Génétique et probabilité de recombinaison(cartographie)

[inviteacad7a25]

Bonsoir tout le monde, il y a une notion en génétique que j'arrive pas à assimiler, en fait ça concerne la carte génétique, alors je sais que cette carte établit les distances génétiques = statistiques entre les genes et les marqueurs génétique en se basant sur la fréquence de recombinaison qu'on appelle teta, deja ici j'ai une petite confusion est ce que teta= fréquence de recombinaison= probabilité de recombinaison ? (c'est la meme chose ?), et on utilise ce concept pour calculer le lod score, et pour ce faire il faut calculer les probabilités et ici je beugue franchement, est ce que la probabilité de non recombinaison par exemple est égale à 1-teta ou c'est égale à 1-teta le tout sur deux ? parce que dans chaque source je trouve un calcul different! et si c'est le deuxieme cas alors le 2 c'est le nombre de génotypes parentaux ?
j'espere avoir bien transmis ma question et j'espere avoir une réponse, parce que cette confusion me pose beaucoup de problemes dans la résolution des exercices de génétique! merci d'avance!
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[blisax]

Bonjour,

Theta est bien la fréquence de recombinaison, c'est-à-dire le (nombre de gamètes recombinés)/(nombre de gamètes transmis). On peut assimiler cette fréquence observé à la probabilité de recombinaison. En ce sens, fréquence de recombinaison= probabilité de recombinaison.

Soit il y a recombinaison, soit il n'y a pas de recombinaison. Donc la fréquence de gamètes non recombinés est bien 1 - theta.

Pour comprendre le calcul du LOD score il faut comprendre Theta. C'est donc une mesure de liaison génétique. Si les deux loci étudié sont transmis indépendamment alors theta = 1/2, il y a autant de chance d'observés une recombinaison que de ne pas en observer. Si les loci sont physiquement proches sur le chromosome, ils sont souvent transmis ensemble car la probabilité d'avoir une recombinaison dans le court espace physique qui sépare les deux loci est faible. Ainsi theta sera compris entre 0 et 1/2. Les deux loci sont liés et la transmission n'est pas indépendante.

On aimerait une mesure qui nous dise a quel point il y a non-indépendance et une mesure sur laquelle on fait faire des tests statistiques. Pour quantifier l'écart à la situation d'indépendance on peut faire le rapport entre (theta observé)/(theta en situation d'indépendance); et puisque (theta en situation d'indépendance) = 1/2 alors le rapport devient (theta observé)/(1/2). Si il y a une liaison génétique, ce rapport sera inférieur à 1. Plus ce rapport est petit plus la liaison est forte.
En pratique on utilise une échelle logarithmique ainsi on a Z= Log ( (theta observé)/(1/2) ). C'est ça le LOD Score, le logarithme du rapport du theta observé et du theta théorique en situation d'indépendance.

J'espère que c'est plus clair