diagnostic prénatal technique

[mlr]

Bonjour,
Je prépare un exposé sur le sujet et il y a un truc que j'ai du mal a comprendre.
Pour faire les diagnostics grace a la biologie moleculaire on utilise pour quasi toutes les techniques de diagnostic des sondes spécifiques d'une sequences qui serait responsable des pathologies a detecter , mais comment trouve t on que justement c'est cette sequence nucleotidique qui est la source de la pathologie ?
Je pensais que c'etait peut etre grace aux banques soustractives mais a ce moment la le temoin et le prélévement a diagnostiqué n'aurons pas le meme adn et donc il y aura beaucoup de divergence entre les deux donc comment trouver 'the ' sequence qui rend la personne malade ?
Je sais qu'on peux remonter d'une proteine a une sequence nucleotidique mais il me semble que c'est seulement lorsque la maladie produit une proteine/enzyme inadequate non ? donc comment faire pour les autres ?
merci de m'aiguiller s'il vous plait
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[mlr]

pas d'aide ?
je suis au mauvais endroit ?

[biseibutsu]

Non, au bon endroit. Le titre fait peut-être un peu peur, c'est tout

Alors, comme tu l'avances, il est en effet possible de remonter d'une protéine à une séquence d'ADN par "rétro-ingénierie".
Sinon, pour trouver "the" séquence, il y a maintenant un moyen relativement simple et rapide (mais couteux) => la puce à ADN.
il est déposé sur cette puce l'ensemble de l'ADN humain "sain" sous la forme de petits fragments (peut être même de plusieurs humains, cette technologie évolue trop vite pour pouvoir la suivre sans l'utiliser). Il suffit alors de dégrader l'ADN de ton sujet test pour avoir des fragments de taille identique, puis de le déposer sur la puce. Tu ajoutes une sonde pour visualiser l'hybridation et la non hybridation. Et tu as ton résultat! Normalement, si ton sujet est sain, toute ta puce est hybridé (sauf pour une série de contrôle). Avec ton sujet malade, tu vas identifié quelques séquences non ou mal hybridé. Il te reste ensuite à approfondir la recherche en faisant un séquençage de la région d'intérêt.

EDIT : je réctifie, après relecture, il est généralement déposé sur la puce les séquences codantes ou hautement conservés entre individus (avec la possibilité d'avoir plusieurs copies légèrement différente d'un même gène - variation naturelle)

[unifiedforces]

Bonjour,

les séquences "pathogènes" connues ont été déterminées empiriquement et sont recensées dans des banques de données. On peut séquencer une protéine mais je ne suis pas sûr que ça se fasse beaucoup en diagnostique. De plus, passer d'une séquence de 20 lettres à 4 lettres implique plusieurs possibilités (cf code génétique). Pour le diagnostique, on fait souvent (je pense) des PCR suivies de séquençage pour un certain nombre de gènes connus pour être impliqués dans certaines maladies. Il existe aussi des puces à protéines (même principe que les puces à ADN pour caractériser les interactions protéiques). L'avenir est sûrement dans le séquençage haut débit de l'ADN/ARN qui peut traiter un un génome humain en quelque jours mais après, la quantité de données énorme générée demande un certain temps d'analyse. En plus, tout n'est pas connu sur les maladies génétiques (maladies orphelines, maladies multifactorielles impliquant plusieurs gênes, ...). Tout ça soulève aussi des questions éthiques (eugénisme, ...).

[A voir en vidéo sur Futura]

[mlr]

Bonjour,
D'accord je comprends le truc ou je coinçais c’était que étant tous différents je voyais pas comment on pouvait dire que telle mutation était pathogène alors qu'une autre était 'juste' une différence marquant un caractère phénotypique 'banal' (couleur des yeux ou autre).Mais effectivement si on cherche dans les séquences hautement conservée qui sont donc communes a tout les être humain oui la il y a possibilité de comparer , je n'y avais pas penser.
Mon but était justement de comprendre comment on a déterminer empiriquement ces séquences pathogènes, je pense donc avoir trouvé .
Et pour les maladies multifactorielle et orphelines on fait un diagnostic indirect si je ne dit pas de bêtises non ?
Merci a vous

ps oui le titre doit faire peur....il est vrai que c'est une technologie a prendre avec des pincettes...

[biseibutsu]

Pour les maladies orphelines, la puce à ADN sera d'abord utilisé (beaucoup moins cher que le séquençage haut débit, plus rapide aussi, surtout en terme d'analyse). Comme comparaison, une puce à ADN permet en deux jours d'avoir le niveau d'expression de 30000 gènes. Elles sont également, je pense, les plus adaptées pour les maladies multifactorielle.
Cependant, elles ne sont pas ultime, car elles manquent de sensibilité, et ne sont normalement pas capable de détecté un simple changement de base (A en T par exemple), qui peut être catastrophique pour la fonction de la protéine. Mais tout ceci concerne la recherche.

En diagnostic, il sera plutôt utilisé de "simples" PCR quantitative, les amorces se fixant sur les régions connues pour les mutations. Et en diagnostic, on commence en général par les probabilités les plus élevé, et on procède par élimination (donc les maladies orphelines les moins fréquente sont généralement testé en dernier). Cela reste le plus rapide, car en trois heures et avec un bon robot, il est possible d'avoir les résultats.

[mlr]

D'accord , bien sur tout ceci a un cout.
Actuelement en diagnostic prénatal simple on utilise donc la PCR, le FISH, southern blot ,
Pour les diagnostics plus poussés ( pb dans la famille)on utilise en plus, le northern blot parfois la CGH "conventionnelle mais elle est plutot abandonnée au profit des puces ADN .
Au niveau des maladies on cherche les plus frequentes et si il y a un pb familial on cherche directement le locus du gene qui a declenché la maladie
Pour les diagnostics nataux c'est la meme chose sauf que la recherche est orientée suivant les "anomolies" du nouveau né
c'est bien ca ?

[biseibutsu]

Oui, en tout cas, c'est comme cela que je comprends les choses (et c'est logique, je trouve).
La PCR est de plus en plus utilisé, et est généralement quantitative (même les petits hopitaux ont de beaux robots pour qPCR), le FISH est généralement réalisé sur les chromosomes du karyotype avec la technique du chromosome painting. L'avantage de ces deux techniques est qu'elles ne requirent pas beaucoups de cellules de départ (contrairement au SB et NB qui demande des quantités énormes d'ADN/ARN). La puce à ADN se situe au milieu, en utilisant comme même plus d'ADN ou d'ARN qu'une qPCR...

[mlr]

Ok c'est tout a fait logique en effet
Cependant les SB et surtout NB sont assez utiliseé d'apres mes recherche
Merci de vos reponses.