Un organisme vivant, qu’est-ce ?

[saint.112]

La question a peut-être déjà été posée mais je n’ai pas trouvé.

Je fais appel à vos lumières pour évaluer et corriger le petit topo qui suit. À toutes fins utiles, j’explique à la fin les motifs de ce travail.
Il ne s’agit ni du processus de l’émergence de la vie (sur terre ou ailleurs) ni même des conditions qui l’ont rendu possible mais des critères généraux permettant de déterminer qu’un objet est un organisme vivant, à commencer par le premier d’entre eux bien sûr. Il n’est donc pas question de ce qui s’est passé avant à savoir comment la vie a émergé ni des différentes hypothèses en présence mais, une fois ce stade passé, du plus petit dénominateur commun à tous les organismes.
J’ai concocté ça à partir de différentes lectures.

Un organisme vivant, le plus primitif soit-il, est caractérisé par :

1. Un métabolisme.
   Un organisme est a minima une cellule ou une proto-cellule qui maintient sensiblement constante la composition chimique du milieu intracellulaire, c’est l’homéostasie. Il a donc un métabolisme c’est à dire un ensemble de réactions chimiques permettant à la cellule d'élaborer ses propres matériaux. Cela suppose donc :
   • Des nutriments.
     Les constituants sont constamment régénérés par synthèse à partir d’éléments chimiques et/ou de molécules tirés du milieu extérieur. Par définition, un organisme fait du soi avec du non-soi.
   • De l’énergie.
     Le processus d’organisation, c’est à dire les synthèses nécessaires au maintient de ses composants, suppose un mécanisme de couplage qui relie à ces réactions la libération d’énergie par décomposition de molécules également prélevées dans le milieu extérieur pour certains types d’organismes. Une autre source d’énergie est apparue plus tard : la photosynthèse.
   • Les déchets.
     Les constituants dégradés et/ou inutiles et les produits de décomposition chimique sont évacués vers l’extérieur.
2. La membrane.
   Des réactions contrôlées ne peuvent se maintenir que si elles sont isolées du milieu extérieur par une membrane dotée d’une perméabilité sélective laissant entrer la matière utilisée comme nutriment et/ou comme source d’énergie et laissant sortir les déchets. Chez les organismes vivants connus il s’agit d’une membrane lipido-protéique enveloppant le cytoplasme et possédant des voies d’entrée et de sortie pour le transport, soit passif soit actif, d’éléments ou de molécules. De même que pour le métabolisme, ces échanges à travers la membrane sont donc sous le contrôle de la cellule.
   La perte de ce contrôle se traduisant par une intrusion d’éléments externes non conformes en quantité et en qualité et/ou par la perte d’éléments internes peut entrainer la mort de la cellule.
3. Croissance et reproduction.
   Le flux de matières entrant qui alimente le réseau de réactions est supérieur au flux sortant de sorte que l’organisme vivant croit et se divise. Il y a donc reproduction. Lors de la réplication la copie n’est pas forcément tout à fait identique à l’original. C’est la clé de l’évolution.
4. Le code génétique.
   Les différentes définitions que j’ai trouvées postulent toutes qu'un organisme vivant est donc a minima une cellule dotée 1) d’un métabolisme assurant son homéostasie, 2) d’une membrane isolant le cytoplasme du milieu extérieur tout en assurant les échanges, et 3) d’une capacité de croissance et de reproduction. Mais l’existence dès l'origine d’un code génétique (par exemple selon l’hypothèse d’un monde à ARN) reste un objet de débat. La synthèse d’ARN à partir de simples précurseurs inorganiques est plus difficile que celle des autres molécules organiques et, contrairement aux lipides par exemple, ce sont des molécules assez instables. Par conséquent la présence d’un code génétique ne ferait pas partie des critères minimaux.
   La division cellulaire pouvait donc consister en une réplication plus ou moins à l’identique en l’absence d’un système d’information qui suppose un niveau de complexité supérieur. Il est donc possible que les premières cellules aient été dépourvues de code génétique et donc que celui-ci soit apparu ultérieurement.

Pourquoi ai-je rédigé ce topo ?
Je ne participe pas souvent à ce forum mais plutôt aux forums Univers et en particulier Planètes et Exobiologie dans lesquels il y a un sujet récurrent : l’exobiologie et par extension l’origine de la vie. Le problème dans ces discussions est bien souvent que les notions sur en premier lieu ce qu’est la vie sont assez floues c’est à dire sur la définition d’un organisme vivant. Pour clarifier les idées j’ai souvent donné un petit topo assez simple compilé à partir de différentes lectures. Je l’ai un peu restructuré et complété aussi je le soumets à votre sagacité pour que vous me disiez si je fais des erreur et/ou si j’ai omis certains points. Peut-être existe-t-il un meilleur papier tout prêt.
Je me concentre uniquement sur les conditions qui permettent de déterminer qu’un organisme est vivant, qu’il soit terrestre ou non.

Nico
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[saint.112]

Bonjour à tous
Je m'aperçois avec regret que je n'ai pas mis les formules de politesse de rigueur. Je vous prie de m'en excuser.
Je me vous remercie d'avance de vos réponses.
Nico

[Geb]

Bonsoir,

Par avance, je te prie de me pardonner de ne pas rentrer tout de suite dans le détail de tes suggestions (détail qui est pourtant la partie essentielle de ton message, j'en conviens), mais je dirais que c’est un exercice extrêmement ambitieux ! De plus, si je le comprends bien, j’ai peur que le côté flou ne soit reproduit dans ton premier message.

En effet, tu évoques trois choses selon moi assez différentes. Tu parles de "notions sur en premier lieu ce qu’est la vie", de "la définition d’un organisme vivant", des "conditions qui permettent de déterminer qu’un organisme est vivant, qu’il soit terrestre ou non". Or, à mon sens, les 3 propositions nous emmènent dans des considérations totalement différentes :

1) ce qu’est la vie,
2) ce qu’est un organisme vivant,
3) les conditions qui permettent de déterminer qu’un organisme est vivant.

En outre, on pourrait ajouter une quatrième discussion selon moi totalement différente, c’est de faire en sorte que les conditions a minima permettent de déterminer la nature "vivante" d'un phénomène (ou d'une entité) "qu’il soit terrestre ou non". Je ne pense pas qu'il me soit utile que tu précises ton propos pour entamer cette discussion sur les éléments que tu proposes comme caractéristiques des êtres vivants, terrestres ou non terrestres. Mais je crois utile de préciser que les réponses aux trois ou quatre questions que j'ai identifiées devraient être différentes, à mon humble avis.

Cordialement.

[saint.112]

En effet, tu évoques trois choses selon moi assez différentes. Tu parles de "notions sur en premier lieu ce qu’est la vie", de "la définition d’un organisme vivant", des "conditions qui permettent de déterminer qu’un organisme est vivant, qu’il soit terrestre ou non". Or, à mon sens, les 3 propositions nous emmènent dans des considérations totalement différentes :
1) ce qu’est la vie,
2) ce qu’est un organisme vivant,
3) les conditions qui permettent de déterminer qu’un organisme est vivant.

