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question : geany sur python



  1. #1
    miwa

    question : geany sur python

    bonsoir à tous
    jespere que vous allez bien

    je travaille avec geany interactif, basé sur le language python, je marrache les cheveux sur mon dernier exo ! jy suis presque !

    geany demande à l'utilisation une chaine de nucléotides, pour un arn ! donc je rentre n'importe quelle chaine par exemple : "agggccuccguua"
    arn=input("quelle est votre sequence d'arn")
    ca c'est va encore !

    ensuite
    je dois verifier a ce que mes 1er nucleotides code pour un methionine, soit AUG et que ma chaine finit bien par un codon stop nimporte lequel des trois !

    et pour finir,
    je dois couper ma chaine en codon, soit 3 nulcleotides, par 3 nucleotides
    jai pensé faire une liste et créer des espaces \n puis faire split !

    je bloque serieusement !
    merci par avance

    -----


  2. Publicité
  3. #2
    miwa

    Re : question : geany sur python

    bonsoir

    up

    geany est mon meilleur ami ...geany est mon meilleur ami ...geany est mon meilleur ami ...

  4. #3
    Towl

    Re : question : geany sur python

    Hum, c'est un peu du chinois pour moi tout ca

    ensuite
    je dois verifier a ce que mes 1er nucleotides code pour un methionine, soit AUG et que ma chaine finit bien par un codon stop nimporte lequel des trois !
    Vérifier qu'une chaine se termine par une sous chaine : endswith().
    Ex qui verifie si aaaa se termine par aa ou bb ou cc
    Code:
    import string
    "aaaa".endswith(('aa', 'bb', 'cc'))
    Le reste de ce paragraphe, j'ai pas compris, jamais vu les arn et autre truc du genre (et pas envie de me plonger dans l'apprentissage non plus )

    et pour finir,
    je dois couper ma chaine en codon, soit 3 nulcleotides, par 3 nucleotides
    jai pensé faire une liste et créer des espaces \n puis faire split !
    L'idée me semble bonne, tu peux aussi jouer sur les modulo pour simplifier l'écriture. (si un nucléotide correspond bien comme je le pense à un caractere de ta chaine)
    Sinon tu peux aussi tenter de faire une liste qui serait de la forme ['aa', 'bb', 'cc', ...] pour permettre d'obtenir la sous chaine x rapidement.
    The only limiting factor of the Linux operating system, is his user. - Linus Torvalds

  5. #4
    miwa

    Re : question : geany sur python

    bonsoir! merci de m'avoir repondu !

    alors j'ai aps tout compris, en fait je connais pas import string et endswith

    en fait si je reprends d'exo sans mettre de la bio ca fait ca, enfin je pense que tu as compris mais c'est juste plus clair comme ca

    j'ai une chaine de lettre qui est par exemple : "augttttttaaa"

    je veux d'abord verifier que ma chaine commence bien par "aug"

    ensuite qu'elle finit bien par "aaa"

    et apres couper ma chaine en 3 lettres par 3 lettres pour avoir qqch comme aug ttt ttt aaa

    une sous chaine pour toi c'est "aug" par exemple ?

    j'ai essayé ca mais ca marche pas :


    chaine=input("quelle est votre sequence d'arn")
    import string
    if chaine.endswith('aaa'):
    print "la chaine finit bien par aaa"



    Merci

  6. #5
    Towl

    Re : question : geany sur python

    Chez moi ton code marche bien :
    Code:
    import string
    chaine = "augttttttaaa"
    print chaine
    if chaine.endswith('aaa'):
            print "la chaine finit bien par aaa"
    if chaine.endswith(('aaa', 'aug')):
            print "la chaine finit bien par aaa ou aug"
    if chaine.startswith('aug'):
            print "la chaine commence bien par aug"

    augttttttaaa
    la chaine finit bien par aaa
    la chaine finit bien par aaa ou aug
    la chaine commence bien par aug

    Le import string permet de charger le module string (chaine de caractere) et permet d'avoir les fonctions endswith et startswith (et d'autres )

    une sous chaine pour toi c'est "aug" par exemple ?
    Oui c'est exactement cela.
    Essaye de trouver un petit algo (meme en pseudo code) pour extraire 3 caractere, puis les 3 suivants. S'il te manque des fonctions je te les donnerais à ce moment la
    The only limiting factor of the Linux operating system, is his user. - Linus Torvalds

  7. A voir en vidéo sur Futura

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