analyse de données de génotypage

[nakP]

Bonjour,
Je souhaite à partir de données de SNP identifier des lignées qui sont proches génétiquement c'est à dire regrouper des lignées qui se ressemblent.
Auriez-vous des idées sur comment faire?
Je pense faire une ACP ou un clustering mais je ne sais pas par où commencer étant données que les variables ne sont pas quantitatives...
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[MissJenny]

tu as en gros deux méthodes : soit construire une phylogénie, mais ça peut être inadapté si les échantillons sont issus d'une population plus ou moins panmictique. Soit construire un arbre de longueur minimale (minimal spanning tree). Tu peux utiliser une analyse en composantes principales pour représenter les données, ça se fait.