En effet, c’est ce que je souligne souvent : en toute rigueur la vie n’existe pas. Le seul objet existant et observable est un organisme vivant.
Donc, puisque par exemple les virus ne sont pas considérés comme des organismes vivants étant donné qu’ils n’ont pas la capacité de se reproduire (le point 3 de mon topo), la question est de savoir quels sont les critères permettant de dire qu’une bactérie ou une baleine bleue sont des organismes vivants. Toutes les espèces vivantes actuelles sont conformes aux 4 points de mon topo, donc code génétique inclus.

• Ai-je oublié des critères ?
• Faut-il les présenter autrement ? Je me suis demandé si le point 3 Croissance et reproduction ne devrait pas être divisé en deux. Mais je l’ai lu sous cette forme.
• Peut-on considérer comme vivants des organismes hypothétiques (pré-LUCA) qui se reproduiraient sans avoir de code génétique ?

Nico

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite9dc7b526]

Tu as oublié l'évolution. Pour certains chercheurs c'est même l'unique critère: est vivant ce qui évolue.

[saint.112]

Tu as oublié l'évolution. Pour certains chercheurs c'est même l'unique critère: est vivant ce qui évolue.

Je ne l’ai pas oubliée pour deux raisons :

1. Elle fait partie du point 3 :
   

   Lors de la réplication la copie n’est pas forcément tout à fait identique à l’original. C’est la clé de l’évolution.

   Je me demande au demeurant si je ne devrais pas le scinder en deux points séparés : croissance et reproduction.
2. Ta formulation pose un problème sémantique récurrent : qu’est-ce que tu appelles “ce qui est vivant“ ? En toute rigueur ce qu’on appelle “le vivant“, “la vie“, “la matière vivante“, etc., n’existe pas. À quel objet observable et susceptible d’expérimentation scientifique fait-on référence ? Ce sont des concepts fourre-tout qui peuvent être commodes quand on parle de la vie sur une autre planète par exemple mais qui posent problème dès qu’on commence à les réifier, ce qui est fréquent. On met donc un peu n’importe quoi sous ce chapeau : le fait qu’il existe des êtres vivants, les espèces, les individus, etc.
   Ce qui existe vraiment ce sont :
   • Les organismes vivants concrets : une bactérie, un raton laveur, une mouette rieuse, etc, sont des objets observables. En tant qu’individus ils n’évoluent pas. Ils sont nés avec un code génétique donné qui ne changera pas durant leur existence. Bon, d’accord, les bactéries échangent du matériel génétique entre elles, donc elles connaissent un petit changement de leur génome.
   • L’espèce en tant que classe matérialisée par le code génétique commun à ses membres. C’est la seule chose qui évolue par les mutations qui surviennent à l’occasion de la reproduction. Par exemple un lointain cousin des hippopotames est l’ancêtre des cétacés actuels mais ce sont pas ces hippopotames concrets vivant il y a quelques dizaines de millions d’années qui ont évolué, ce sont leurs descendants qui, de génération en génération, différaient légèrement de leurs parents pour graduellement aboutir à ce que nous connaissons aujourd’hui. Mais entre temps aucun individu n’a évolué.

Par conséquent, comme mon topo porte sur ce qu’est un être vivant concret et en particulier le premier d’entre eux et pas sur la définition de l’espèce, l’évolution n’entre en jeu que dans la mesure où, de par son mode de reproduction, ses descendants ne sont pas forcément tout à fait des clones de lui-même.
Donc ici la question de l’évolution n’est qu’une incidente.
Nico

[invite9dc7b526]

justement l'idée est que considérer un individu isolément n'est peut-être pas pertinent. Et par exemple il n'est pas sûr qu'on puisse parler du premier être vivant (sur Terre). Il est probable qu'il y a eu une suite de structures de plus en plus complexes dont aucune n'est identifiable comme la première à mériter d'être appelée être vivant. C'est la suite de ces structures qui est intéressante. Cela dit je ne suis pas biologiste, je m'avance peut-être un peu loin ici.

[saint.112]

justement l'idée est que considérer un individu isolément n'est peut-être pas pertinent. Et par exemple il n'est pas sûr qu'on puisse parler du premier être vivant (sur Terre). Il est probable qu'il y a eu une suite de structures de plus en plus complexes dont aucune n'est identifiable comme la première à mériter d'être appelée être vivant. C'est la suite de ces structures qui est intéressante. Cela dit je ne suis pas biologiste, je m'avance peut-être un peu loin ici.

Supposons une mission sur une exoplanète habitable et qui y découvre des structures composées de molécules organiques (c’est à dire à base de carbone) qui semblent auto-catalytiques, auto-répliquantes, etc. Qu’est-ce qui va permettre aux biologistes de la mission de pousser un « Eurêka ! » de triomphe et d’envoyer à la terre le message : « Cette planète est habitée. »
La seule chose qu’ils ont à étudier dans leur laboratoire, c’est à dire sur laquelle il peuvent faire des observations et des expériences, c’est une ou plusieurs de ces structures qu’ils soupçonnent être des organismes vivants. Avant d’étudier l’éventuelle évolution de ces structures, les différentes espèces, leur origine, etc., il doivent déterminer s’ils ont affaire à de simples agrégats de molécules produits d’une synthèse naturelle quelconque ou à des organismes vivants. Il faut donc qu’ils aient une liste de critères à cocher permettant de déterminer que ces objets sont vivants.
Nico

[invite7b7f1ad0]

Un organisme vivant à l'aptitude de mourir.
Cette phrase semble un peu ridicule cependant la différence d'avec un agrégat moléculaire auto répliquant est dans le fait qu'il y a transformation progressive et permanente de l'organisme vivant , avec développement de fonctions, reproduction et mort. L'agrégat auto répliquant dans un milieu totalement stable et adapté peut-il être vivant s'il reste tel quel? Il est possible d'imaginer qu'il puisse user de ses "congénères" comme source d'approvisionnement mais s'il reste toujours l'égal de lui même il n'accomplit pas vraiment de cycle, a t-il une vie?
Des idées à creuser sont peut-être dans les interaction des organismes vivants avec le milieu avec l'idée que le processus de vieillissement et de mort sont nécessaires à l'évolution.

[Geb]

Bonjour,

Malheureusement, j'ai très peu de temps à consacrer à cette réflexion à l'heure actuelle, mais voici un article relativement récent du généticien Antoine Danchin, qui à travers sa réflexion sur la distinction importante à apporter entre réplication et reproduction (un point d'attention qui lui vient d'un livre de Freeman Dyson publié en 1985), serait de nature à alimenter (je crois, ou du moins je l'espère) cette discussion sur les caractéristiques communes des organismes vivants terrestres :

- Retour sur les origines de la vie : de l’atome aux molécules, reproduction, réplication (Danchin, 2018)

Cordialement.

