaire) tant qu'il n'y aura pas de réorganisation découpant ce clade.

    Voilà, j'espère que je n'ai pas dit trop de conn.....

    Cyrille
    La connaissance est la matière première de l'Intelligence.

  4. #3
    AurelienSTE

    Re : Classification taxinomiques

    Ben je ne sais pas si tu as dit des conneries, mais pour moi qui débute en biologie j'ai besoin dans ma tête de pouvoir classer d'une certaine manière le vivant.

    Je suis stupéfait de savoir que les embranchement, classe, ordre etc n'existent plus a priori "officiellement".
    En bio végétale et animale, nos enseignants classent toujours les espèces comme cela. . C'est difficile à comprendre. Prenons l'exemple des végétaux: ils sont donc eucaryotes et.... c'est tout? Plus de distinctions Gymnospermes/angiospermes, Taxacées/Cupressacées/Pinacées etc... ??

    Je me suis fait un petit "schéma" réunissant modèle de Woese et de Cavalier-Smith. D'après tes explications, disparaissent alors Protozoa et Chromista....


    Donc 3 domaines: Archées , Bactéries , Eucaryotes

    Le domaine eucaryote serait subdivisé en 3 règnes: Fungi , Plantae, Animalia

    Comment sont alors subdivisées les domaines Archées et Bacteries ? (en quel règne en fait).

    Merci.

  5. #4
    Cyrille999

    Re : Classification taxinomiques

    Citation Envoyé par AurelienSTE Voir le message
    Ben je ne sais pas si tu as dit des conneries, mais pour moi qui débute en biologie j'ai besoin dans ma tête de pouvoir classer d'une certaine manière le vivant.

    Je suis stupéfait de savoir que les embranchement, classe, ordre etc n'existent plus a priori "officiellement".
    En bio végétale et animale, nos enseignants classent toujours les espèces comme cela. . C'est difficile à comprendre. Prenons l'exemple des végétaux: ils sont donc eucaryotes et.... c'est tout? Plus de distinctions Gymnospermes/angiospermes, Taxacées/Cupressacées/Pinacées etc... ??

    Je me suis fait un petit "schéma" réunissant modèle de Woese et de Cavalier-Smith. D'après tes explications, disparaissent alors Protozoa et Chromista....


    Donc 3 domaines: Archées , Bactéries , Eucaryotes

    Le domaine eucaryote serait subdivisé en 3 règnes: Fungi , Plantae, Animalia

    Comment sont alors subdivisées les domaines Archées et Bacteries ? (en quel règne en fait).

    Merci.
    Bonjour à toi,

    Déjà, excuse pour le délai !

    Ensuite: Oupps, j'ai oublié les Protista, un règne des eucaryotes qui comprend les protozoa

    Et grâce à ta question, je peux illustrer ma réponse "ça bouge dans la phylogénie"; Pour beaucoup d'auteurs, les chromista font partie du règne "Prostistes"; Et pour Cavalier-Smith (et ceux qui sont d'accord), c'est un autre embranchement, voire un règne à part !
    Les deux wiki en anglais et française se complètent en explication:
    http://en.wikipedia.org/wiki/Chromista
    http://fr.wikipedia.org/wiki/Chromista

    J'espère que ça va clarifier les idées (et comprendre qu'il existe parfois 2 ou plusieurs visions concurrentes...),
    Cyrille
    La connaissance est la matière première de l'Intelligence.

  6. #5
    Cyrille999

    Re : Classification taxinomiques

    Citation Envoyé par AurelienSTE Voir le message
    Ben je ne sais pas si tu as dit des conneries, mais pour moi qui débute en biologie j'ai besoin dans ma tête de pouvoir classer d'une certaine manière le vivant.

    Je suis stupéfait de savoir que les embranchement, classe, ordre etc n'existent plus a priori "officiellement".
    C'est pas qu'ils n'existent plus, c'est que le mélange de l'ancienne classification dite "classique" ne reposant pas sur la biologie moléculaire ne peut pas être toujours fusionnée avec la nouvelle (et plus véritable) qui repose sur celle-ci; Pour te donner un exemple, tu as toujours dans la nouvelle classification, le clade de Mammifères et d'hexapodes; Dans la nouvelle classification, leur emplacement d'apparition est plus pertinent et ne se trouvent pas au même niveau; Dans l'ancienne classification, c'était "classe" et ils étaient au même niveau; Tu peux toujours évidemment parler de classe d'hexapodes ou de mammifères mais .....

