structure de Na+ ATPAse porcine

[invite89e17fd2]

salut tout le monde ..

bon voila j'ai la structure de l'ATP et j'ai la sequence en acides aminés de Na+ ATPAse et je voulais savoir l'interaction entre ces 2 comment ce fait liaison électrostatique ou autres ?!

ma 2eme question en pièce jointe je vous ai mis 2 séquences l'une pour la NA+/K+ ATPase porcine ( en haut) et l'autre pour la Ca+ ATPase du lapin (en bas ) et de cela j'ai besoin de savoir c'est quoi les régions importantes pour la Na+/K+ ATPase et si de cette séquence je peux voir les sites de liaison à l'ATP.

merci pour votre aide
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[invitec0b62935]

Un simple alignement de séquence n'est pas suffisant pour déterminer comment se fait l'interaction. Ca se passera très probablement dans les régions les plus conservées comme les hélices 2 et 4 mais tu as besoin de plus d'infos pour aller plus loin. Un alignement avec une autre protéine dont la structure 3D en présence d'ADP/ATP peut indiquer quelles aa se lient à l'ATP et comment, il y a également la possibilité de muter les résidus conservés et de regarder ce qui se passe (moyennant toutes les précautions habituelles en terme de repliement notamment).