Région conservée d’un virus

[invite59e04541]

Bonjour, pourquoi est-ce que des mutations dans des régions conservées d’un virus (ici le flavivirus) a une importance ? Qu’est-ce que cela renseigne et que faut-il faire au niveau des amorces dans ce cas? Merci
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[invite9dc7b526]

en gros les régions conservées permettent de distinguer les espèces, et les régions plus variables permettent d'étudier le polymorphisme intraspécifique.

[TanguyE]

En général, les régions conservées chez les virus, le sont parce qu'elles sont fonctionnellement importantes. Une mutation dans ces régions signifie souvent l'apparition d'une nouvelle souche de ce virus fonctionnellement différente (modification de la virulence, de l'hôte...).
Le design d'amorces dans ce contexte doit se faire en fonction de l'objectif de la PCR. Des amorces dans des régions conservées sont plus fiables en cas de mutations, cependant les régions conservées peuvent être très similaires à d'autres espèces de virus de la même famille. Le design doit être suffisamment discriminant pour assurer la spécificité de la PCR.