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Modélisation moléculaire: traitement du solvant



  1. #1
    sofquipeut

    Modélisation moléculaire: traitement du solvant


    ------

    Bonjour,
    Je suis pas sur de poster cet article au bon endroit, ni si je trouverais quelqu'un capable de m'aider...

    Je travaille actuellement sur un article de modélisation moléculaire:les auteurs ont utilisés le logiciel CHARMM.
    Je cherche à savoir comment est traité le solvant dans cette étude, mais je n'arrive pas à comprendre.

    La seule phrase qui s'y rapporte est: "Langevin Molecular Dynamic with spherical boundary conditions applied to the oxygen atoms of all water molecules were run at 300K using the programm CHARMM."
    Et je sais pas trop ce que ca signifie: est-ce une représentation explicite ou implicite du solvant? (je pencherais pour explicite puisqu'il parle des O de toutes les molécules d'H20, mais je pensais que Langevin c'était pour une représentation implicite....)

    Merci d'avance de votre aide

    -----

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  3. #2
    Sevto

    Re : Modélisation moléculaire: traitement du solvant

    bonjour,

    Citation Envoyé par sofquipeut Voir le message
    Et je sais pas trop ce que ca signifie: est-ce une représentation explicite ou implicite du solvant? (je pencherais pour explicite puisqu'il parle des O de toutes les molécules d'H20, mais je pensais que Langevin c'était pour une représentation implicite....)
    je n'ai jamais fait des calculs MM, mais d'après quelques vagues souvenirs "scolaires" qui me restent je dirais que ton solvant est traité implicitement ..., seulement lorsque l'équation de langevin est utilisée on arrive à tenir compte de son action sur des "atomes explicites" meme s'il (le solvant, toujours) n'est pas explicitement représenté (avec les termes supplémentaires qui sont ajoutés à l'équation de Newton il me semble).

    .. mais attends d'avoir d'autres réponses, je pense qu'il y a ici des gens bien plus qualifiés que moi pour t'aider .

  4. #3
    philou21

    Re : Modélisation moléculaire: traitement du solvant

    Bonjour,
    je suis plutôt d'accord avec sevto : dans la méthode de Langevin on rajoute une force aléatoire simulant les collisions et un terme dissipatif en énergie du style -gamma*v. C'est donc une méthode ou l'influence du solvant est simulé.

  5. #4
    Thrr-Gilag

    Re : Modélisation moléculaire: traitement du solvant

    D'après mes souvenirs et la phrase
    "Langevin Molecular Dynamic with spherical boundary conditions applied to the oxygen atoms of all water molecules were run at 300K using the programm CHARMM."
    J'en déduis que l'influence du solvant est simulée en fabriquant une sphère de solvant autour de ton composé et en attribuant des interractions avec cette sphère.

  6. #5
    sofquipeut

    Re : Modélisation moléculaire: traitement du solvant

    ok
    Merci beaucoup à tous pour vos réponses.

    J'ai maintenant une autre question toujours de modélisation moléculaire.
    Lorsque l'on effectu une dynamique d'une molécule (avec CHARMM par exemple), il y a plusieurs étapes: Minimisation d'énergie, chauffage, équilibration et production.
    est-ce que quelqu'un sait à quoi servent les étapes de chauffage et d'équilibration?
    Merci d'avance

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    sofquipeut

    Re : Modélisation moléculaire: traitement du solvant

    Est-ce que c'est parce que l'étape de minimisation se fait à 0K et qu'ensuite on chauffe à la température à laquelle on veut réaliser la dynamique? et si oui, pourquoi la minimisation se fait à 0K; et l'étape d'équilibration, c'est quoi?

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  10. #7
    philou21

    Re : Modélisation moléculaire: traitement du solvant

    Citation Envoyé par sofquipeut Voir le message
    Est-ce que c'est parce que l'étape de minimisation se fait à 0K et qu'ensuite on chauffe à la température à laquelle on veut réaliser la dynamique? et si oui, pourquoi la minimisation se fait à 0K; et l'étape d'équilibration, c'est quoi?
    En fait,quand on minimise une géométrie, on cherche simplement le minimum de la surface de potentiel. L'énergie cinétique est donc nulle c'est pourquoi on parle de minimisation à zéro K. Ensuite on injecte de l'énergie cinétique pour arriver à la température d'étude. On préfère injecter cette énergie par paliers pour que le système reste près de l'équilibre. Si on injecte brutalement toute l'énergie, le système mettra longtemps a trouver son équilibre.

  11. #8
    sofquipeut

    Re : Modélisation moléculaire: traitement du solvant

    ok merci beaucoup!!
    Tout s'éclaircit dans ma petite tête

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