Actu - Covid-19 : de nouvelles données sur l'immunité

[invite94355a9b]

Trois récentes études viennent*ajouter une pierre à l'édifice de notre connaissance concernant la réponse immunitaire*humorale contre le SARS-CoV-2.

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[yves95210]

Bonjour,

L'article est intéressant.

En revanche le dernier paragraphe, faisant référence à l'étude parue dans Nature selon laquelle 3,4% de la population française aurait été contaminée, pose problème.
D'une part parce que ce chiffre est avancé sans donner de marge d'erreur (forcément importante).
D'autre part, parce qu'en me basant sur la publication "Estimating the burden of SARS-CoV-2 in France" (parue dans Science le 10 juillet, et dont certains des auteurs sont les mêmes: Fontanet, Cauchemez, Salje), et sur les nombres d'admissions à l'hôpital par classe d'âge en France (source), je trouve un résultat bien supérieur : 11,15% [6,4%-17,4%].

Une partie de cet écart s'explique par le fait que l'estimation faite dans l'étude est au 01/09 (ce qui mériterait d'être mentionné dans l'article Futura !) alors que le résultat ci-dessus est basé sur les données jusqu'au 03/11. J'ai donc refait le calcul avec les données jusqu'au 01/09, et je trouve encore 7,1% [4,1%-11,2%].

Evidemment les méthodes sont différentes. Mais leurs résultats sont suffisamment divergents pour montrer qu'il y a nécessairement un biais important dans l'une ou l'autre, ou les deux. Alors que les auteurs de la nouvelle étude écrivent ceci (où la référence [13] est la publication de juillet ci-dessus):

Our estimates are also consistent with mathematical modelling efforts for individual countries, where additional metrics of epidemic size (e.g. numbers of cases, hospitalizations and/or ICU admissions) have been considered^13,20,21

Ce point mériterait quelques explications, non ?

[yves95210]

Re,

Dans la communication britannique, dont les résultats n'ont pas pas encore fait l'objet d'une publication, c'est la réponse immunitaire cellulaire qui est étudiée

Pour ceux que ça intéresse, la pré-publication est disponible sur biorxiv. Et la communication dont parle l'article Futura est celle-ci, sur le site de l'université de Birmingham.

[syborgg]

Je me trompe peut etre, mais intuitivement j'ai du mal a croire que seulement entre 3 et 11 % de la polulation ait ete en contact avec un virus si contagieux, qui circule depuis au moins un an, et qui provoque autant de cas asymptomatiques....ces evaluations ne seraient elles pas basees sur des hypothese trop restrictives ?

[A voir en vidéo sur Futura]

[yves95210]

Je me trompe peut etre, mais intuitivement j'ai du mal a croire que seulement entre 3 et 11 % de la polulation ait ete en contact avec un virus si contagieux, qui circule depuis au moins un an, et qui provoque autant de cas asymptomatiques....ces evaluations ne seraient elles pas basees sur des hypothese trop restrictives ?

En tout cas les 11% semblent plus crédibles que les 3,4% estimés dans l'étude dont parle l'article Futura. Mais celui-ci ne précise pas qu'il s'agit d'une estimation au 01/09 alors que le nombre total de personnes infectées depuis le début de l'épidémie a dû augmenter de moitié depuis (en se basant sur le nombre d'hospitalisations), pour dépasser 5% même selon cette estimation.
Et mes 11% (que je ne suis pas le seul à avoir déduit des mêmes données) sont calculés à partir de rapports nombre d'hospitalisés / nombre d'infectés par tranche d'âge sur lesquels la marge d'incertitude est importante (et dont l'estimation commence à dater). En prenant les bornes supérieures des intervalles de confiance de ces rapports on obtient plutôt 17%.
De plus, le calcul basé sur le nombre d'admissions à l'hôpital donne une estimation du nombre d'infections 2 semaines avant; compte-tenu de l'accélération de l'épidémie en octobre, il faut ajouter 2 ou 3% aux 11% ci-dessus (façon boule de cristal faute de disposer d'un indicateur plus fiable). La vérité doit se situer dans l'intervalle [10%, 20%], avec environ 14% comme valeur la plus probable.

D'autre part, même si la deuxième vague est plus homogène, il y a de fortes disparités entre régions ou départements sur le pourcentage de la population infecté depuis le début de l'épidémie. Celui-ci est probablement supérieur à 25% à Paris et dans sa petite couronne, ainsi que dans quelques autre départements, en particulier le Haut-Rhin ou le Territoire de Belfort, les plus fortement touchés lors de la première vague (suivant la même méthode de calcul que pour les 11% à l'échelle nationale, mais un peu biaisée car les infos par classe d'âge ne figurent dans les données des hôpitaux qu'à l'échelle des grandes régions et pas à celle des départements).

Certes l'épidémie a commencé il y a au moins 10 mois en France, mais ce n'est que durant une brève période (entre - probablement - fin janvier et le début du confinement mi-mars) que le taux de reproduction est resté élevé (environ 3), avant de tomber à 0,7 durant le confinement et de rester < 1 jusqu'à fin juin. La grande majorité des personnes contaminées durant la première vague l'ont été avant le confinement et dans les premières semaines de celui-ci (cas secondaires au sein des foyers ou des établissements d'hébergement).
A partir de début juillet le taux de reproduction a oscillé autour de ~1,2 (donc une "contagiosité" pas si élevée que ça, grâce aux mesures barrière et peut-être à un effet favorable des beaux jours), conduisant à un doublement du nombre de nouveaux cas en plus de 3 semaines, mais en partant d'un nombre assez bas au début de l'été (entre 2000 et 3000 par jour, si on se fie au nombre d'admissions à l'hôpital). C'est déjà trop, surtout que, après avoir baissé après le déconfinement, la moyenne d'âge des personnes infectées a de nouveau fortement augmenté depuis fin août, conduisant à une plus grande proportion de cas graves.
Au total, le nombre cumulé de patients ayant dû être hospitalisés a à peine doublé depuis fin avril (de ~95000 à ~185000); en ordre de grandeur on peut donc estimer que le nombre cumulé de personnes infectées a lui aussi doublé durant la même période.