[saint.112]

Malheureusement, j'ai très peu de temps à consacrer à cette réflexion à l'heure actuelle, mais voici un article relativement récent du généticien Antoine Danchin, qui à travers sa réflexion sur la distinction importante à apporter entre réplication et reproduction (un point d'attention qui lui vient d'un livre de Freeman Dyson publié en 1985), serait de nature à alimenter (je crois, ou du moins je l'espère) cette discussion sur les caractéristiques communes des organismes vivants terrestres :

À défaut de me donner ta réflexion approfondie sur le sujet est-ce que tu pourrais me dire ta réaction rapide : c’est juste, je me plante, j’en oublie, etc.
L’article que tu cites ne répond justement pas à la question alors qu’à mon sens ça devrait faire partie des prolégomènes : si l’on parle de l’apparition des premières cellules vivantes et de leur évolution ultérieure il faudrait commencer par rappeler les caractéristiques minimales d’une cellule.
Nico

[jacquolintégrateur]

Bonjour
Peut-être pourrais-tu lire "Le Hasard et la Nécessité". Jacques Monod (prix Nobel). Il ne répond pas à toutes tes questions mais il débute le livre par un chapitre intitulé: "d'étranges objets" dans lequel il développe la question de la nature des êtres vivants, où il insiste sur ce qu'il nomme:"l'ontogénie structurelle", soit l'aptitude des molécules du vivant à s'organiser spontanément, un peu comme, si réunissant dans une boîtes les composants d'un appareil, celui-ci s'assemblait sans action extérieure ni même un bâti d'assemblage.
Cordialement.

[1h1ng01]

Je rejoins totalement jacquolintégrateur sur la référence au passage de Monod qui est un des écrits les plus intéressants que j'ai jamais lu.
Je pense effectivement qu'une particularité extraordinaire des organismes vivants, qui les différencie fondamentalement des structures inertes, c'est leur capacité d'autoorganisation et de réparation qui constitue une sorte de pied de nez au second principe de la thermodynamique, exception qui n'est toutefois qu'apparente puisque bien entendu, un organisme vivant n'est pas un système clos et par conséquent il n'y a qu'une décroissance locale de l'entropie mais bien une croissance de l'entropie si on prend en compte l'environnement.

[saint.112]

J’ai ouvert ce fil pour discuter de points au raz des pâquerettes pas pour naviguer dans les hauteurs stratosphériques de l’abstraction. Si c’est pour ajouter des notions qui n’ont pas leur place dans la problématique que j’ai posée comme l’évolution ou la mort cellulaire ou si c’est paraphraser mon topo avec des concepts philosophiques comme l'ontogénie structurelle ou le pied de nez au second principe de la thermodynamique, c’est hors sujet.
Le bouquin de Monod a fait un tabac au moment de sa sortie car il était dans l’air du temps mais ses concepts biologistes ont été depuis pas mal remis en question. C’est ça le problème de la mode : c’est ce qui se démode. Et puis de toutes façons ce sont des spéculations philosophiques dont je ne vois pas l’intérêt.
Si le sujet ne vous intéresse pas ou que vous ne le comprenez pas rien ne vous oblige à participer à cette discussion. Je préfère pas de réponse que des réponses à côté de la plaque.
Nico

[Geb]

À défaut de me donner ta réflexion approfondie sur le sujet est-ce que tu pourrais me dire ta réaction rapide : c’est juste, je me plante, j’en oublie, etc.

Mon intuition c'est qu'il est utile, pour définir un organisme vivant, d'essayer de spéculer sur ce à quoi les premières formes de vie ont pu ressembler, pour essayer de bien se positionner sur ce qui a pu paraître essentiel et ce qui présentait une nécessité plus floue (en fonction des hypothèses en présence). Le problème, c'est que ce faisant, on doit présenter des nuances pour pratiquement tous les éléments de ta liste.

L’article que tu cites ne répond justement pas à la question alors qu’à mon sens ça devrait faire partie des prolégomènes : si l’on parle de l’apparition des premières cellules vivantes et de leur évolution ultérieure il faudrait commencer par rappeler les caractéristiques minimales d’une cellule.

Outre la distinction entre reproduction et réplication, qui me paraît indispensable, si je paraphrase un peu le propos, il dit en substance que deux entités et trois processus sont nécessaires à la vie :

Une cellule vivante est une machine qui se reproduit tout en répliquant son programme de construction. La destination finale de ce programme génétique, le génome formé d’acides nucléiques, est de produire une copie aussi exacte que possible de lui-même, au sein d’une copie approximative de la machine qui l’exécute.

La première entité est une machine permettant au programme d’agir, qui comprend deux processus : la compartimentation et le métabolisme.

Un premier processus impose que leurs composants soient compartimentés : l’atome de vie est la cellule, définissant un milieu intérieur distinct de ce qui l’entoure. Ensuite, intervient le temps. Les composants chimiques cellulaires donnent lieu à de multiples interconversions, constituant son métabolisme. Pour agir, ce processus construit et utilise des fonctions dont le rôle est de manipuler les objets biologiques. Concrètement, cette manipulation est réalisée pour l’essentiel par des molécules géantes (ou macromolécules) de la classe des protéines.

La seconde entité est un programme qui comprend comme processus un transfert d’information récursif (récursif en ce sens qu’il est capable d’agir sur lui-même).

Cordialement.

[1h1ng01]

J’ai ouvert ce fil pour discuter de points au raz des pâquerettes pas pour naviguer dans les hauteurs stratosphériques de l’abstraction. Si c’est pour ajouter des notions qui n’ont pas leur place dans la problématique que j’ai posée comme l’évolution ou la mort cellulaire ou si c’est paraphraser mon topo avec des concepts philosophiques comme l'ontogénie structurelle ou le pied de nez au second principe de la thermodynamique, c’est hors sujet.
Le bouquin de Monod a fait un tabac au moment de sa sortie car il était dans l’air du temps mais ses concepts biologistes ont été depuis pas mal remis en question. C’est ça le problème de la mode : c’est ce qui se démode. Et puis de toutes façons ce sont des spéculations philosophiques dont je ne vois pas l’intérêt.
Si le sujet ne vous intéresse pas ou que vous ne le comprenez pas rien ne vous oblige à participer à cette discussion. Je préfère pas de réponse que des réponses à côté de la plaque.
Nico

Quelle que soit ton expertise sur le sujet je trouve ta réponse particulièrement sèche à l'égard de personnes qui participaient justement parce que la discussion leur semblait intéressante.
De plus, il est heureux que la biologie ait progressé depuis Monod, et il est aussi à la mode de tuer le père en fossoyant celui qui fut à la mode peu de temps avant, c'est un grand classique dans la recherche. De là à tout jeter aux ordures cela me semble radical, et si l'on découvre des organismes vivants sur Mars ou ailleurs, présentant des différences importantes avec les organismes vivants terrestres, au final le critère de l'autoorganisation pourrait être intéressant pour considérer qu'on est bien face à des organismes vivants.
Cela étant dit je laisse ma place sur ce fil à d'autres plus compétents en espérant qu'ils ne soient pas rebutés en te lisant.

[Geb]

Mon intuition c'est qu'il est utile, pour définir un organisme vivant, d'essayer de spéculer sur ce à quoi les premières formes de vie ont pu ressembler, pour essayer de bien se positionner sur ce qui a pu paraître essentiel et ce qui présentait une nécessité plus floue (en fonction des hypothèses en présence). Le problème, c'est que ce faisant, on doit présenter des nuances pour pratiquement tous les éléments de ta liste.

