Localisation d'un gène

[invite77350581]

Bonjour,

Je me demandais comment aujourd'hui on pouvait identifier un gène responsable d'une maladie autosomique récessive.

Est-ce qu'on utilise des microsatellites ou des SNPs pour localiser le gène muté ? Est-ce qu'il faut séquencer le génome entier des parents et de l'enfant malade (analyse de trio)? Et si on séquence on ne peut pas utiliser les microsatellites car comme ce sont des séquences répétées le séquençage ne sera pas bon (dîtes moi si je fais fausse route, ça ne m'étonnerais qu'à moitié...).
En fait je crois que ce que je ne comprends pas c'est que pour avoir un marqueur associé à une maladie, il faut génotyper tous les microsatellites ou tous les SNPs non ? Mais du coup s'il faut tout analyser c'est très long...

Merci d'avance pour votre aide, je suis un peu perdue, je connais les techniques mais c'est difficile de mettre tout ça en pratique !

Bonne journée
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[invite91ca7a0f]

En réalité, pour déterminer les gènes associés à des maladies, on détermine non pas directement des SNP's mais des haplotypes, ce sont des régions du génome qui sont transmises en bloc et pour lesquelles on ne retrouve qu'un nombre restreint (Une de ces régions particulière = seulement 7 (par exemple) haplotypes différents dans toute la population humaine). On voit si l'un ou l'autre de ces haplotypes est statistiquement plus relié à la maladie (car distance génétique proche) sur un échantillon important, ce qui permet de grandement diminué la zone de recherche.

Cette technique est géniale pour déterminer le gène impliqué dans une maladie monogénique, mais cela reste très compliqué dans le cas d'une maladie polygénique, bien que cela peut donner des pistes intéressantes

[invite77350581]

En réalité, pour déterminer les gènes associés à des maladies, on détermine non pas directement des SNP's mais des haplotypes, ce sont des régions du génome qui sont transmises en bloc et pour lesquelles on ne retrouve qu'un nombre restreint (Une de ces régions particulière = seulement 7 (par exemple) haplotypes différents dans toute la population humaine). On voit si l'un ou l'autre de ces haplotypes est statistiquement plus relié à la maladie (car distance génétique proche) sur un échantillon important, ce qui permet de grandement diminué la zone de recherche.

Cette technique est géniale pour déterminer le gène impliqué dans une maladie monogénique, mais cela reste très compliqué dans le cas d'une maladie polygénique, bien que cela peut donner des pistes intéressantes

Oui mais les haplotypes sont réalisés grâce à des marqueurs non ? Mais si on ne sait pas où est le gène, quels marqueurs faut-il génotyper ? et du coup quels sont les haplotypes à étudier ? Parce qu'il doit exister des milliers d'haplotypes différents non ?

[invite77350581]

Quand on a un enfant malade et ses 2 parents, est-ce qu'il faut séquencer les 3 génomes et repérer les séquences homologues chez l'enfant ? et du coup comparer avec plusieurs autres trios pour avoir un haplotype relié à la maladie ?

Et je me demandais si les nouvelles techniques de séquençage haut débit permettaient d'obtenir les microsatellites ? Je suppose que non vu que ce sont des séquences très répétées il doit y avoir un problème lors du séquençage non ?

[A voir en vidéo sur Futura]

[noir_ecaille]

Ça ne dépendrait pas de la dominance allélique, plutôt ?

Dominant ==> comparaison avec la lignée parentale atteinte.
Récessif ==> comparaison avec d'autres parents atteints s'il y en a, ou avec d'autres malades je pense.

Avis d'amateur ^^;

[invite9ff7420a]

Bonjour,

En fait lorsqu'on cherche un gène à partir d'un phénotype on réalise une cartographie QTL ou de la génétique d'association.
Pour ça il faut un ensemble de marqueurs (SNP ou microsatellites, comme tu veux) répartis dans tout le génome.
À partir de là, deux méthodes différentes existent :
- La cartographie QTL : tu fais une descendance entre un parent sain et un parent "malades" (plusieurs centaines d'individus sont nécessaires, tu ne trouverai rien si tu comparais juste les parents et l'enfant sans connaître la zone à priori, il y a trop de mutations qui pourraient correspondre, genre une petite centaines de milliers ^^). Tu les génotypes pour l'ensemble des marqueurs et grâce à ça tu peux savoir quels marqueurs sont portés uniquement par les individus "malades". Grâce à ça tu sais dans quelle zone est situé ton gène.
Comme tu le vois il y a quelque chose de très limitant : il faut beaucoup de descendant. On voit bien que c'est infaisable en génétique humaine.
-Pour cela une autre méthode existe : la génétique d'association. Tu prends pleins d'individus, non apparentés, des malades et des sains et comme précédemment tu recherche les marqueurs qui sont portés uniquement par les individus malades.
Les deux techniques permettent donc de réduire la zone du génome dans laquelle on pense que se situe la mutation. Pour la préciser encore soit on densifie la carte en marqueurs, soit tout simplement on séquence la zone pour trouver la mutation (les coups de séquençage ont beaucoup baissés, ça devient possible sur quelques mégabases sans exploser le budget).
À la fin il faut de toute façon séquencer, mais la zone est petite donc ce n'est pas compliqué.

Lorsque tu as trouvé la mutation responsable de la maladie, c'est gagné, tu n'as plus besoin de faire tout ça. Cette mutation est elle même un marqueur. Le chercheur qui l'a trouvé la publie et tout le monde y a donc accès
Pour savoir si quelqu'un est porteur de la maladie il suffit alors de vérifier la présence ou non de ce marqueur. Ca ce n'est pas compliqué du tout.

Le gros du travail c'est vraiment de localiser la zone du génome responsable. Ca prend des années à une équipe de chercheurs.

[Flyingbike]

Bonjour
Je me demande si maintenant le séquençage total n'est pas plus efficace et rentable... A confirmer

[invite9ff7420a]

Pour détecter un seul caractère ?
Pour moi c'est clairement non !
Le séquençage a baissé mais pas à ce point et les NGS (new generation sequencing) c'est énormément de boulot. Alors oui on a la séquence de référence mais il faut trop d'individus (au moins une centaine)
C'est défoncer une porte avec un bazooka alors qu'on a la clé. En plus tu mets le bazar là où tu veux rentrer : il y a tellement de données que tu risques de brouiller le signal.
Je maintiens que dans l'état actuel des connaissances et des outils il vaut bien mieux commencer par de l'association.