Base de données Bactéries

[Bioinfirm]

Bonjour tout le monde,

Je voudrais savoir s'il existe une base de données de bactéries.
Je m'explique :
je ne cherche pas à connaitre un génome, ou à avoir des informations de microbiologie poussées, mais juste un nom de bactérie et certaines caractéristiques de celle-ci: par exemple, des informations sur la transmission, sur les maladies qu'elle peut engendrer.

Google est ton ami, j'en ai trouvé quelques unes, mais je me demandais s'il ne y avait pas une base de donnée au niveau internationale (ou nationale ) qui regrouperait des bactéries.


Merci
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[dalmia]

Bonjour,

Pour avoir des informations poussées sur les bactéries, il faut que tu fasses tes recherches dans le Google des scientifiques : Pubmed.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

Alors Pubmed n'est pas spécialisé bactéries (le "Med" signifie médical donc tout ce qui est biologie, écologie, biochimie, médecine, santé...), mais il te suffit de mettre les mots-clés de ton choix dans la barre de recherche pour dégoter ce qui t'intéresse... en anglais !!!

Les documents auxquels tu vas accéder sont les résultats tels qu'ils sont publiés par les laboratoires. La structure est spécifique : un titre, une liste d'auteurs (ce sont les personnes qui ont participé à l'étude), un abstract (càd le résumé), et le contenu. Si tu veux absolument avoir accès à la totalité du contenu des articles, il te faut choisir sur la gauche "Free Full Text". Sans cocher cela, des documents payants vont apparaître mais ce n'est pas grave, les résumés sont quasiment toujours dispos et tu peux déjà avoir des infos intéressantes dedans.

Cette banque de données est TRES vaste. Je viens de taper "Escherichia coli", et on me propose presque 360 000 résultats. Sois précis dans tes mots-clés
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/...cherichia+coli

Encore une chose, il y a différents types de publications, dont deux grands principaux :

_ les articles scientifiques : ils présentent des données (photos, graphes, tableaux, histogrammes etc) obtenues dans un laboratoire (ou plusieurs qui sont en collaboration) suite à des expériences, des observations, des tests. La majorité des publications sont des articles scientifiques.

_ les revues : c'est plutôt un état des lieux sur une question globale qui va donc évoquer les résultats de différents laboratoires autour d'une même thématique. Par exemple qqn peut décider d'écrire une revue en remarquant "merde alors, ya aucune revue qui parle des bactéries méthanogènes du Pacifique Sud", il va faire sa biblio (= lire tous les articles pertinents avec sa recherche), et les "compiler" de façon intelligente à bien cerner tel ou tel sujet. Les revues sont vraiment pratiques pour avoir un bon aperçu d'un sujet plutôt que de se lancer dans la lecture d'une étude bien précise ( = article scientifique). ça peut être pas mal pour commencer ! Tu auras plein de références pour aller lire d'autres publications si une donnée retient particulièrement ton attention dans ta lecture. Pour n'afficher que les revues, il te faut choisir "Review" en haut à gauche.

Bonnes recherches ! N'hésite pas si tu as des questions.

Dalmia

[minushabens]

J'aime bien utiliser ce site : http://bacteria.ensembl.org/index.html
et la base de séquences la plus complète je crois est la base silva : https://www.arb-silva.de/

[Geb]

Bonjour,

je ne cherche pas à connaitre un génome, ou à avoir des informations de microbiologie poussées, mais juste un nom de bactérie et certaines caractéristiques de celle-ci: par exemple, des informations sur la transmission, sur les maladies qu'elle peut engendrer.

Juste un petit détail : la très grande majorité des bactéries identifiées n'est pas pathogène. Si ce sont uniquement les micro-organismes pathogènes qui t'intéressent, tu devras probablement explorer en détail la International Statistical Classification of Diseases and Related Health Problems, principalement au chapitre des maladies infectieuses.

J'apprécie également la base de données Ensembl suggérée par minushabens. Sinon, il y a un autre site sympa, celui de la "Liste des noms de procaryotes reconnus dans la nomenclature" ("List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature" ou LPSN), qui au dernier décompte le 25 mai 2017 rassemblait 15.626 noms d'espèces procaryotes identifiées acceptés dans la nomenclature officielle.

Cordialement.

[A voir en vidéo sur Futura]

[Bioinfirm]

Merci pour ta réponse Dalmia!

Effectivement, Pubmed, je connais, mais je t'avoue que je n'ai meme pas cherché sur ce site en me disant que je vais justement avoir beaucoup trop de résultats et qu'il faudra trier d'autant plus que je ne cherche pas des études faites en labo sur certaines bactéries ou bien des avancées en recherche.


Ce que je recherche c'est une sorte de base de donnée mais avec que ce qui va intéressé un médecin pour la prescription d'un tel ou tel antibiotique.

ça me semble bizarre qu'il n y ait pas une base ou un doc qui ferait une sorte de recensement de bactéries pathogènes.

[Geb]

ça me semble bizarre qu'il n y ait pas une base ou un doc qui ferait une sorte de recensement de bactéries pathogènes.

Ça existe. Il s'agit d'une base de données qui est maintenue à jour par le PATRIC : "Pathosystems Resource Integration Center", qui concerne les "microbes pathogènes" et qui est assez récente (2013) et donc probablement pas suffisamment exhaustive.

Je précise que je ne l'ai jamais utilisé ni exploré dans le détail.

Cordialement.

[Bioinfirm]

Merci Geb !
j'ai regardé tout ça!
le International Statistical Classification of Diseases and Related Health Problems, me semble pas mal.
La liste peut aussi être intéressante.

encore une fois, je pensais qu'il y avait une sorte de bd toutes prête, ça serait hyper pratique

[Bioinfirm]

Merci minushabens pour ta réponse! mais ensemble ça me semble que c'est plus pour le génome de bactérie, séquence d'ADN tout , transcrits ... etc
je ne trouve pas d'informations assez générales :/

[Bioinfirm]

Ça existe. Il s'agit d'une base de données qui est maintenue à jour par le PATRIC : "Pathosystems Resource Integration Center", qui concerne les "microbes pathogènes" et qui est assez récente (2013) et donc probablement pas suffisamment exhaustive.

Je précise que je ne l'ai jamais utilisé ni exploré dans le détail.

Cordialement.

Je vais regarder ça ! merci beaucoup Geb

[minushabens]

Ce que je recherche c'est une sorte de base de donnée mais avec que ce qui va intéressé un médecin pour la prescription d'un tel ou tel antibiotique.

ça n'est pas forcément si simple et notamment le choix de l'antibiotique efficace peut être au niveau de la souche et pas de l'espèce. C'est pourquoi on réalise des antibiogrammes (et du coup on n'a pas besoin d'identifier l'espèce).