J’ai peut-être été un peu vague. Ce que je veux dire, c’est que l’apport des recherches récentes, de ces vingt dernières années, sur l’origine des premiers organismes, sont à la fois essentielles selon moi pour bien comprendre la nature des organismes vivants, mais en même temps, ce qu’elles signifient dans le détail m’échappe en partie parce qu’elles touchent à des notions de mathématiques, de chimie et parfois même de biologie qui me sont étrangères, n’ont pas encore été vulgarisées et ne sont pas encore rentrées, pour la plupart, dans les livres de cours universitaires.

Je pense notamment aux réflexions de Tom Misteli ou Alexeï Kourakine sur l’auto-organisation (qui fournissent un tas de magnifiques exemples expérimentaux pour lutter contre les créationnismes). Ces réflexions sont intéressantes en soi, mais pour donner un exemple concret, le détail des recherches de Raymond Astumian sur les moteurs browniens (qu’on rencontre abondamment dans le monde vivant), que Kourakine prend souvent en exemple, m’échappe encore quelque peu.

De même, j’ai l’intuition profonde que d’autres réflexions, comme celles de Marcelo Barbieri en terme d’agents, ou celles de Antoine Danchin en terme d’information, de machine de Turing ou de gènes persistants, ou encore de Christian Michel sur les codes circulaires mixtes (et il y en a plein d'autres dans lesquelles j'aurais envie de m'immerger entièrement) sont autant de recherches de nature à informer une définition correcte de la cellule vivante, mais de telles évolutions constituent potentiellement de véritables changements de paradigme par rapport à la nature profonde de la vie, et je dois bien avouer que je n’en comprends pas (encore) toutes les subtilités.

Pour revenir à ma contribution potentielle à cette discussion : je suis personnellement perdu dans un tas de recherches récentes que j’essaye de comprendre modestement, à mon petit niveau. M’inciter à travailler, dans ces conditions, à une définition de l’organisme vivant, s’en est trop. Et pourtant, l’envie est bien là, malgré le peu de temps avec une connexion internet dont je dispose en ce moment.

Cordialement.

[saint.112]

Mon intuition c'est qu'il est utile, pour définir un organisme vivant, d'essayer de spéculer sur ce à quoi les premières formes de vie ont pu ressembler, pour essayer de bien se positionner sur ce qui a pu paraître essentiel et ce qui présentait une nécessité plus floue (en fonction des hypothèses en présence). Le problème, c'est que ce faisant, on doit présenter des nuances pour pratiquement tous les éléments de ta liste.

Outre la distinction entre reproduction et réplication, qui me paraît indispensable, si je paraphrase un peu le propos, il dit en substance que deux entités et trois processus sont nécessaires à la vie :
Une cellule vivante est une machine qui se reproduit tout en répliquant son programme de construction. La destination finale de ce programme génétique, le génome formé d’acides nucléiques, est de produire une copie aussi exacte que possible de lui-même, au sein d’une copie approximative de la machine qui l’exécute.

Je ne vois franchement pas ce que ça apporte de renommer des notions parfaitement précises comme organisme, cellule ou code génétique, avec des termes vagues et génériques comme machine, programme de construction. Cet article n’est pas pour le grand public. De plus, l’expression destination finale de ce programme génétique vous a un petit arôme finaliste assez gênant.

La première entité est une machine permettant au programme d’agir, qui comprend deux processus : la compartimentation et le métabolisme.

Un premier processus impose que leurs composants soient compartimentés : l’atome de vie est la cellule, définissant un milieu intérieur distinct de ce qui l’entoure. Ensuite, intervient le temps. Les composants chimiques cellulaires donnent lieu à de multiples interconversions, constituant son métabolisme. Pour agir, ce processus construit et utilise des fonctions dont le rôle est de manipuler les objets biologiques. Concrètement, cette manipulation est réalisée pour l’essentiel par des molécules géantes (ou macromolécules) de la classe des protéines.

Si je décode bien, c’est exactement de que je dis mais en vague et non structuré.
Je ne vois donc pas ce que ça apporte ni en plus ni en moins et guère en confirmation de mon topo initial.

Nico

[Geb]

Bonjour,

Après 3 dimanches quasi exclusivement consacrés à la relecture d'Antoine Danchin, je reviens à la charge !

Pour ceux qui ont beaucoup de temps, Antoine Danchin a donné une conférence en 2008 qui moi m'avait beaucoup plu (lire cependant le caveat que j'exprime dans le reste de mon message) :

- Peut-on concevoir la cellule comme un ordinateur qui ferait des ordinateurs ? (~76 min.)

Pour ceux qui auraient le loisir et/ou le courage de la regarder en entier, je précise, pour vous faire gagner du temps, que la conférence, après les remerciements, commence à 8′36″ dans la vidéo ci-dessus (à "Alors, le premier contexte dans lequel je vais essayer de vous plonger [...]"), et elle se termine à 57′23″ (par "Et donc, je pense que je vais m'arrêter ici [...]"), avant d'autres remerciements, directement suivis de la séance de questions-réponses, ce qui fait que la conférence en elle-même ne fait "que" ~49 minutes.

Caveat : il s'agit d'une conférence très dense en informations parfois complexes, ce qui peut donner l'impression, pour reprendre l'expression utilisée par Nicolas, d'un côté "vague et non structuré". Par conséquent, pour ceux qui comprennent bien l'anglais, je recommande vivement la lecture, avant de voir sa conférence, d'une publication relativement longue (20 pages) :

- Frustration: Physico-chemical Prerequisites for the Construction of a Synthetic Cell (Danchin & Sekowska, 2009)

Cette publication est d'un grand intérêt pour avoir les sources (références bibliographiques à l'appui) et quelques détails supplémentaires, d'une grande importance selon moi, par rapport à certaines des affirmations qui peuvent (souvent) paraître péremptoires et/ou floues dans la conférence.

Me replonger dans ces réflexions m'a donné envie de me mettre à l'étude de la théorie de l'information et Antoine Danchin donne des pistes intéressantes pour commencer (Turing, Von Neumann, Landauer, Bennet, etc.).

Cordialement.

[invite853321bf]

Bonjour

Donc, puisque par exemple les virus ne sont pas considérés comme des organismes vivants

Alors ça déjà, je connais (au moins) quelques virologues qui pourraient exprimer un certain mécontentement. C'est un sujet encore ouvert et il n'y a pas une réponse acceptée vraiment par tout le monde.

étant donné qu’ils n’ont pas la capacité de se reproduire (le point 3 de mon topo),

. Ok... donc lisons ce point 3.
"Le flux de matières entrant qui alimente le réseau de réactions est supérieur au flux sortant de sorte que l’organisme vivant croit et se divise. Il y a donc reproduction. Lors de la réplication la copie n’est pas forcément tout à fait identique à l’original. C’est la clé de l’évolution."
Ah malheureusement, les virus sont sûrement les organismes ayant le plus de différence d'une génération à l'autre, clé de leur résistance. Donc... non, ils ont la capacité de se reproduire selon ta propre définition. Et ils évoluent (sinon le SIDA serait une histoire très ancienne). Et flux de matières entrant = flux de matières sortant, la génération spontanée n'existe pas, rien ne se perd tout se transforme, etc.

