Carte de restriction plasmidique

[juni78]

Bonjours,

J'ai un problème sur la dernière question de mon exercice qui concerne la carte de restriction de puc 19. Je doit comparer deux fragments après digestion. J'ai toute les réponses de cet exerxices mais je ne comprend pas la démarche effectuée pour obtenir ces résultats.
Pour Puc 19, je n'ai aucun problème mais pour Puc 19-1 je ne comprend pas du tout.

Voici les réponses :




Puc 19


pvu 2
2 sites
2 fragments 2364 Pb
322 Pb



SMa1
1 site
1 fragment 2886




Nde1/Hind3
2 sites
2 fragments 264 Pb
242 Pb 2422 Pb


Puc 19-1

pvu 2
2 sites
2 fragments
322 + 400 - 21 = 701 Pb


SMa1
rien


Nde1/Hind3

2 sites
2 fragments
254 - 21 + 400= 643 Pb
2344Pb




Merci d'avance pour votre aide.
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[Tibosax]

La digestion du pUC19 par SmaI produit un fragment linéaire de 2886 bp (c'est la taille du plasmide entier). Il n'y a qu'un seul site donc on linéarise simplement le plasmide.

Lors du clonage du fragment I par BamHI et EcoRI, la région qui se situe entre ces deux sites est éliminée, et remplacée par l'insert I. Or il se trouve que le site SmaI se situe justement à cette position; entre les sites Bam HI et EcoRI. Le site SmaI n'existe donc plus dans le plasmide pUC19-I.

Pour t'en convaincre, tu peux télécharger ApE http://biologylabs.utah.edu/jorgensen/wayned/ape/ ainsi que la carte du pUC-19 ci dessous que tu pourras coller dans une nouvelle fenêtre de ApE:

