Scilab en biologie-santé ??

[invite5fab4737]

Bonjour.
Dans le cadre d'un exposé sur un logiciel de calculs utilisable en biologie et remplissant un cahier des charges (cf ci dessous), j'ai trouvé les logiciels Matlab et Scilab.

cahier des charges:
- l'analyse et la visualisation de données
- le calcul numérique et symbolique
- le graphisme scientifique
- la modélisation et la simulation
- la programmation, le développement d'applications et la conception d'interfaces graphiques.


Je voudrais savoir quels modules de Scilab incorporés ou additionnels peuvent être utiles dans le cadre de recherches dans un laboratoire pharmacologique.
En effet la liste des librairies proposée est longue et on a du mal a discerner les modules utiles des autres.

Merci
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[invite5fab4737]

Y a pas d'utilisateurs de Scilab ou Matlab ici?
Quelqu'un pourrait il me conseiller quelques modules???

[kinette]

Y a pas d'utilisateurs de Scilab ou Matlab ici?
Quelqu'un pourrait il me conseiller quelques modules???

Désolée, je peux pas te conseiller sur Scilab, j'utilise R (qui est très bien et gratuit ).

K

[invite5fab4737]

Scilab aussi est gratuit et je l'ai trouvé d'apres les descriptions plus performant que R.
Mais si tu peux me donner ton avis sur R et son utilisaton (pour la bio si possible), ça m'interesse aussi.
Sous quelle plateforme tu tournes? Pc ou station de travail?

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite24357dd0]

Bonjour,

R et Scilab/Matlab sont deux systèmes assez différents de traitement des données ...

Matlab est un programme de traitement des données numériques puissant mais propriétaire et payant. Un certain nombre de modules ont été écrits pour la bioinformatique, allant des modules généralistes aux trucs hyper-spécialisés. On ne saurait pas dire qu'il te convient ou pas quand on sait juste que tu travailles dans un labo de pharmaco, sans plus de précisions : quelles données traitées, dans quel but, ... A priori, Matlab fait tout ce que tu demandes dans ton "cahier des charges" (très vaste, de nouveau), sauf peut-être le calcul symbolique où il exite des logiciels plus appropriés (Maple, je pense).

SciLab a été écrit comme un équivalent libre et gratuit de Matlab. Certains modules de Matlab tournent sans modifications sous SciLab. Le choix entre Matlab et Scilab (outre la somme d'argent que tu es prêt à mettre) se portera principalement sur 1. l'existence ou non de modules qui font déjà ce que tu demandes exactement ; 2. le fait que la communauté scientifique de ton domaine utilise plus l'un que l'autre (ce qui faciliterait les échanges de modules).

R, quant à lui, a été développé d'abord comme outil statistique libre et gratuit, semblable au langage S (solution de statistique propriétaire et payante). Un certain nombre de modules de bioinformatique existent également pour R. Les évolutions du programmes font de R de plus en plus un logiciel de traitement de données généraliste (un peu comme Matlab/Scilab). Mais des modules statistiques existent également dans Matlab/Scilab, ce qui rend la frontière entre les 2 familles de logiciel assez floue.

Maintenant, si tu nous dis que ton labo veut traiter des données issues de microarrays, tous les logiciels cités proposent des modules d'analyse +/- évolués. Une petite revue de la littérature (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, ...) te donnera une idée des modules qui correspondent le mieux à tes/vos besoins. Par contre, si tu souhaites créer un LIMS (gestionnaire d'information) pour ton labo, le plus approprié des 3 est probablement Matlab, même si je ne le recommanderai pas (c'est un peu comme si on utilisait l'explorateur de fichiers pour surfer sur le net : c'est possible mais pas l'outil le plus approprié).

Une autre piste de conseils seraient les forums de Scilab/R ou bien, si tu trouves un module pour un de ces logiciels qui correspondraient +/- aux traitements que tu veux effectuer, tu peux contacter l'auteur de ce module pour obtenir plus de renseignements sur ton application précise.