Pour petit rappel, lors de la découverte des prions pathogènes et de leur mode de propagation, cela a soulevé un débat car cela recouvrait beaucoup des propriétés attribués comme unique à l'ADN.
Ce que je veux dire par là, c'est qu'un caractère unique ou de type "ça se passe toujours comme ça" doit être complété par "à ma connaissance" ou "selon l'état des connaissances actuelles". Dès lors, définir une règle empirique pour quelque chose d'aussi universel est complexe et ce débat ne finira jamais.

Mon intuition c'est qu'il est utile, pour définir un organisme vivant, d'essayer de spéculer sur ce à quoi les premières formes de vie ont pu ressembler, pour essayer de bien se positionner sur ce qui a pu paraître essentiel et ce qui présentait une nécessité plus floue (en fonction des hypothèses en présence). Le problème, c'est que ce faisant, on doit présenter des nuances pour pratiquement tous les éléments de ta liste.

Désolé mais je ne suis pas sûr que ce soit si utile, ça ne fait que déplacer le problème.
Plutôt que d'essayer de fixer une frontière... "biologique" à notre époque entre vivant et non, cela revient à fixer une frontière historique définissant l'apparition du vivant. Mais... c'est à partir de quelle étape ? On en revient à la question de la définition. Si on demande à un virologue, un microbiologiste ou un médecin, les étapes essentielles ne seront pas les mêmes je pense.

[Nine14140]

Un organisme vivant, qu’est-ce ?

De l'ADN permettant aux cellules qui le contiennent d'exister et de se reproduire.

Cela dans tout notre univers, en partant sur le principe que dans notre univers, les lois sont universelles.
Pour les autres univers, je ne m'avancerai pas pour définir la vie.

[saint.112]

@kamor et Nine14140.
Vous illustrez tous les deux les principaux moyens de faire déraper une discussion :

1. Moyen numéro 1 : pinailler sur un détail.
   

   Donc, puisque par exemple les virus ne sont pas considérés comme des organismes vivants

   Alors ça déjà, je connais (au moins) quelques virologues qui pourraient exprimer un certain mécontentement. C'est un sujet encore ouvert et il n'y a pas une réponse acceptée vraiment par tout le monde.

   On sort un bout de phrase de son contexte et surtout de l’argumentaire général pour étaler sa propre science en ne se préoccupant pas du tout du sujet principal de la discussion. Ça permet de créer sa propre discussion dans la discussion.
2. Moyen numéro 2 : introduire l’idée simpliste qui tue.
   

   Un organisme vivant, qu’est-ce ?

   De l'ADN permettant aux cellules qui le contiennent d'exister et de se reproduire.

   C’est un classique sur le forum : croire pouvoir résumer dans un aphorisme qui tient en une phrase un sujet fort compliqué, loin d’être parfaitement résolu et dont les publications occupent des rayonnages entiers de bibliothèque. Là, c’est très fort : 13 mots et 69 caractères pour répondre à la question du jour. Plus simpliste comme idée, tu meurs. Qui dit mieux ?

Ceci dit, vous avez sans doute mieux à faire dans votre existence que de venir mettre votre grain sel dans une discussion qui non seulement est déjà morte mais n’a jamais vraiment vécu.
Nico

[Nine14140]

...
Un organisme vivant, qu’est-ce ?
De l'ADN permettant aux cellules qui le contiennent d'exister et de se reproduire.
.
C’est un classique sur le forum : croire pouvoir résumer dans un aphorisme qui tient en une phrase un sujet fort compliqué, loin d’être parfaitement résolu et dont les publications occupent des rayonnages entiers de bibliothèque. Là, c’est très fort : 13 mots et 69 caractères pour répondre à la question du jour. Plus simpliste comme idée, tu meurs. Qui dit mieux ?[/List]Ceci dit, vous avez sans doute mieux à faire dans votre existence que de venir mettre votre grain sel dans une discussion qui non seulement est déjà morte mais n’a jamais vraiment vécu.

1) Ma grand-mère disait toujours.

Il est simple de faire très compliqué.
Mais il est extrêmement difficile de faire simple.

Oui, philosophiquement, on peut discuter pendant des milliards d’années, sur la base de milliards d’ouvrage.

.
.
2) Biologiquement parlant, (nous sommes sur un forum de biologie), c’est exactement la réponse que j’ai trouvée venant d’un grand expert (je ne me rappelle plus qui, ni ou).

[Geb]

Bonjour,

Tu as oublié l'évolution. Pour certains chercheurs c'est même l'unique critère: est vivant ce qui évolue.

Le 3 octobre 2008, Marie-Christine Maurel, chercheuse bien connue en France dans le domaine de l’étude scientifique des origines de la vie, avait organisé à l’École normale supérieure un colloque intitulé : "Origines de la vie : auto-organisation et/ou évolution biologique ?", que j’avais déniché il y a un bon moment déjà sur le site http://www.diffusion.ens.fr, qui malheureusement a été fermé depuis.

Le point de vue rapporté par minushabens me rappelle trois remarques, que je recopie ci-après, dans la conférence donné par le généticien français Pierre-Henri Gouyon à l’occasion de ce colloque d’octobre 2008 :

En fait, il y a eu une espèce de scission de la Biologie en deux morceaux un peu indépendants entre les sciences qui s'occupent d'informations, dont la base, si vous voulez, est la génétique, et les sciences qui s'occupent d'entités matérielles dont la base, en biologie, est la physiologie. D'ailleurs, ça se voit quand on essaye de définir ce que c'est qu'un être vivant. Qu'est-ce qu'un être vivant ? Vaste question qui a eu deux grandes réponses selon que vous êtes de ce côté-là [du côté informationnel] ou de celui-là [du côté matériel]. Ceux-là [du côté matériel] vont vous dire qu'un être vivant, ça se caractérise par un métabolisme, c'est-à-dire des transferts coordonnés de matière et d'énergie. Ceux-là [du côté informationnel] vont vous dire qu'un être vivant ça se reconnaît par le fait que ça transmet une information, que c'est issu d'un processus de reproduction d'une information avec sélection naturelle. Donc, moi je me place de ce côté-là [côté informationnel]. On ne peut pas tout faire. Donc, c'est pour vous dire que quand on regarde les choses de ce point de vue-là. Donc, effectivement, je définis un être vivant comme le résultat de la sélection naturelle agissant sur une information héritable et variable sur de très grandes durées. Ce qu'il y a de remarquable d'ailleurs c'est que les deux définitions collent pour la plupart des êtres vivants, sauf aux deux extrémités de l'échelle de complexité. Du côté du plus petit, un virus, pour un généticien, bien sûr que c'est un être vivant : c'est une information reproduite avec sélection naturelle. Pour un physiologiste, un virus ce n'est pas un être vivant parce que ça n'a pas de métabolisme, ça doit aller parasiter le métabolisme d'un hôte. À l'opposé, la Terre, que certains ont voulu appeler Gaïa pour justement la personnifier, possède effectivement des flux coordonnés de matière et d'énergie. Donc, du point de vue d'un physiologiste, on pourrait considérer que c'est un être vivant. Mais du point de vue d'un généticien, ça n'est pas un être vivant parce qu'il n'y a pas eu des petites Terres qui chacune transmettait l'information susceptible de fabriquer la Terre, celles qui marchaient bien on les gardait et les autres on les jetait, et on recommence. Il n'y a pas eu de processus de sélection naturelle des différentes Terres pour arriver à celle à laquelle on est. Ce qui veut dire que les processus d'optimisation liés à la sélection naturelle qui existent chez les êtres vivants au sens des généticiens du terme ne peuvent être appliqués à la Terre, à Gaïa.

