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Arbre Phylogénétique non raciné



  1. #1
    mwa1

    Arbre Phylogénétique non raciné

    Bonjour,

    Malgré tout ce que j'ai pu lire, je ne comprend pas grand chose aux arbres non racinés...

    j'aurais besoin qu'on m'explique les principes de base en prenant pour exemple cet exercice :

     Cliquez pour afficher


    Question 1. L’arbre obtenu est non raciné. En fonction de l’objectif de l’analyse déduire
    quel est le groupe externe choisi parmi les neufs taxons inclus dans l’analyse. Justifier
    votre réponse.

    Question 2. Redessiner l’arbre en racinant sur l’extra-groupe déduit en question 1.

    Pour le groupe externe, je pense au Felix Catus mais je saurais même pas dire pourquoi...


    -----

    Darker'n a black steer's tookus on a moonless prairie night.

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  3. #2
    Gunkan_Jima

    Re : Arbre Phylogénétique non raciné

    Bonsoir bonsoir,

    La phylogénie, c'est retrouver l'histoire évolutive d'entités (séquences ou organismes).
    Comment lire un arbre, on part d'une base (une séquence ancestrale par exemple, cette séquence accumule des mutations (ça c'est la branche horizontale dans une représentation classique) et à un moment cette séquence "en devient" deux génétiquement indépendantes (duplication/spéciation...) ce qui est représenté par une barre verticale, puis les deux entités changent au cours du temps, peuvent à leur tour se diviser etc etc...
    Bref, c'est simpliste, mais ça peut aider à comprendre la représentation...

    Donc une phylogénie montre l'histoire au cours du temps, mais malheureusement la plupart des méthodes bien que trouvant les connexions entre les séquences sont incapables de les orienter temporellement. Une méthode consiste à orienter manuellement sont arbre en ajoutant un groupe extérieur à son groupe d'étude (qui logiquement à aussi divergé avant les séquences d'intérêt...) c'est ce qu'on appelle l’enracinement!
    Maintenant, dans ton énoncé quelle est pour toi le groupe extérieur? qui va te permettre de comparer tous les autres??

    Gunkan
    Dernière modification par Gunkan_Jima ; 03/01/2013 à 20h15.

  4. #3
    mwa1

    Re : Arbre Phylogénétique non raciné

    Bonsoir,

    J'ai fait un arbre en raçinnant sur le felix catus :
    Sans titre 1.jpg
    j'ai lu quelque part qu'il fallait prendre pour groupe externe un taxon éloigné mais assez proche pour être comparé au groupe d'étude...

    Maintenant, sachant que :
     Cliquez pour afficher


    je dois répondre à ces questions :

    - Discuter la position phylogénétique d’Euglena dans l’arbre obtenu.
    - Dans cet arbre, les organismes photosynthétiques forment-ils un groupe
    monophylétique ? Justifier votre réponse en précisant les organismes photosynthétiques

    mais je n'arrive pas à faire le lien entre les infos de l'énoncé et l'arbre...
    Dernière modification par mwa1 ; 03/01/2013 à 20h45.
    Darker'n a black steer's tookus on a moonless prairie night.

  5. #4
    Gunkan_Jima

    Re : Arbre Phylogénétique non raciné

    Bon d'accord... tu n'as pas "pris en compte" ce que je t'ai dit.

    Tu penses vraiment qu'un chat (qui est un eucaryote!) est le groupe extérieur lorsque tu as une archée (procaryote et seul représentant d'un autre règne du vivant!) au plein milieu de ton arbre d'eucaryotes??
    Tu sais interpréter les arbres (je l'ai vu sur un autre post) donc refais le correctement et tires-en les conclusions qui s'imposent...


    Gunkan

  6. #5
    mwa1

    Re : Arbre Phylogénétique non raciné

    j'en ai fait un autre et j'ai essayé de placer les informations sur l'arbre :


    Sans titre 1.jpg

    c'est mieux ?

    En passant, c'est quoi un " pas évolutif " ?
    Dernière modification par mwa1 ; 04/01/2013 à 21h09.
    Darker'n a black steer's tookus on a moonless prairie night.

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    Gunkan_Jima

    Re : Arbre Phylogénétique non raciné

    Bonjour,

    L'arbre est bien mieux! Par contre, je ne suis pas sur que l'ancêtre des eucaryotes avait de la chlorophylle...
    Un pas évolutif, c'est acquérir un un caractère dérivé.

    Gunkan

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  10. #7
    mwa1

    Re : Arbre Phylogénétique non raciné

    Alors la chlorophylle serait une homoplasie ?

    Sans titre 2.jpg
    Darker'n a black steer's tookus on a moonless prairie night.

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