    Citation Envoyé par AurelienSTE Voir le message

    En bio végétale et animale, nos enseignants classent toujours les espèces comme cela. . C'est difficile à comprendre. Prenons l'exemple des végétaux: ils sont donc eucaryotes et.... c'est tout? Plus de distinctions Gymnospermes/angiospermes, Taxacées/Cupressacées/Pinacées etc... ??
    Les plantes, ça a jamais été mon truc; Mais oui, il existe toujours des clades qui différencient tout ceci;

    2 références pour toi qui peuvent t'aider:
    Classification phylogénétique du vivant 3ème édition de Guillaume Lecointre et Hervé le Guyader
    Dico de Bio de Romaric Forêt (seconde édition), où il y a plusieurs tableaux sur le sujet

    Cyrille
    La connaissance est la matière première de l'Intelligence.

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    Amanuensis

    Re : Classification taxinomiques

    Citation Envoyé par AurelienSTE Voir le message
    Je suis stupéfait de savoir que les embranchement, classe, ordre etc n'existent plus a priori "officiellement".
    C'est surtout que l'ancienne classification n'est plus "maintenue", il n'y a plus de tentative d'aligner les différents auteurs autrement que selon la classification phylogénétique. Et comme celle-ci évolue au gré des nouvelles analyses, il y a instabilité structurelle. Normal que les enseignants et bien d'autres gardent un peu l'ancienne classification (ou l'une des ...) pour se fixer les idées. Faut juste savoir jongler avec les deux, l'ancienne et la "classification phylogénétique en construction".

    Prenons l'exemple des végétaux: ils sont donc eucaryotes et.... c'est tout? Plus de distinctions Gymnospermes/angiospermes, Taxacées/Cupressacées/Pinacées etc... ??
    Ce n'est pas à ce point-là... Les végétaux "à l'ancienne" sont toujours là, du moins pour les "végétaux supérieurs". C'est la lignée verte, qui se divise à peu près comme dans le temps.

    C'est surtout la notion d'algue qui a explosé, et a est complètement réorganisée, en se combinant avec nombre de membres des ex "protistes". Mais "algues" et "protistes" n'étaient que des taxons "par défaut", des fourre-tout où on mettait ce qu'on ne connaissait que superficiellement. Même sans la phylogénétique ils étaient voués à l'explosion.

    Le domaine eucaryote serait subdivisé en 3 règnes: Fungi , Plantae, Animalia
    Non, pas du tout. La phylogénie basale des eucaryotes est encore floue, et c'est une "zone de chantier". Fungi, lignée verte et Métazoaires sont des clades bien identifiés, mais ne forme qu'une toute petite partie de eucaryotes. (Evidemment, le reste est surtout composé d'espèces microscopiques, assez éloignées du "communément connu et visible", et mangeable...)

    Comment sont alors subdivisées les domaines Archées et Bacteries ? (en quel règne en fait).
    Pas de règnes... Et ce sont aussi des "zones de chantier", assez difficiles d'ailleurs. Entre autre parce que la notion d'espèce ne s'applique pas, et aussi parce que les différence phénotypiques sont plus limitées que chez les eucaryotes. Les critères génétiques dominent. Juste pour rigoler, si on appliquait aux eucaryotes le seuil de similarité génétique définissant une "espèce" de bactéries, les primates seraient une seule "espèce".

    Bref, pour les bactéries et archées, les progrès de la classification sont directement liés aux séquencements génétiques et aux progrès des algorithmes. Faudra attendre encore un peu pour que la poussière soit bien retombée...
    Pour toute question, il y a une réponse simple, évidente, et fausse.

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  10. #7
    AurelienSTE

    Re : Classification taxinomiques

    Bonjour à tous les participants,

    J'ai essayé au vu de vos explications, d'y voir plus clair.

    A cette adresse http://fr.wikipedia.org/wiki/Classif...rvé_Le_Guyader j'ai trouvé cet arbre phylogénétique:



    .............................. .............................P rotéobactéries
    .............................Eubactéries.............Firmicutes
    .............................. ............................Ba ctéries vertes sulfureuses

    .............................. .............................. ...........Crénarchées
    Vivant................Archées
    .............................. .............................. .............Euryarchées


    .............................. .............................. .........Unicontes
    ..............................Eucaryotes
    .............................. .............................. ..........Bicontes

    (Eubactéries, archées et eucaryotes étant appelé "empire").


    Sinon où trouver la classification phylogénétique en construction du moment ?

    La classification la plus récente étant a priori celle de Cavalier-Smith (2004) qui a regroupé le clade Bacteria dans le règne Prokaryota, et les 5 clades (Protozoa, Chromista, Fungi, Plantae et Animalia) dans le règne Eukaryota.
    Y a t-il plus récent ou plus pertinent encore depuis les travaux de cet éminent scientifique ?
    Dernière modification par AurelienSTE ; 05/07/2012 à 22h44.

  11. #8
    Amanuensis

    Re : Classification taxinomiques

    Le livre de Lecointre-Le Guyader, cité dans la discussion précédente et dont est tiré l'arbre cité par le Wiki (les références du livre sont au début), devrait répondre parfaitement à votre attente.

