sequencage du genome humain

[invitef31b56f9]

bonjour j'aimerais savoir a quoi sert le sequencage et comment le genome humain a ete séquence.
merci
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[Yoyo]

SAlut,

Le sequençage permet de connaitre les lettres qui constituent les chromosomes. Un peu comme si tu devais decrypter les lettres d'une phrase avant d'en comprendre le sens.

Yoyo

[invite38f0db9e]

Salut,
Le séquençage d'un génome permet de déterminer les séquences (d'ou séquençage) de nucléotides de l'ADN d'un organisme. Les fins de ce séquencage sont diverses selon la personne qui la réalise. Par exemple, il est interessant de connaître la séquence des gènes impliqués dans la division cellulaire, ou dans le développement etc. Grâce à ses séquences et aux modifications qui y ont été introduites (des mutations), on peut expliquer des maladies génétiques par exemple... Le séquencage du génome d'un organisme nous permet de mieux le comprendre, de pouvoir le comparer à d'autres organismes (les gènes exprimés sont ils différents? similaires? si oui, il est fort probable que ces deux organismes soient apparentés). Savoir quel est la séquence d'un gene particulier nous permet d'étudier une protéine spécifique aussi. Si on connait la séquence d'une protéine, on peut l'isoler, l'amplifier, et faire exprimer les gènes de la séquence à des cellules hôtes. On peut alors récuperer la protéine, la purifier, et étudier ses fonctions.
En résumé, le séquencage d'un génome peut s'avérer très utile pour l'étude et la classification d'un organisme. Les portées du séquencage vont bien plus loin que le simple plaisir de dire " on a séquencé un génome en entier !! ".
Pour séquencer un génome, il éxiste plusieurs méthodes, dont la méthode de Sanger.
Je sais pas si j'ai pu t'apporter des éléments de réponses ...

[invite153e7487]

Bonjour,

La méthode de Sanger est bien expliquée ici , (autre schéma ici).

En résultat, on peut obtenir un electrophoregramme (ou sous forme informatisée si on fait tout ça dans un séquenceur).

Bonne journée!

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite38f0db9e]

Oh mon dieu !
Quand j'aurai mon rapport de stage à faire cet été sur les techniques utilisées en labo. de biomol, je te contacterai !!! J'ai l'impression que tu pourras me trouver plein de choses interessantes hihihi !
Merci pour toutes ces précisions !

[gorben]

Salut,

A propos du sequençage du genome humain, je me pose une question depuis un moment : qui a été sequencé?

Par la, je veut dire que tous les humains sont differents. Les bacteries sont regroupées par famille, genre, classe, sous classe, serogroupe... Tous les mamiferes hors humain, sont egalement classé comme les chats, les chiens et j'imagine bien d'autres especes. J'ai deja lu que selon notre origine nous n'avons pas le meme genome et par la, des differences de sensibilité a certaines maladies. Donc je me demandais, d'ou vient l'humain qui a ete sequencé, comment c'est effectué la selection? du coup, le genome est il vraiment fiable et utilisable (mis a part pour le groupe ethnique correspondant a l'humain sequencé)?.

Merci!

[invite38f0db9e]

Salut,

A propos du sequençage du genome humain, je me pose une question depuis un moment : qui a été sequencé?

Par la, je veut dire que tous les humains sont differents. Les bacteries sont regroupées par famille, genre, classe, sous classe, serogroupe... Tous les mamiferes hors humain, sont egalement classé comme les chats, les chiens et j'imagine bien d'autres especes. J'ai deja lu que selon notre origine nous n'avons pas le meme genome et par la, des differences de sensibilité a certaines maladies. Donc je me demandais, d'ou vient l'humain qui a ete sequencé, comment c'est effectué la selection? du coup, le genome est il vraiment fiable et utilisable (mis a part pour le groupe ethnique correspondant a l'humain sequencé)?.

Merci!

Salut !
Si j'ai bien saisi ta question, tu te demandes quel sujet ( enfin quelle personne ) a été choisi pour le séquençage du génome humain ???
Si c'est bel et bien ta question, il faut savoir que même si tous les humains ne sont pas génétiquement identiques, il n'en reste pas moins que le patron des gènes reste le même. En effet, même si il existe des variations génotypique entre toi et ton voisin, peu importe l'ethnie de celui-ci comparée à la tienne, tout humain observe en grande majorité un même patron génétique.
Du coup, peu importe l'humain ( sain de préférence, donc sans maladie pouvant affecté son génome ) choisi pour le séquencage. Les différents loci (lieu ou la séquence de ton gène se trouve sur ton chromosome) des différents gènes seront les mêmes chez tous les humains, toute proportion gardée pour les "mutants" bien entendu. En d'autres termes, le génome d'une espece est conservé parmi toute la communauté de l'espece conscernée.
On retombe ainsi sur le processus de spéciation. Les especes sont différentes à cause de leur accumulation distincte de différences génétiques.
Pour ce qui est de la classification des espèces, Karl Von Linné a mis en place un modèle de classification selon le régne, l'embranchement, la classe, l'ordre, la famille, le genre et l'espece.

