L'ADN de qui ??

[BboCurieuxDeTous]

bonjour a tous ,

Je viens de voir un reportage dans lequel des chercheurs essayent d'identifier et de récupérer de l'ADN d'une bactérie dans une corps humain de 700 ans.
Quand ils récupèrent ce corps directement dans la terre, et font leurs prélèvements une grande quantités d'ADN va se trouver dans l'échantillon (homme, champignon, insecte et peut être la fameuse bactérie...)

1. Comment font ils pour différencier et pour identifier les divers ADN et dire que tel brin appartient à l'homme ou à la bactérie ou a un insecte mort .... ?
2. Quand ils ont identifiés les brins de chaque individu, comment savent ils que des brins sont consécutifs dans l'ADN et qu'ils peuvent les ajouter pour en faire un brin plus long , voir recomposer tout l'ADN ? surtout avec toutes les quantités de bases donc toutes les combinaisons possible.

Merci à vous de m'éclairer .
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[Flyingbike]

en réalité, on ne peut déterminer l'origine d'un ADN que par comparaison avec des séquences connues.

Pour recomposer un génome, il faut avoir du matériel qui ne soit pas trop fragmenté, et le séquencer de façon suffisamment redondante. Ainsi, on peut assembler les "morceaux" par recoupement :

[invite9dc7b526]

bonsoir,

pour être sûr d'avoir affaire à une bactérie on amplifie puis on séquence un gène qui est propre aux bactéries, souvent le gène dit "16s" qui code l'une des composantes du ribosome des bactéries.

pour être sûr d'avoir affaire à une bactérie présente du vivant du propriétaire du squelette considéré, et pas à une contamination plus ou moins récente il y a plusieurs possibilités. L'une d'elles qui est un peu à la mode est de récupérer la "plaque dentaire" qui est une substance assez dure pour ne pas laisser entrer des bactéries récentes, et qui contient des bactéries (mortes) qui colonisaient la bouche du défunt. Une autre possibilité est de rechercher des bactéries dans les os eux-mêmes.

[BboCurieuxDeTous]

bonsoir,

Donc oui , ils travaillent par comparaison... chaque brin "récolté" est comparé a des échantillons "étalon" , cela doit être traité informatiquement avec une bibliothèque de génome.

pour ma seconde question, je vois le procédé. Dans la reportage ils parlent d'une cinquantaine de base. La combinaison de quelques bases (aux extrémités des brins) n'a aucun risque d’être répliqué dans un autre brin différent et donc de générer de erreur de création ?

Minushabens => en effet les relevés sont fait dans de la pulpe dentaire (sur des dents entières) Objectif : recréer le génome de la peste noire et le comparer avec le peste bubonique, pour en déterminer les mutations.

Merci a vous deux .

[A voir en vidéo sur Futura]

[Flyingbike]

bonsoir,

Donc oui , ils travaillent par comparaison... chaque brin "récolté" est comparé a des échantillons "étalon" , cela doit être traité informatiquement avec une bibliothèque de génome.

exactement.

pour ma seconde question, je vois le procédé. Dans la reportage ils parlent d'une cinquantaine de base. La combinaison de quelques bases (aux extrémités des brins) n'a aucun risque d’être répliqué dans un autre brin différent et donc de générer de erreur de création ?

si, c'est justement pour cela qu'il faut une redondance du séquençage qui évite ce genre de désagrément. Si vous avez un livre dont les phrases sont coupées en petits morceaux de quelques lettres, vous aurez du mal a reconstituer l'histoire. Si vous avez deux livres coupés, ça sera plus facile. Si vous avez douze livres, encore plus simple car les morceaux de livres s'alignant aux jonctions des autres morceaux vous confirmeront votre enchaînement. Plus c'est redondant plus l'assemblage est robuste.
Notez que les séquences répétitives sont toujours plus complexes à assembler.

[invite9dc7b526]

Objectif : recréer le génome de la peste noire et le comparer avec le peste bubonique, pour en déterminer les mutations.

ah ok, il s'agit donc d'obtenir un génome complet de Yersina pestis. Ce que j'ai écrit sur le 16s est donc à oublier: ça sert juste à détecter la présence de telle ou telle bactérie.