Exercice biochimie

[invite0382d0ed]

Bonsoir à tous,
Voila je bloque sur un exercice de biochimie:c'est l'exercice 2. La première question est simple(et c'est d'ailleurs pour ça que c'est la seule que je réussis!).Mais ensuite je ne sais pas du tout comment m'y prendre pour calculer la charge moyenne. Et pour la question avec HCl je pense que la protéine va être hydrolysée par cet acide.Mais après dire à quels endroits...Je pense que la réponse attendue doit être plus précise.J'espère que quelqu'un pourra m'éclairer un peu!Merci d'avance
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[HarleyApril]

bonsoir
l'acide chlorhydrique va effectivement hydrolyser totalement la protéine pour donner les différents acides aminés
cordialement

[invitebafe9fd8]

Pour la charge moyenne :
On est à pH=5
Pour la fonction ammonium terminale, le pKa est de 9, ce qui est supérieur à 5, on a donc la forme protonée de NH2, on a NH3+, ce qui nous fait une charge +1.
Ensuite viens la chaîne latérale de l'histidine, elle a un pKa de 6,0, on est à pH 5, cette histidine sera donc également protonée au lieu de NH on a NH2+ (cf ça : http://de.wikipedia.org/w/index.php?...20080705105342) on a donc à nouveau +1.
Viens la chaîne latérale de l'alanine, elle n'a pas de pKa, on passe donc au suivant.
Ensuite, chaîne phénylalanine, idem.
Ensuite chaîne latérale de tyrosine qui a un pKa de 10,5, on a donc la forme protonée vu qu'on est à pH 5, on a donc OH (on aurait eu O- à pH supérieur à 10,5), on a donc une charge +-0
Et enfin, le COOH terminal a un pKa de 4, à pH 5, on aura donc la forme déprotonée : COO-, ce qui donne une charge -1.
On fait la somme des charges : la charge moyenne est de 1+1+0-1=+1.
Maintenant je faisais comme ça l'an dernier et c'est ce que le prof attendait mais le fait qu'on demande au dixième d'unité près me fout le doute

[vpharmaco]

Bonsoir,

pour determiner la charge du peptide à pH=5, tu peux tracer une echelle de pH (de 0 à 14). Sur cette echelle, tu places les differents pKa des couples acido-basiques. Par exemple, à pH=9, tu as pH=pKa du couple RNH3+/RNH2. Tu sais donc qu'en dessous de pH=9, ton groupement sera majoritairement sous forme ammonium (et donc chargé +)
Il ne te suffit apres que de regarder à pH =5 sous quelle formes (acide ou basique) sont tes differents groupements et tu moyennes la charge de ces groupements pour trouver la charge globale du peptide à pH=5

C'était à peu près clair ??
Cordialement.

[A voir en vidéo sur Futura]

[vpharmaco]

Re-bonsoir,

Rob29 a envoyé sa réponse avant que je ne poste la mienne !!
Je suis d'accord avec lui sur tout sauf sur une chose : la structure de l'histidine à pH=5 : l'imidazolium n'est pas sous la forme (NH2+.....N) mais sous la forme (NH.....NH+).

[invite3c6bdfb9]

Bonsoir à tous,
Voila je bloque sur un exercice de biochimie:c'est l'exercice 2. La première question est simple(et c'est d'ailleurs pour ça que c'est la seule que je réussis!).Mais ensuite je ne sais pas du tout comment m'y prendre pour calculer la charge moyenne. Et pour la question avec HCl je pense que la protéine va être hydrolysée par cet acide.Mais après dire à quels endroits...Je pense que la réponse attendue doit être plus précise.J'espère que quelqu'un pourra m'éclairer un peu!Merci d'avance

salut tense89
alors g vu ton exo et je ne suis pas sur mais je crois que au dizieme pres ca veut pas dire grand chose ds ce cas. pour la charge de ton peptide a pH 5 il faut que tu regarde la valeur des pka de la partie C et N terminal mais aussi des chaine secondaire (si fonction acidobasic). si pka > pH+1 alors c la forme basic qui predomine, si pka<pH+1 c la forme acid et le tu pourra connaite la charge de ton peptide.
sinon pour l'hydrolyse de ta protein c bien sa, HCl 6N a haut temp la prot se decompose en simple amino acid.
bon jespere que ca ta aider
bye

[invite3c6bdfb9]

dsl je suis aveugle, javais pas vu les precedent post nettement plus en details que le mien
bye

[invitebafe9fd8]

vpharmaco : J'étais parti pour dire comme toi, mais le lien que j'ai donné, avait l'air de donner ce que j'ai dit... (http://upload.wikimedia.org/wikipedi..._Histidine.svg) mais c'est vrai qu'on m'avait appris l'an dernier comme ce que tu dis : -N=..... -NH+=
Wiki a dû se tromper

[HarleyApril]

je confirme, Wiki s'est planté !
explication
la forme NH2+ n'est plus aromatique, l'autre l'est encore et est donc surement plus stable

cordialement

[invite0382d0ed]

merci à tous pour vos explications!c'est bien plus clair maintenant!Mais encore une précision pour l'action de Hcl:est ce que son action protéolitique lui permet de couper tous les aa ou alors il y a une spécificité?merci bien!

[vpharmaco]

trouvé sur wiki :

* Hydrolyse totale acide :
o Utilisation d'acide chlorhydrique (HCl) à 6 mol/L à chaud (110°C) et pendant 24h environ.
o L'hydrolyse acide totale détruit le tryptophane et transforme en acide les fonctions amides de la glutamine et de l'asparagine pour donner du glutamate et de l'aspartate.

* Hydrolyse totale alcaline:
o Utilisation d'hydroxyde de sodium (NaOH) à 4 mol/L à chaud (110°C) pendant 24h environ.
o L'hydrolyse totale alcaline détruit la sérine, la thréonine, la cystéine.

L'hydrolyse totale acide détruisant moins d'acides aminés, elle est en conséquence la méthode d'hydrolyse la plus utilisée.

[vpharmaco]

pour répondre plus directement à ta question, l'hydrolyse acide n'est pas spécifique.
Cordialement.