Bioénergetique

[invitef3730c4d]

Bonjour! J'aurais plusieurs questions sur un cours de biochimie sur la "bioénergétique" :
1) Dans le cadre du rapport entre entropie et spontanéité d'une réaction, je me demandais si toute réaction réversible avait une variation d'entropie nulle?
2) Dans mon cours il y a une diapo où on nous présente une réaction et il est dit que "la capacité d'un système à fournir un travail diminue au fur et à mesure que ce système se rapproche de son état d'équilibre, puisque son enthalpie libre (E potentielle) est de + en + faible" mais il y a quelquechose que je ne comprends pas dans ce raisonnement : puisque delta G (énergie libre) = delta H (enthalpie) - T delta S (entropie), on voit que si H diminue pendant la réaction, notre énergie libre diminue elle aussi, ce qui signifierait que la réaction pourrait au contraire fournir de + en + de travail puisque son deltaG est de + en + négatif?
3) Je ne comprends pas ce que veut dire concrètement cette phrase : "la masse de nourriture nécessaire à un organisme qui tire son énergie du catabolisme est bien + grande que la masse des molécules produites par anabolisme" ... est-ce-que vous pourriez me donner une petite illustration parce que c'est un peu flou dans ma tête ...
4) (et dernière question!) On nous dit que lors de la phosphorylation, le grpt phosphoryle gamma de l'ATP est transféré sur un métabolite qui est donc phosphorylé. Cet intermédiaire phosphorylé étant + instable, il peut se faire attaquer par un NUCLEOPHILE. Or, le phosphate est négatif (il me semble, PO4--) donc il devrait plutot attirer des électrophiles?
Merci beaucoup (j'ai bien conscience que le message est un peu longuet ... )
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[invite9c03c48e]

Bonjour, j'essaie de répondre à vos questions 3 et 4:
3) Les organismes qui tirent leur énergie du catabolisme sont des chimiotrophes. Ils utilisent l'énergie contenue dans la nourriture (la "destruction" des liaisons chimiques dans les molécules organiques libère de l'énergie>catabolisme), cette énergie peut ainsi servir à réaliser des réactions chimiques dans la cellule, ce qu'on appelle l'anabolisme; les molécules qui sont récupérées à cet effet (anabolisme) représentent une portion de la masse de nourriture donc cette masse est moindre. C'est comme ça que je conçois cette phrase.
Pour exemple les hommes sont des chimiotrophes
4)C'est bien une attaque nucléophile. Je ne suis pas calée là-dessus mais, je dirais que la charge ne joue pas ici, c'est le fait qu'il y ait une double liaison dans le gpmt phosphate et il s'agit d'une double liaison conjuguée avec un gpmt attracteur d'électron (l'oxygène). Concrètement il peut y avoir un gpmt OH sur le métabolite dont un doublet d'e- non liant attaque la double liaison du PO3 2-.
C'est ce qui ce passe dans les insertions de séquences ADN dans un plasmide grâce à une ligase.
fac de médecine?

[HarleyApril]

bonjour
1) une réaction réversible n'a pas nécessairement une variation d'entropie nulle
2) le travail correspond à une différence d'énergie entre les deux états
pour prendre un exemple plus simple, imagine une bille dans une cuvette
plus la bille est loin de son point d'équilibre (le fond de la cuvette) plus elle a d'énergie potentielle de pesanteur, plus elle peut fournir du travail entre ce point et sa position d'équilibre
(et si tu prends l'origine des hauteurs au bord de la cuvette, toutes les énergies potentielles de pesanteur seront négatives)
4) il existe des réactions de substitution nucléophiles qui se font sur un carbanion (c'est pas hyper courant et c'est vrai qu'en terme électrostatique c'est troublant)

cordialement