Je sais qu'il y a beaucoup de post sur ce sujet et on ma indiqué un logiciel qui est gratuit et qui permet de construire une représentation 3D d'une molécule, de la visualiser et de sauvegarder les coordonnées cartésiennes sous différent format lisible par d'autre logiciel.
Il permet aussi de visualiser des protéines, de calculer des distances, des angles des dihèdres ...

C'est la société accelrys qui commercialise ce produit mais il existe une version gratuite.

http://www.accelrys.com/products/dow.../download.html

Le logiciel s'appelle Discovery Studio Visualizer (ou DSvisualizer).

Le petit hic c'est qu'il est en anglais mais je pense que ça ne gène pas trop, il y a plein de petit bouton et c'est assez intuitif.

Il existe sous linux et windows.