Comment séquencer un génome inconnu ?

[invite5b2a76c0]

Bonjour, j'ai quelques questions auxquelles je ne trouve pas de réponses :

Imaginons qu'une nouvelle espèce animale vient d'être découverte. Elle présente des propriétés intéressantes et un laboratoire décide de séquencer son génome.
Vous êtes en charge du projet, comment allez vous procéder ?

Deuxième question :
J'ai pensé pour séquencer d'extraire l'ADN de l'organisme puis de digérer celui-ci avec des enzymes de restrictions. J'obtiens ainsi différents fragments dont les quelques nucléotides aux extrémités sont connus grâce aux sites de restrictions. Est-il possible alors d'y hybrider de façon spécifiques des sondes pour permettre un séquençage avec la méthode de Sanger par exemple ? (car les sondes sont plutôt longue par rapport aux sites de restriction non ?)

Si ce n'est pas le cas comment fait-on pour choisir des amorces alors qu'on ne connaît pas du tout le génome ?

Merci d'avance pour vos réponses
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[FARfadet00]

Bonjour,

Même s'il est juste que la méthode de Sanger est encore utilisée, elle est aujourd'hui assez largement dépassée. Il existe maintenant des méthodes bien plus performantes. Voici un article qui j'espère vous aidera : lien.

Cordialement

[vinssss]

Bonjour, on pourrait designer des amorces aléatoires et faire des séquences avec. Si par hasard une séquence marche alors on peut faire une marche sur chromosome : designer des amorces à partir de la region séquencée pour lire de plus en plus loin. Ça c'est la méthode à l'ancienne.

De nos jours, on ferait du séquençage haut débit : fragmentation de l'ADN et ajout d'adaptateurs connus aux extrémités pour faire en parallèle des millions de reads qui peuvent être alignés entre eux par chevauchement (contigs).