Séquencage de génome : Gap physique

[inviteb7174662]

Bonsoir à tous (Bonjour pour ceux qui liront demain )

J'ai un petit souci avec les gaps physiques que l'on peut avoir après assemblage des contigs.

Plus précisément, j'ai entendu parler de plusieurs méthodes pour combler ces gaps physiques, mais je n'ai pas saisi leurs principes.
Quelqu'un connaitrait il ces méthodes et pourrait il me les décrires (avantages, inconvénients) et éventuellement, la méthode la plus utilisée pour combler ces gaps ^^

Merci d'avance.
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[invitea0443c8c]

Salut!
Je t'avais donné des méthodes pour combler les GAP entre les contigs dans un post précédent (ou tu essayais de cribler des BAC)...avec notamment double approche PCR, STS, hybride d'irradiation dans les cellules CHO, etc...

http://forums.futura-sciences.com/thread58062.html

Ca sera ma seule réponse pour cette nuit!
Réponse plus complète peut-être demain ou sinon après demain....

A+
Vinc

[inviteb7174662]

Euh ah ok je vois ^^

J'avais pas compris ca comme ca en fait, j'étais resté dans mon étroite vision des choses, dans mon précédente post en fait, je voulais séquencer un fragment d'adn, et comme un boulet, j'ai pas fait le rapprochement avec ce problème de gap.
Mais maintenant que tu me mets dessus, c'est évident.

Faut vraiment que j'arrive à avoir une vision plus large des choses grmbl, ca me fait cruellement défaut.

Merci en tout cas. ^^
Sinon je précise ce dont j'ai entendu parler :
PCR nichée, je crois avoir pigé le truc, encore que...
ADN grand fragment
Coupure par Hind3 + adapteur (ca j'ai vraiment pas saisi le principe ^^)