[gorben]

Hmm... je comprend bien que globalement nous sommes tous identique, mais pour bosser chez des bacteries, je sais que 2 bacteries de la meme especes n'ont pas forcement la meme organisation genetique, les genes sont deplacés (ce qui pose vachement de probleme). Je ne connais pas grand chose de la genetique humaine ni de la variabilité mais les genes ne peuvent pas etre "melangés" au sein d'un meme K?

Les differences phenotypiques se traduisent par un seul gene absent/present ou par de nombreuses modifications?

[invite38f0db9e]

Coucou !

Hmm... je comprend bien que globalement nous sommes tous identique, mais pour bosser chez des bacteries, je sais que 2 bacteries de la meme especes n'ont pas forcement la meme organisation genetique, les genes sont deplacés (ce qui pose vachement de probleme). Je ne connais pas grand chose de la genetique humaine ni de la variabilité mais les genes ne peuvent pas etre "melangés" au sein d'un meme K?

Les bactéries de la meme espece peuvent en effet ne pas présenté le meme patron génétique à cause notament de la transformation via le facteur K, mais elles ont "globalement" les mêmes gènes. Sinon on ne parle plus de la même espece. En plus les bactéries possédent de l'ADN extrachromosique qui fait qu'une bactérie peut posséder des propriétés que d'autres souches de la même espece ne possédent pas.
Ches l'humain, il n'y a pas d'ADN extrachromosomique plasmidique mais mitochondritique (euh... chuis pas sur que ca se dise ca... lol). Et cet ADN là n'est qu'une infime parti de l'ADN utilisé par les cellules humaines.

Il existe des phénoménes de mutations interchromosomiques qui vont faire que certaines régions des chromosomes ne vont pas se retrouver sur le bon chromosome. Mais là, il y a fort à parier qu'il s'agira d'une mutation qui entrainera de graves conséquences et la personne affectée par cette mutation ne sera plus "saine" donc on ne la choisira pas pour nous donner un patron de séquence génotypique.

Les differences phenotypiques se traduisent par un seul gene absent/present ou par de nombreuses modifications?

Les différences au niveau du phénotype entre individu d'une même espece, comme chez l'humain, s'explique par la modification combinée de plusieurs gènes ( dans le cas de caractères multilocus ),par la modification d'un seul gène ( dans le cas de caractère associé à un seul gène ) et par le génotype même de l'individu ( l'association d'allèles ). Ces modifications peuvent avoir pour origine l'adaptation à l'environnement ou la dérive génétique. Mais l'environnement seul peut aussi jouer à modifier un caractère (comme la pigmentation de la peau ou de la fourrure qui n'implique pas de phénomène génétique).

[invite153e7487]

(euh... chuis pas sur que ca se dise ca... lol).

mitochondrial

[invite38f0db9e]

mitochondrial

Erf ... suis-je bête !!! Je sais pas pourquoi, le mot m'a échappé sur le coup lol. Merci !!!

[invite153e7487]

la sequence qui est entrée dans les bases de données du genre BLAST, c'est donc celle d'un organisme bien particulier?

autre question, basique : on ne detecte donc qu'il y a un gene a un endroit lors d'un sequencage simplement via des sequences bien définies (comme initiation de la transcription, terminaison, promoteurs,...) ?

[invite38f0db9e]

autre question, basique : on ne detecte donc qu'il y a un gene a un endroit lors d'un sequencage simplement via des sequences bien définies (comme initiation de la transcription, terminaison, promoteurs,...) ?

Quand on procède au séquencage on ne connait pas forcément toutes les protéines codées par tous ces gènes. On séquence le génome et une fois qu'on a la séquence, on peut l'étudier via des vecteurs d'expression par exemple. On étudie les propriétés de la protéines, l'expression endogène du gène en question ...

[invite9e6bc039]

Pour répondre à la question posée plus haut, le séquençage du génome humain utilise plusieurs "organismes" donc personnes, c'est un pool représentatif.
Les dernières avancées visent précisément à les séquencer séparément et en tirer des conclusions sur certaines prédispositions, comme des réponses spécifiques à certains traitements.

[gorben]

Bon et bien même si je n'ai pas lancé ce sujet, merci a tous pour vos reponses!

[invite972494a2]

Puisqu'il s'agit d'un post sur les techniques de séquençage du génome humain, quelqu'un pourrait-il expliquer la technique du "shotgun' ?