LOCUS pUC19 2686 bp DNA SYN
DEFINITION pUC19
ACCESSION
KEYWORDS
SOURCE
ORGANISM other sequences; artificial sequences; vectors.
FEATURES Location/Qualifiers
source 1..2686
/organism="pUC19"
/mol_type="other DNA"
promoter 142..171
/label="lac_promoter"
misc_feature 185..207
/label="M13_pUC_rev_primer"
promoter 206..224
/label="M13_reverse_primer"
misc_feature 287..442
/label="lacZ_a"
promoter complement(290..306)
/label="M13_forward20_primer"
misc_feature complement(299..321)
/label="M13_pUC_fwd_primer"
misc_feature 634..656
/label="pGEX_3_primer"
promoter 815..843
/label="AmpR_promoter"
gene 885..1745
/label="Ampicillin"
/gene="Ampicillin"
CDS 885..1745
/label="ORF frame 3"
/translation="MSIQHFRVALIPFFAAF CLPVFAHPETLVKVKDAEDQLGARVGY
IELDLNSGKILESFRPEERFPMMSTFKVLL CGAVLSRIDAGQEQLGRRIHYSQNDLVE
YSPVTEKHLTDGMTVRELCSAAITMSDNTA ANLLLTTIGGPKELTAFLHNMGDHVTRL
DRWEPELNEAIPNDERDTTMPVAMATTLRK LLTGELLTLASRQQLIDWMEADKVAGPL
LRSALPAGWFIADKSGAGERGSRGIIAALG PDGKPSRIVVIYTTGSQATMDERNRQIA
EIGASLIKHW*"
rep_origin 1900..2519
/label="pBR322_origin"
/translation="MSIQHFRVALIPFFAAF CLPVFAHPETLVKVKDAEDQLGARVGY
IELDLNSGKILESFRPEERFPMMSTFKVLL CGAVLSRIDAGQEQLGRRIHYSQNDLVE
YSPVTEKHLTDGMTVRELCSAAITMSDNTA ANLLLTTIGGPKELTAFLHNMGDHVTRL
DRWEPELNEAIPNDERDTTMPVAMATTLRK LLTGELLTLASRQQLIDWMEADKVAGPL
LRSALPAGWFIADKSGAGERGSRGIIAALG PDGKPSRIVVIYTTGSQATMDERNRQIA
EIGASLIKHW*"
ORIGIN
1 gcgcccaata cgcaaaccgc ctctccccgc gcgttggccg attcattaat gcagctggca
61 cgacaggttt cccgactgga aagcgggcag tgagcgcaac gcaattaatg tgagttagct
121 cactcattag gcaccccagg ctttacactt tatgcttccg gctcgtatgt tgtgtggaat
181 tgtgagcgga taacaatttc acacaggaaa cagctatgac catgattacg ccaagcttgc
241 atgcctgcag gtcgactcta gaggatcccc gggtaccgag ctcgaattca ctggccgtcg
301 ttttacaacg tcgtgactgg gaaaaccctg gcgttaccca acttaatcgc cttgcagcac
361 atcccccttt cgccagctgg cgtaatagcg aagaggcccg caccgatcgc ccttcccaac
421 agttgcgcag cctgaatggc gaatggcgcc tgatgcggta ttttctcctt acgcatctgt
481 gcggtatttc acaccgcata tggtgcactc tcagtacaat ctgctctgat gccgcatagt
541 taagccagcc ccgacacccg ccaacacccg ctgacgcgcc ctgacgggct tgtctgctcc
601 cggcatccgc ttacagacaa gctgtgaccg tctccgggag ctgcatgtgt cagaggtttt
661 caccgtcatc accgaaacgc gcgagacgaa agggcctcgt gatacgccta tttttatagg
721 ttaatgtcat gataataatg gtttcttaga cgtcaggtgg cacttttcgg ggaaatgtgc
781 gcggaacccc tatttgttta tttttctaaa tacattcaaa tatgtatccg ctcatgagac
841 aataaccctg ataaatgctt caataatatt gaaaaaggaa gagtatgagt attcaacatt
901 tccgtgtcgc ccttattccc ttttttgcgg cattttgcct tcctgttttt gctcacccag
961 aaacgctggt gaaagtaaaa gatgctgaag atcagttggg tgcacgagtg ggttacatcg
1021 aactggatct caacagcggt aagatccttg agagttttcg ccccgaagaa cgttttccaa
1081 tgatgagcac ttttaaagtt ctgctatgtg gcgcggtatt atcccgtatt gacgccgggc
1141 aagagcaact cggtcgccgc atacactatt ctcagaatga cttggttgag tactcaccag
1201 tcacagaaaa gcatcttacg gatggcatga cagtaagaga attatgcagt gctgccataa
1261 ccatgagtga taacactgcg gccaacttac ttctgacaac gatcggagga ccgaaggagc
1321 taaccgcttt tttgcacaac atgggggatc atgtaactcg ccttgatcgt tgggaaccgg
1381 agctgaatga agccatacca aacgacgagc gtgacaccac gatgcctgta gcaatggcaa
1441 caacgttgcg caaactatta actggcgaac tacttactct agcttcccgg caacaattaa
1501 tagactggat ggaggcggat aaagttgcag gaccacttct gcgctcggcc cttccggctg
1561 gctggtttat tgctgataaa tctggagccg gtgagcgtgg gtctcgcggt atcattgcag
1621 cactggggcc agatggtaag ccctcccgta tcgtagttat ctacacgacg gggagtcagg
1681 caactatgga tgaacgaaat agacagatcg ctgagatagg tgcctcactg attaagcatt
1741 ggtaactgtc agaccaagtt tactcatata tactttagat tgatttaaaa cttcattttt
1801 aatttaaaag gatctaggtg aagatccttt ttgataatct catgaccaaa atcccttaac
1861 gtgagttttc gttccactga gcgtcagacc ccgtagaaaa gatcaaagga tcttcttgag
1921 atcctttttt tctgcgcgta atctgctgct tgcaaacaaa aaaaccaccg ctaccagcgg
1981 tggtttgttt gccggatcaa gagctaccaa ctctttttcc gaaggtaact ggcttcagca
2041 gagcgcagat accaaatact gttcttctag tgtagccgta gttaggccac cacttcaaga
2101 actctgtagc accgcctaca tacctcgctc tgctaatcct gttaccagtg gctgctgcca
2161 gtggcgataa gtcgtgtctt accgggttgg actcaagacg atagttaccg gataaggcgc
2221 agcggtcggg ctgaacgggg ggttcgtgca cacagcccag cttggagcga acgacctaca
2281 ccgaactgag atacctacag cgtgagctat gagaaagcgc cacgcttccc gaagggagaa
2341 aggcggacag gtatccggta agcggcaggg tcggaacagg agagcgcacg agggagcttc
2401 cagggggaaa cgcctggtat ctttatagtc ctgtcgggtt tcgccacctc tgacttgagc
2461 gtcgattttt gtgatgctcg tcaggggggc ggagcctatg gaaaaacgcc agcaacgcgg
2521 cctttttacg gttcctggcc ttttgctggc cttttgctca catgttcttt cctgcgttat
2581 cccctgattc tgtggataac cgtattaccg cctttgagtg agctgatacc gctcgccgca
2641 gccgaacgac cgagcgcagc gagtcagtga gcgaggaagc ggaaga
//

Il ne te reste plus qu'à jouer avec les fonctions digestion.

[juni78]

Merci pour votre réponse je pensais vous avoir répondu. Merci beaucoup

Cordialement,