Acides nucléiques

[inviteacad7a25]

Bonjour, je reviens vers vous avec quelques questions sur les acides nucléiques
1 comment savoir si un brin peut être hydrolysé ou non pas une enzyme de restriction? Par exemple GTATAC ? Et CGTCGCCCCAGC ?
2 si un brin contient 13 Bases peut on dire qu'il code pour 4 AA ne devraient-ils pas être 12 ?
3 si je connais que A/G d'un premier ADN est plus petite que celle d'un 2eme est ce que je peux comparer les TM ?
Merci.
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[HarleyApril]

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Pour la modération

[invite3a3d529a]

Hello,

1 comment savoir si un brin peut être hydrolysé ou non pas une enzyme de restriction? Par exemple GTATAC ? Et CGTCGCCCCAGC ?

Alors généralement, les sites de restriction sont palindromiques. Le motif 5' GTATAC 3' pourrait en être un du coup, car le brin complémentaire serait aussi 5' GTATAC 3'. Mais bien sûr, toute séquence palindromique n'a pas forcément une enzyme de restriction qui lui correspond. La deuxième séquence n'est pas palindromique et me paraît bien longue pour être un site de restriction. En général, deux-ci font entre 4 et 8 nucléotides.

2 si un brin contient 13 Bases peut on dire qu'il code pour 4 AA ne devraient-ils pas être 12 ?

ça dépend du cadre de lecture ! Dans ces deux exemples, on pourrait effectivement avoir 4 AA :
- AAA/UUU/GGG/CCC/A : on a bien 4 aa, avec un nucléotide en "trop"
- A/AAU/UUG/GGC/CCA : pareil

Mais avec ce même ARN lu de cette façon, on en aurait que 3 (avec 2x2 nucléotides en "trop") :
AA/AUU/UGG/GCC/CA

Mais sinon oui, pour être logique et simple, on devrait dire que pour avoir 4 AA, il faut 12 nucléotides.

3 si je connais que A/G d'un premier ADN est plus petite que celle d'un 2eme est ce que je peux comparer les TM ?

Cette phrase n'a pas de sens j'imagine que tu parles de deux amorces pour faire une PCR ? Oui, tu peux comparer les Tm de deux amorces même si elles n'ont pas la même longueur. L'important est que les Tm soient proches (et que tes amorces n'aient pas de séquences complémentaires entre elle, et qu'elles ne forment pas de structure secondaire )

Cordialement,
Dalmia

[Flyingbike]

pour compléter

1/ il y a des outils pour cela par exemple sur les sites des fournisseurs d'enzymes : https://enzymefinder.neb.com
par exemple GTATAC est coupé par BstZ17I
CGTCGCCCCAGC n'est pas coupé par une enzyme connue

3/sans connaitre la longueur, le ratio A/G seul ne permet pas de comparer les Tm. par exemple a 50% de GC, un 20-mer fond vers les 55-65°, un 200-mer fond a 80-90°

[A voir en vidéo sur Futura]