Les systèmes physiques et chimiques sont capables d'engendrer de la complexité. Il y a l'auto-organisation, ça permet de fabriquer des structures qui sont intéressantes, qui vont permettre aux physiciens et aux chimistes de raconter des tas de choses qui nous passionnent, de nous montrer des très belles images, etc. Mais la spécificité du vivant, elle commence quand apparaît une information codée. Jusque-là, c'est intéressant, c'est auto-organisé, c'est tout ce que vous voulez mais ce n'est pas vivant. C'est vivant le jour où cette information codée commence à avoir eu le temps d'être sélectionnée assez pour fabriquer des structures qui justement ne peuvent pas se fabriquer par le simple jeu des interactions physico-chimiques sans ce processus-là. Pour moi, la spécificité des êtres vivants elle est là. Donc, si on veut comprendre l'origine de la vie, il faut effectivement aller jusqu'au moment où cette information est codée et commence à subir la sélection et tant qu'on n'en est pas là, on est dans la physico-chimie. C'est très intéressant, c'est la chimie et la physique prébiotiques, mais ce n'est pas encore l'étude des êtres vivants. Donc, je pense que, à la fois, on a absolument besoin de travailler ensemble, physiciens, chimistes et biologistes, pour comprendre l'origine de la vie, mais il ne faut pas se tromper sur la définition de ce qu'on est en train de comprendre. Si on veut comprendre l'origine de la vie, il ne suffit pas d'avoir des structures auto-organisées, il ne suffit pas d'avoir des structures qui se maintiennent. Il faut que ces structures aient acquis la capacité à acquérir une complexité qui ne peut être que le fruit de l'existence d'une information codée avec un système de lecture. Là, à ce moment-là, on arrive dans la biologie. On a encore besoin de la chimie et de la physique, mais ce n'est plus tout à fait la même chose.

Or, Pierre-Henri Gouyon, qui a décidé d’intituler sa conférence "L’information et la vie" (conférence qui dès lors présente beaucoup de similitude avec le point de vue d’Antoine Danchin exprimé à la même époque ; d’ailleurs tous les deux sont généticiens), mentionne ce qu’il appelle le "système de lecture". Il convient dès lors d’ajouter la troisième remarque, qui de fait invalide cette idée selon laquelle la capacité a évoluer serait le seul critère.

Où est l'information qui produit l'individu ? Le problème, c'est qu'un individu ce n'est pas produit par une seule information. Ce n'est pas produit seulement par l'information génétique, sinon ça serait trop simple. Je vais employer une métaphore : celle de la recette de cuisine. Voilà une recette de cuisine du Bœuf gros sel. Vous le savez, à partir de la même recette, vous pouvez trouver des résultats assez différents. Ça dépend de quoi ? Ça dépend déjà de l'environnement dans lequel la cuisine est réalisée. Selon l'équipement de votre cuisine, puis les ingrédients que vous avez, etc., vous n'allez pas obtenir le même résultat. Mais il y a un autre truc, c'est qu'il y a le cuisinier. Lui aussi, il peut avoir une très grosse influence sur le résultat. Qu'est-ce que ça veut dire ? Pour moi, une recette de cuisine c'est une information codée. Je pense que, bien sûr, il peut y avoir des informations qui ne sont pas codées, il y en a plein. Mais on ne pourra jamais atteindre un niveau de complexité très élevées avec des informations qui ne sont pas codées. D'accord, on peut faire des dunes, c'est très joli. Mais il y a des limites assez rapidement atteintes à la complexité qu'on peut obtenir sans une information codée, c'est-à-dire susceptible d'exprimer un nombre de variations quasiment illimité. Une information codée, effectivement, à partir du moment où ce n'est pas chaque élément qui a un sens en lui-même, mais l'assemblage des éléments, on joue avec de la combinatoire, on est plus limité sur le nombre de sens qu'on peut obtenir. Le malheur c'est qu'une information codée, pour que ça fasse quelque chose... Je vous disais tout à l'heure : « Comment est-ce que l'information peut agir sur la matière ? ». Évidemment, l'information ne fait rien sur la matière sans un système de lecture. Le système de lecture, dans notre exemple, c'est le cuisinier. C'est un problème qu'on a en biologie : on sait repérer l'information qu'il y a dans le message, on sait qu'il y a un environnement qui joue (on essaye de l'oublier, des fois ça nous embête), et on va repérer des trucs qui sont déterminés exclusivement par les gènes [...] ou par l'environnement [...]. Puis, il y a la question de la part du génétique et de l'environnement dans la détermination des individus. [...] Dans cette histoire d'environnement par rapport aux gènes on a oublié le troisième acteur. Le troisième acteur, c'est le fait qu'il y a la génétique, il y a l'environnement mais il y a aussi tout le système de lecture. Le système de lecture il a nécessairement une information qui est certainement, pour une partie, transmissible, et en fait, on n'en sait presque rien. Ça fait partie certainement des développements importants qu'on peut espérer de la biologie dans les années qui viennent, c'est d'étudier l'épigénétique. Malheureusement, pour le moment l'épigénétique est étudiée sur des trucs pas très intéressants (les méthylations sur l'ADN, etc.). Mais il y a certainement une quantité importante d'informations qui est transmise par le système de lecture lui-même et dont on ne sait pratiquement rien. Donc, il nous reste du boulot, ne vous inquiétez pas. Ces idées-là ont été développées dans un livre de Richard Lewontin qui s'appelle “The Triple Helix: Gene, Organism and Environment” (« La triple hélice »), qui est très facile à lire. S'il y en a que ça intéresse il est même traduit en français.

Contrairement à Antoine Danchin, qui est peut-être plus précis sur ce point, il résume l'étude de l'information contenue dans le "système de lecture" à l'épigénétique, ce qui peut prêter à confusion (puisque faisant à nouveau référence, indirectement, à l'information codée génétiquement, même s'il insiste bien sur le fait que la méthylation de l'ADN n'est qu'un début pas très intéressant de cette étude). C'est pourquoi je préfère, de ce point de vue, la façon dont Antoine Danchin présente les choses.

Ce qui me fait dire (mais j’interprète peut-être mal ses propos), qu’il faut étudier davantage ce qu’aurait pu être la vie avant l’émergence de la réplication (permise par l’apparition du mécanisme de la complémentarité de base et de l’initiation d’un véritable code génétique) pour comprendre ce qu’est la vie.

Mon intuition c'est qu'il est utile, pour définir un organisme vivant, d'essayer de spéculer sur ce à quoi les premières formes de vie ont pu ressembler, pour essayer de bien se positionner sur ce qui a pu paraître essentiel et ce qui présentait une nécessité plus floue (en fonction des hypothèses en présence). Le problème, c'est que ce faisant, on doit présenter des nuances pour pratiquement tous les éléments de ta liste.

