Ciblage des protéines

[Hrshtsr]

Bonjour

Alors j'ai un gros problème avec la perfection des évènements dans la cellule, et notamment en ce qui concerne les transports des molécules jusqu'aux lieux cibles.

Les signaux d'adressage des protéines ne sont au final que des enchainement d'atomes et même en tenant compte des structures 3D bien particulières des protéines, dans mon esprit une molécule devrait réagir avec beaucoup d'autres petites molécules avant d'atteindre sa cible étant donné le nombre important de molécules présentes dans une cellule.

En fait j'ai beaucoup de mal à imaginer que dans une cellule 100% des produits arrivent jusqu'à leur cible. Du coup ma question est la suivante : lorsqu'un ARN est traduit en protéines, combien de ces protéines arrivent réellement jusqu'à leur cible finale et ne sont pas "perdus" ou dégradés en route en tombant par erreur sur une autre molécule avec laquelle elles auraient interagit ?

J'espère que vous pourrez me répondre car ça me bouffe un peu cette histoire ^^ (puis j'ai pris pour exemple les protéines, mais mon problème est général pour tout type de molécules, ARN, lipides, etc)
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[biseibutsu]

Bonjour,

Entre rencontrer/percuter et interagir, il y a une grande différence.
Le milieu cellulaire est composer en grande partie d'eau. L'eau est capable d'oxyder un peu près n'importe quoi. Donc, si on suit cotre raisonnement, tout dans notre cellule serait oxydé. Heureusement que non!

Mais il faut savoir que presque tout dans la cellule est à calcul de probabilité. Beaucoup de monde se représente l'activateur du gène Exemple (Ex) comme un missile à tête chercheuse. Alors qu'en fait, il faut plutôt imaginer un aveugle entrain d'essayer d'ouvrir une porte fermé à clé sans qu'il sache où se trouve la serrure (mais il a la clé).
Un autre exemple serai les zones du RER à Paris, que tu peux assimiler aux différentes compartiment cellulaire. Zone 1, le noyau, 2 la mitochondrie, 3 le cytoplasme par exemple. Ces zones sont grandes, mais il faut le bon billet pour passer d'une zone à l'autre.

Plus scientifiquement, ce dont tu parles fait partie de la plasticité de la cellule. Ou stochastique (aléatoire). Ces protéines (ou autres, hein!) ne sont généralement pas nécessaire à la survie de la cellule, ni à sa fonction (ces protéines là sont présentes en milliers, dizaines de milliers voire centaine de milliers de copies). Mais elles vont pouvoir réagir différemment à certains stimulis. C'est particulièrement difficile à expliquer

Si vous avez accès à des publications payantes (Science), voici un papier qui s’intéresse au comptage de protéines faiblement exprimées http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?...+a+Single+Cell

En conclusion : les protéines (et autres composants) n'interagissent pas avec tout, juste avec leur cible. Le "ciblage" jusqu'à la cible est complètement aléatoire, même s'il peut y avoir des aides (contraindre la protéine à un compartiment cellulaire particulier). Pour pallier à ce manque de "ciblage", certaines protéines sont fortement exprimées afin d'augmenter la probabilité de rencontre.
Après, il y a toujours des pertes. Mais l'évolution a généralement donné à la protéine une demi-vie suffisante pour remplir sa fonction (avant d'être dégradé/recyclé)

[Hrshtsr]

Je te remercie pour ta réponse, ça me semble plus clair. Je vais essayer d'aller voir cet article normalement avec la fac j'ai certains accès.