Sequencage d'un gène d'un génome inconnu

[invite8f53b8ba]

Bonjour,

Je suis étudiant en M2 et je commence mon stage de 6 mois en Janvier.

L'une des étapes durant mon stage est de séquencer le gène codant pour le canal sodique voltage dépendant afin d'y trouver une mutation entrainant une résistance.

Le génome des éspèces a traiter n'est pas séquencé pour le moment.

Je sais que les genes codant pour les canaux sodiques sont très conservés entre les éspèces ( il fait environ 6kb )
C'est pourquoi j'ai pensé á une approche bioinformatique pour synthétiser les primers nécessaires á l'amplification du gène pour le séquencer.
Mais la je suis bloqué car je ne sais plus trop par quoi continuer

Peut etre quelqu'un aurait une idée pour m'aider??
-----

[Yoyo]

salut
Si tes genes sont tres conservés, tu choisis des amorces dans les régions les plus conservées possible, puis tu les utilises pour faire une PCR.
Tu clones le fragment obtenu et tu le sequences.

YOYo

[invite899b80e1]

Hello,
Ca me parait assez gros 6 kb pour etre amplifier par un seul couple d'amorce. Moi je te conseillerai d'amplifier des petites régions qui se chevauchent avec plusieurs couples. De toute manière tu sera bloqué par le sequencage en lui même, puisque de mémoire tu avec la méthode de sanger tu n'amplifira que 1000 pb de bonne qualité

[zimzum18]

C'est du niveau licence... :/

[A voir en vidéo sur Futura]

[piwi]

Je n'ai pas compris le sens de votre réflexion zimzum. Ensuite, il n'est pas impossible loin s'en faut d'amplifier un fragment de 6Kb. Une Taq long range amplifiera bien plus long.

Cordialement,
piwi

[invite8f53b8ba]

Merci a tous pour votre aide. Ca permet de destresser dans les premiers jours du stage

Pour répondre a zimzum18, ca n'est qu'une partie de l'un des objectifs de mon projet.