    Une autre source, sur le Web : http://tolweb.org/tree/1/
    Dernière modification par Amanuensis ; 06/07/2012 à 05h59.
    Pour toute question, il y a une réponse simple, évidente, et fausse.

  12. #9
    Amanuensis

    Re : Classification taxinomiques

    Mon lien est faux (erreur d'édition), le lien correct : http://tolweb.org/Life_on_Earth/1
    Pour toute question, il y a une réponse simple, évidente, et fausse.

  13. #10
    AurelienSTE

    Re : Classification taxinomiques

    Merci pour le lien, le site a l'air en construction

    Je vois sur celui-ci "eubacteria: mitochondry and chloroplacts"

    Les bactéries étant procaryotes, elles ne peuvent pas posséder de mitochondrie et de chloroplastes n'est ce pas ? Cela dit, les cyanobacteries possèdent bien des chloroplastes pour photosynthetiser... je ne comprends plus.

  14. #11
    Amanuensis

    Re : Classification taxinomiques

    Citation Envoyé par AurelienSTE Voir le message
    Je vois sur celui-ci "eubacteria: mitochondry and chloroplacts"

    Les bactéries étant procaryotes, elles ne peuvent pas posséder de mitochondrie et de chloroplastes n'est ce pas ? Cela dit, les cyanobacteries possèdent bien des chloroplastes pour photosynthetiser... je ne comprends plus.
    Les mitochondries et les chloroplastes sont des bactéries (1), et ont une place dans la classification phylogénétique !

    Les cyanobactéries n'ont pas de chloroplastes (et les chloroplastes sont des cyanobactéries), elles ont des thylacoïdes où se trouve la machinerie photosynthétiques.

    (1) Ce sont des symbiontes ayant perdu la faculté de vivre isolément.
    Dernière modification par Amanuensis ; 06/07/2012 à 15h13.
    Pour toute question, il y a une réponse simple, évidente, et fausse.

  15. #12
    Amanuensis

    Re : Classification taxinomiques

    Citation Envoyé par AurelienSTE Voir le message
    Merci pour le lien, le site a l'air en construction
    C'est plutôt la classification qui est en construction. Les auteurs du site essayent de suivre ce qu'il se passe. Il y a beaucoup de références permettant de creuser un peu plus.
    Pour toute question, il y a une réponse simple, évidente, et fausse.

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  17. #13
    AurelienSTE

    Re : Classification taxinomiques

    Citation Envoyé par Amanuensis Voir le message
    Les mitochondries et les chloroplastes sont des bactéries (1), et ont une place dans la classification phylogénétique !

    Les cyanobactéries n'ont pas de chloroplastes (et les chloroplastes sont des cyanobactéries), elles ont des thylacoïdes où se trouve la machinerie photosynthétiques.

    (1) Ce sont des symbiontes ayant perdu la faculté de vivre isolément.

    Et bien ça je ne le savais pas... Donc tous les chloroplastes des plantes de la lignée verte sont des ... cyanobacteries? Donc des milliards de cyanobacteries dans toutes les feuilles d'un arbres. Waouh. Idem pour les mitochondries des celles végétales alors .
    Pas celles des cellules animales ?

  18. #14
    Amanuensis

    Re : Classification taxinomiques

    Citation Envoyé par AurelienSTE Voir le message
    Et bien ça je ne le savais pas... Donc tous les chloroplastes des plantes de la lignée verte sont des ... cyanobacteries? Donc des milliards de cyanobacteries dans toutes les feuilles d'un arbres. Waouh.
    Oui ! Autrement dit, les cyanobactéries sont de manière écrasante les fournisseurs d'énergie d'origine solaire à quasiment tout le vivant...

    Idem pour les mitochondries des celles végétales alors . Pas celles des cellules animales ?
    Si, toutes. Les eucaryotes ne se sont pas cassé la tête à inventé la respiration aérobie, ils ont juste "mis en esclavage" une protéobactérie dont les ancêtres l'avaient "mis au point".

    De plus les mitochondries paraissent avoir une origine unique, à la base de l'arbre des eucaryotes. Pour les chloroplastes c'est moins clair, et compliqué parce qu'il y a eu des absorption de cyanobactérie/chloroplaste via l'absorption d'un eucaryote par un autre eucaryote...
    Pour toute question, il y a une réponse simple, évidente, et fausse.

  19. #15
    AurelienSTE

    Re : Classification taxinomiques

    J'en reste "bouche bée". Donc nos cellules contenant toutes des mitochondries, nous avons au moins une cyanobactérie dans chacune de nos cellule.... J'ai bien vu que l'endosymbiose en était l'origine, mais je pensais qu'il s'agissait d'une hypothèse plausible, et que pour les cellules végétales.

    Donc quand une plante croit, ses tissus croissent avec multiplication proportionelle des cyanobactéries nécessaires à "remplir" chacune de leurs cellules ? Et donc idem pour nos propres cellules d'eucaryotes et leur mitochondries respectives ?

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