Désolé mais je ne suis pas sûr que ce soit si utile, ça ne fait que déplacer le problème.
Plutôt que d'essayer de fixer une frontière... "biologique" à notre époque entre vivant et non, cela revient à fixer une frontière historique définissant l'apparition du vivant. Mais... c'est à partir de quelle étape ? On en revient à la question de la définition. Si on demande à un virologue, un microbiologiste ou un médecin, les étapes essentielles ne seront pas les mêmes je pense.

Certes, d’aucun pense qu’on ne peut parler de vivant avant l’apparition de l’information codée génétiquement, mais malgré tout, les mêmes personnes semblent reconnaître a demi-mots, qu’il a eu une époque au cours de laquelle se sont développés métabolisme et compartimentation, époque qui a nécessairement dû précéder, plus ou moins chronologiquement, l’information codée génétiquement. D’où l’importance de cette réflexion sur un scénario plus ou moins complet et cohérent de l’origine de la vie pour définir précisément ce qu’est un organisme vivant. Ce n’est pas parce que toutes les "formes intermédiaires" ont disparues qu’on a pas intérêt à imaginer ce que les êtres vivants ont pu être avant pour en définir précisément la nature actuelle. Le processus vivant est un triptyque (métabolisme, compartimentation et gène ; je le met sciemment dans cet ordre) et tout est important. Dans ce contexte, outre la réflexion en terme de gestion de l’information dans la cellule (par exemple Danchin 2009a, 2009b), je m’intéresse aux études d’Alexeï Kourakine, qui insistent sur la thermodynamique hors d’équilibre, le côté bricolage et probabiliste du fonctionnement et de l’évolution d’une cellule vivante, avec une foultitude d’exemple qui remettent en cause les modèles encore admis aujourd’hui (il insiste beaucoup sur les travaux de Misteli ou d’Astumian qui ne semblent pourtant pas encore très connus aujourd’hui, même des spécialistes). Ceci permet de combattre l’idée de "design intelligent" qu’on retrouve parfois dans les analogies mécanistes ("nanomoteurs" pour l’ATP synthase et autres, "centrales électriques" pour les mitochondries, "autoroutes" pour les filaments d’actine) et donc l’idée d’un "horloger" tout puissant présentée comme une nécessité par les créationnistes (voir par exemple Kurakin, 2004, 2005a, 2005b, 2005c, 2005d, 2007). J’aime aussi la réflexion de Marcelo Barbieri en terme d’agents (Barbieri, 2002). Mais tout cela je l’avais déjà mentionné ici et ailleurs sur le forum.

Donc, puisque par exemple les virus ne sont pas considérés comme des organismes vivants

Alors ça déjà, je connais (au moins) quelques virologues qui pourraient exprimer un certain mécontentement. C'est un sujet encore ouvert et il n'y a pas une réponse acceptée vraiment par tout le monde.

Même dans ce cadre conceptuel (les virus sont vivants), on n’omet pas l’importance du métabolisme. Par exemple, les virologues comme Patrick Forterre défendent l'idée que la "phase vivante" d'un virus n'est visible que lorsque le virion est parvenu a infecté une cellule. Dans ce cadre conceptuel défendu par Patrick Forterre et ses collaborateurs, ce qu'on appelle le virus, c'est justement la cellule infectée. Selon le point de vue de Patrick Forterre, le virus est donc également un organisme cellulaire (avec membrane, métabolisme et information codée génétiquement). Avant l'infection, il ne s'agit que du virion (la particule virale) et confondre les deux seraient, pour reprendre la formule de Claverie (2006), comme « confondre un homme avec son spermatozoïde ». Dans cette analogie, le virus c'est l'organisme vivant dans son ensemble (l’être humain), tandis que le virion, c'est uniquement son mode de dissémination. Une des principales différences entre virus et cellules serait que les uns codent pour des capsides et les autres codent pour des ribosomes.

Cordialement.

[Nine14140]

Il faut que ces structures aient acquis la capacité à acquérir une complexité qui ne peut être que le fruit de l'existence d'une information codée avec un système de lecture.

Voilà l'autre point fondamental de la vie : le système de lecture.
Plus complexe que l'information (l'ADN).

Pourquoi un arbre se comporte comme un arbre ?
Et un chat comme un chat ?
A coup sûr le "système le lecture".

L'ADN, c'est l'information, c'est le programme. C'est clair.
Mais qui est l'ordinateur, le computer, le processeur ?

[saint.112]

Envoyé par Pierre-Henri Gouyon
En fait, il y a eu une espèce de scission de la Biologie en deux morceaux un peu indépendants entre les sciences qui s'occupent d'informations, dont la base, si vous voulez, est la génétique, et les sciences qui s'occupent d'entités matérielles dont la base, en biologie, est la physiologie. D'ailleurs, ça se voit quand on essaye de définir ce que c'est qu'un être vivant. Qu'est-ce qu'un être vivant ? Vaste question qui a eu deux grandes réponses selon que vous êtes de ce côté-là [du côté informationnel] ou de celui-là [du côté matériel]. Ceux-là [du côté matériel] vont vous dire qu'un être vivant, ça se caractérise par un métabolisme, c'est-à-dire des transferts coordonnés de matière et d'énergie.

Je vais prêcher pour ma chapelle : on pourrait commencer par définir ce qu’est un organisme vivant avant de tirer la couverture à soi. Si les deux “côtés“ décrits par Pierre-Henri Gouyon lisaient mon topo ils n’auraient pas ce genre d’œillères. Ce type de débat ressemble furieusement aux idées simplistes chères à la grand-mère de Nine14140. Ce n’est pas la peine de parler de “vaste débat“ si c’est pour résumer chaque partie en une seule phrase.

Envoyé par Pierre-Henri Gouyon
Les systèmes physiques et chimiques sont capables d'engendrer de la complexité. Il y a l'auto-organisation, ça permet de fabriquer des structures qui sont intéressantes, qui vont permettre aux physiciens et aux chimistes de raconter des tas de choses qui nous passionnent, de nous montrer des très belles images, etc. Mais la spécificité du vivant, elle commence quand apparaît une information codée. Jusque-là, c'est intéressant, c'est auto-organisé, c'est tout ce que vous voulez mais ce n'est pas vivant. C'est vivant le jour où cette information codée commence à avoir eu le temps d'être sélectionnée assez pour fabriquer des structures qui justement ne peuvent pas se fabriquer par le simple jeu des interactions physico-chimiques sans ce processus-là. Pour moi, la spécificité des êtres vivants elle est là. Donc, si on veut comprendre l'origine de la vie, il faut effectivement aller jusqu'au moment où cette information est codée et commence à subir la sélection et tant qu'on n'en est pas là, on est dans la physico-chimie.

Autrement dit il pense que le code génétique, le point 4 de mon topo, est inclus dans la définition du vivant. Ça repousse pas mal la date de l’apparition de la vie. Je veux bien mais il faudrait le justifier. Il y a forcément une part d’arbitraire dans une définition mais il est quand même nécessaire d’exposer toutes les données du problème.
Ceci dit, j’ai du mal à lire ce genre de conférence pour le grand public à coup de métaphores séduisantes mais réductrices.

Nico

[Geb]

Bonsoir,

L'ADN, c'est l'information, c'est le programme. C'est clair.