[invite5fab4737]

Merci jepoirrier.

Je tiens a rappeler que je cherche des informations sur ces logiciels dans le cadre d'un rapport a faire pour mes études.
Le sujet dit que je suis sensé travailler pour un labo pharma qui ouvre un service d'analyse numérique et je dois trouver un logiciel qui rempli le cahier des charges que j'ai cité dans mon 1er post et que je dois mettre en place une plateforme de travail (pc ou station de travail).

Je ne peux donc pas préciser exactement l'utilisation qui sera faite de ces
logiciels vu que c'est une situation fictive.

Un autre point: vu le prix de Matlab, je suppose qu'il y a un service apres vente pour la maintenance en cas de probleme logiciel. Mais est ce que scilab en propose un ou bien faut il se débrouiller tout seul si il y a un souci?

En tout cas merci de vos conseils.

[invite24357dd0]

Bonjour,

Concernant la question PC/Station de travail, la différence entre les PC haut de gamme et les stations de travail diminue de plus en plus. De nombreux labos n'hésitent plus à s'équiper de "vulgaires" PC car, pour un coût beaucoup moindre, la puissance mis à disposition est quasi-égale. Et un PC se remplace beaucoup plus facilement.

Sinon, je suppose que tu as un service après vente de base, après ton achat de Matlab. Mais ce n'est pas indiqué clairement sur leur site web de Mathworks (l'éditeur de Matlab). Ce que tu as est la "software maintenance" pendant 12 mois pour toute license, ce qui signifie que toute nouvelle mise à jour/version de Matlab sortant durant les 12 mois suivant ton achat te revient gratuitement. Avec Scilab et R, étant des logiciels libres, tu peux avoir toutes les versions suivantes, sans limitation de temps. Il y a peut-être (certainement) des sociétés vendant du support pour Scilab et R mais tu bénéficies aussi d'une communauté importante, interagissant via les forums et/ou les mailing-lists.

[kinette]

Scilab aussi est gratuit et je l'ai trouvé d'apres les descriptions plus performant que R.
Mais si tu peux me donner ton avis sur R et son utilisaton (pour la bio si possible), ça m'interesse aussi.
Sous quelle plateforme tu tournes? Pc ou station de travail?

Ne connaissant pas Scilab, je ne pourrais pas comparer...
Ce que j'aime dans R:
- interface pas chargée (mais les pousse-boutons peuvent ajouter des interfaces... moi le copier-coller depuis un script me va finalement bien).
- beaucoup de modules disponibles (qu'on ne charge que si on en a besoin)
- code simple, très bonne documentation des fonctions, grande souplesse
-très facile de faire ses propres fonctions
-graphiques très paramétrables et résultats jolis (et formats d'exports disponible nombreux)
- communauté importante (et même un forum francophone)

Par contre l'inconvénient de R est son utilisation de la mémoire (tous les objets manipulés sont chargés en mémoire, donc pas top pour la manip de très gros jeux de données, mais il me semble que ça peut être contourné par des "trucs").

Ah oui, et il fonctionne sous Win et Linux

K

[wandazefish]

Il y a peut-être (certainement) des sociétés vendant du support pour Scilab et R mais tu bénéficies aussi d'une communauté importante, interagissant via les forums et/ou les mailing-lists.

Bonsoir,
Les entreprises qui mettent en oeuvre des solutions "libres" s'appuient en général, pour le support, sur des "sociétés de services en logiciels libres" (ou "SSLL" ou "SS2L"), intermédiaires entre les utilisateurs et la communauté. Avantages: une vue d'ensemble sur les problèmes d'intégration, de maintenance, de migration... Encore faut-il, pour ne pas multiplier les contrats, choisir la bonne société, compétente à la fois sur scilab/R ET sur l'environnement de la station de travail...

[invite5fab4737]

Merci a vous pour tous ces renseignements, ça devrait me servir.