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recherche du genome bacterien



  1. #1
    KZIND

    recherche du genome bacterien


    ------

    Bonjour
    Sur la base NCBI on peut chercher le génome de différentes espèces y compris bactériennes, mais j ai un problème avec quelques espèces .
    je prend une espèce X, j enregistre son génome a partir de NCBI, et après je veux faire un BLAST pour une séquence nucléotidique, mais je ne trouve pas mon espèce X,

    Pourriez vous m aider svp?

    -----

  2. Publicité
  3. #2
    lock_90

    Re : recherche du genome bacterien

    Bonjour,
    Normalement, vous devez aller sur Blastn (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast...._LOC=blasthome) et copier votre sequence dans la case en haut, puis vous cliquez sur "Blast" en bas de la page.
    Il va vous sortir les séquences les plus identiques à la votre. Si votre séquence est bien celle de votre bactérie X, vous devez trouver des séquences de X au moins dans les premières résultats.

  4. #3
    KZIND

    Re : recherche du genome bacterien

    merci pour votre aide, mais c'est ça ce que je fais, et je ne trouve pas mon espece

  5. #4
    Loupsio

    Re : recherche du genome bacterien

    bonsoir,
    il y a quelque chose qui n'est pas clair dans ton problème,
    tu dis que tu enregistre son génome a partir de NCBI, et après tu veux faire un BLAST
    comment ca, tu "enregistre son génome" ? tu as juste besoin de coller ta sequence et cliquer sur "blast", je vois pas de quoi tu parles quand tu dis que tu enregistre

    sinonpour ton probleme il peut y avoir plusieurs raisons, blast ne te donne que les meilleurs résultats (100 je crois) pour peu que ta séquence soit extrêmement conservé peut etre que des tas d'espèce on exactement cette séquence si elle est courte, et alorsles 300 ou 400 premiers resultats aurons le meme score et donc il t'en montre 100 mais peut etre que ton espèce est plus bas avec un meme score mais qu'il ne te la montre pas

    Ce que tu peux faire si tu sais quelle est la séquence que tu blast, c'est aller chercher la sequence de ce gène entier sur NCBI, non pas par blast, mais en la recherchant avec le nom du gène, la copier, et ensuite faire un alignement de séquence entre ta portion de séquence et le gène que tu viens de copier (le site de EMBL-EBI est pas mal pour les alignements : http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/embos...ucleotide.html) et tu verra si ta séquence possède des mutations, ou je ne sais ce que tu cherche

  6. #5
    KZIND

    Re : recherche du genome bacterien

    Bonjour
    Mercii beaucoup, en effet, normalement je colle la sequence du gènome de la bacterie X (au lieu de "enregistrer")
    Je vais tester votre solution et voir
    Ce que Je cherche est de trouver des sequences qui sont specifiques à une espece bacterienne donnée (à partir de son genome mais pas d'un gene donne)

  7. A voir en vidéo sur Futura

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