Comment déterminer le pH d'un peptide??
Salut,
pour mon cours de Biochimie, je dois choisir 12 acides aminés et dessiner un dodécapeptide en montrant tous les atomes, liaisons covalentes, le bout amino, bout carboxylique et le pH dans lequel se trouve mon peptide.
Je n'ai aucune idée comment trouver le pH de mon peptide...
AIDEZ-MOI SVP!
Bonjour : Ok j'espère que tu as choisi des acides aminés à chaine latérale non chargée du genre glycine autre valine et isoleucine car c'est plus simple... Donc déja commence à identifier les fonctions acido-basiques présentes dans ce peptide : et reporte les sur une flèche horizontale marquée de 0 à 14 (échelle de pH). A chaque pkA de fonction, fait un petit trait vertical en notant le pkA de la fonction concernée. Attention à ne pas en oublier car ça fausse les calcul.
Ensuite à gauche de ce petit trait tu notes la fonction protonée(sous forme acide quoi) et à droite la base. Tu fais ça pour chaque fonction et tu fais la charge globale (tu addition les + et - quoi) à ce pH. A un moment, tu vas tomber sur une charge globale de 0 c'est ce que l'on appelle le zwitterion ou forme zwittérionique. Tu fais la moyenne entre les pka de cette forme et tu tomberas sur le phi voilou ^^
Merci pour la réponse rapide Mickounet!
Mais je suis désolée, je n'ai pas tout à fait compris ce que vous m'avez expliqué.
Donc premièrement j'ai un dodécapeptide qui contient 12 acides aminés parmis les 20 ''principaux''. Je ne sais même pas si je l'ai bien dessiné.. donc ma première question est : est-ce qu'ils doivent suivre un ordre spécifiques??
Deuxièmement, quand vous parlez d'identifier les ''fonctions acido-basique dans ce peptide'', est-ce que vous parlez tout simplement d'indiquer le pKa du bout -NH3 et du bout -COO- sur flèche horizontale?
Troisièmement, sur la flèche horizontale représentant l'échelle de pH, je marque un trait pour les pKa de chacuns des acides aminés dans ma chaîne?
:/ désolée pour toutes les questions, mais je suis vraiment perdue dans ce devoir. lol
Aucun problème ^^ nous sommes là pour expliquer et je vois ici une certaine volonté de comprendre ^^.
1)-Un dodecapeptide ne suit pas d'ordre précis et tu peux ajouter tous les acides aminés que tu veux (évite la proline quand même elle est un peu compliquée à déssiner^^) et suis nombre indiqué par le préfixe "dodéca". Pour faire convenablement le peptide, il faut déssiner une liaison amide : du genre NH3+-CO-NH-R pour l'extrémité N terminale par exemple.
2)-lorsque je parle du pka des chaines radicales, je parle des éventuels lysine ou arginine (NH3+) ou glutamate et aspartate (COO-) voire l'histidine (R=NH-R+) qui vont bien évidement influer sur le pka de ton peptide en plus des pka terminaux des extrémités N terminale (NH3+) et C terminale (COO-).
3)-Sur le diagramme de pH tu dois reporter tous les pka de tous tes aa. Mais tu n'as pas à y faire figurer les pka de NH3+ et COO- (hormis ceux des extrémités C et N terminales) car ces fonctions sont elles mêmes condensées en liaison amide R-CO-NH. par contre, il faut y faire figurer le pka de la chaine latérale d'une lysine, argine, glutamate et j en passe^^.
Si tu ne comprends toujours pas je te ferai un schéma détaillé demain en attendant bonne nuit^^.
Je commence à comprendre petit à petit.
Mais je crois que votre schéma pourrait m'aider énormément!
Encore, merci mille fois Mickounet!!
bonjour
voici par exemple un docécapeptide (correspond à la galanine)
le dessin étant généré automatiquement à partir de la séquence, je n'ai pas de mérite
bonne continuation
Voila un petit schéma vaut mieux qu'un long discours^^ en attendant l'acceptation de ma pièce jointe.
Edit je viens de voir que ma pièce jointe était à l'envers moi et mon scan on est pas d'accord^^. Tu pourras la remettre a l'endroit en fasant une petite rotation en la téléchargeant après validation
Dernière modification par HarleyApril ; 21/09/2009 à 11h48.
et revoici l'image avec la tête à l'endroit
Merci april ^^ j'espère que tu comprendras un peu mieux comme cela : pour simplifier les choses je n'ai pas fait figurer d'acides aminés ayant une chaîne latérale ionisable. C'est exactement le même principe à savoir qu'il faut noter le pka de cette chaîne sur le diagramme de pH comme précédemment. Ensuite, tu fais ton bilan des charges, tu trouves le zwiterrion (charge globale=0) et tu fais la moyenne des pkas "entourant" le zwiterrion comme montré sur le petit schéma. Voilou
Ps : à noter que le pHi du peptide Val-Gly n'est pas tout à fait le même que le pHi du peptide Gly-Val (car les fonctions acido-basiques ne sont pasles mêmes)
Voilou Cordialement à la prochaine
Bonjour,
le schema m'a beaucoup aidé et je comprend mieux maintenant. Merci beaucoup Mickounet et HarleyApril!!