Ce n'est pas si simple que ça. Hubert Yockey avait bien résumé les choses, en 2005, à travers une définition du terme "génome" qu'il avait mise sur son blog :

The genome is the message written in DNA. The genome is information, which is non-material, but measurable, while DNA is a material substance. Thus, “genome” and “DNA” are not synonyms, nor are they synonymous with the term “genetic code.” The units in which information is measured are bits and bytes, which are familiar terms to computer users.

Je vais prêcher pour ma chapelle : on pourrait commencer par définir ce qu’est un organisme vivant avant de tirer la couverture à soi. Si les deux “côtés” décrits par Pierre-Henri Gouyon lisaient mon topo ils n’auraient pas ce genre d’œillères. Ce type de débat ressemble furieusement aux idées simplistes chères à la grand-mère de Nine14140. Ce n’est pas la peine de parler de “vaste débat” si c’est pour résumer chaque partie en une seule phrase.

Les trois remarques de Pierre-Henri Gouyon (dans une conférence qui ne dure qu'une trentaine de minutes, je précise), c'était en réaction aux avis, rapportés par minushabens selon lesquels certains résument le vivant à la capacité à évoluer.

En outre, pour moi la question essentielle ne devrait pas être "Qu’est-ce que la vie ?", mais "Que font les organismes vivants ?". Je tiens cette vision des choses de Michael Russell ; voir par exemple Russell (2013) :

[…] Apprehending life as one of a number of entropy generators within a cascade of energy degradation mechanisms frees us from vivocentric assumptions as to its origin—we may consider what life does rather than dwell simply on what life is. Indeed, to recognize life as an emergent property of our Universe enables us better to consider why metabolism arose and why it was so rapidly subjected to genetic regulation. […]

Mais on trouve cette idée auparavant chez des spécialistes du métabolisme.

Autrement dit il pense que le code génétique, le point 4 de mon topo, est inclus dans la définition du vivant. Ça repousse pas mal la date de l’apparition de la vie. Je veux bien mais il faudrait le justifier. Il y a forcément une part d’arbitraire dans une définition mais il est quand même nécessaire d’exposer toutes les données du problème.
Ceci dit, j’ai du mal à lire ce genre de conférence pour le grand public à coup de métaphores séduisantes mais réductrices.

Je pense que son point de vue est plus compliqué que ça. Selon moi, il insiste sur le fait que l'auto-organisation est un préalable, mais qu'il faut aller jusqu'à la combinaison d'une information codée et d'un système de lecture qui matérialisent un système qui est qualifiable d'organisme vivant seulement parce que les structures qui le composent sont possibles uniquement à travers la lecture d'une information codée elle-même complexe.

Ce qui me paraît essentiel, c’est que, de mon point de vue, on ne peut séparer le débat sur la nature de la vie, de celui de l’apparition de la vie. Cette apparition de la vie faisant l’objet d’un long processus et d’une succession d’entités qui, prises individuellement, n’avaient pas toutes les caractéristiques du vivant, mais qui d’une manière ou d’une autre sont parvenues à faire corps, à matérialiser quelque chose qui deviendra la première population d’organismes vivants, pourvue du triptyque déjà mentionné par ailleurs.

Dans cette optique, les "molécules de la vie" actuelle, qui occupent tant la discussion sur la nature de la vie, devraient être sortie de la discussion pour n'y intégrer que des processus : cycle métabolique, réplication, reproduction, codage d'information et extraction (de la signification) de cette information. C'est pourquoi j'aime tant les métaphores (qui pour moi sont plus que des métaphores, mais carrément des analogies) de Kourakine (voir mes messages précédents), de Danchin (2009a, 2009b), de Barbieri (2002) et dans une moindre mesure de Gouyon.

Cordialement.

[Nine14140]

…
...il faut aller jusqu'à la combinaison d'une information codée et d'un système de lecture ...
...

Oui.
L’information codée, on l’a. On sait ce que c’est.
Il faut maintenant se pencher sur le système de lecture.

Et pour ce système de lecture, de mon point de vue, tant qu’on cherchera du côté matériel ou physique ou chimique ou moléculaire, ou .., on tombera toujours surs des incohérences ou des impasses.

[saint.112]

On s’égare par rapport à la problématique initiale. À la réflexion j’aurais dû la poser dès le départ de cette façon :

Supposons une mission sur une exoplanète habitable et qui y découvre des structures composées de molécules organiques (c’est à dire à base de carbone) qui semblent auto-catalytiques, auto-répliquantes, etc. Qu’est-ce qui va permettre aux biologistes de la mission de pousser un « Eurêka ! » de triomphe et d’envoyer à la terre le message : « Cette planète est habitée. »
La seule chose qu’ils ont à étudier dans leur laboratoire, c’est à dire sur laquelle il peuvent faire des observations et des expériences, c’est une ou plusieurs de ces structures qu’ils soupçonnent être des organismes vivants. Avant d’étudier l’éventuelle évolution de ces structures, les différentes espèces, leur origine, etc., il doivent déterminer s’ils ont affaire à de simples agrégats de molécules produits d’une synthèse naturelle quelconque ou à des organismes vivants. Il faut donc qu’ils aient une liste de critères à cocher permettant de déterminer que ces objets sont vivants.

Quelle est cette liste qui doit être exhaustive ? C’est la seule question posée dans ce fil, tout le reste est digression.
Nico

[Geb]

On s’égare par rapport à la problématique initiale. À la réflexion j’aurais dû la poser dès le départ de cette façon :

Supposons une mission sur une exoplanète habitable et qui y découvre des structures composées de molécules organiques (c’est à dire à base de carbone) qui semblent auto-catalytiques, auto-répliquantes, etc. Qu’est-ce qui va permettre aux biologistes de la mission de pousser un « Eurêka ! » de triomphe et d’envoyer à la terre le message : « Cette planète est habitée. »
La seule chose qu’ils ont à étudier dans leur laboratoire, c’est à dire sur laquelle il peuvent faire des observations et des expériences, c’est une ou plusieurs de ces structures qu’ils soupçonnent être des organismes vivants. Avant d’étudier l’éventuelle évolution de ces structures, les différentes espèces, leur origine, etc., il doivent déterminer s’ils ont affaire à de simples agrégats de molécules produits d’une synthèse naturelle quelconque ou à des organismes vivants. Il faut donc qu’ils aient une liste de critères à cocher permettant de déterminer que ces objets sont vivants.

Quelle est cette liste qui doit être exhaustive ? C’est la seule question posée dans ce fil, tout le reste est digression.

Dans ton exemple, les connaissances sur ces "structures" me semblent déjà bien avancées : on a déjà fait des expériences qui semblent démontrer la composition, des propriétés comme l'auto-catalyse et l'auto-réplication (peu importe ce que tu as voulu dire par là).

Je pense qu'on peut jeter un œil aux expériences imaginées par les chercheurs pour déterminer la présence de vie à la surface à l'occasion des missions Viking en 1976. L'histoire démontrera qu'elles étaient d'ailleurs assez mal conçues (Navarro-Gonzáles et al., 2010). De mon point de vue, c'est d'ailleurs une des rares (si pas la seule) expériences véritables d'exobiologie telle que Ledeberg concevait la discipline qu'il a "nommé" en 1960 (tentative de découverte de formes de vie extraterrestres sur un autre corps céleste que la Terre).