[Python] Récupération d'une séquence de banque de données

[MaliciaR]

Hello, tout le monde,

Voilà, ce soir, j'en ai eu marre de Perl et j'ai essayé de faire un pitit script en python. Mais j'ai bugué à un moment donné...
Donc, j'ai ça qui fonctionne :

#!/usr/bin/python

#-*- coding: utf-8 -*-

from Bio import GenBank
from Bio import SeqIO
handle = GenBank.download_many (['AB088224.2'])
for seqrecord in SeqIO . parse (handle, "genbank" ) :
	print seqrecord.id, seqrecord.description [:50] + "..."
	print "Sequence length %i," %len ( seqrecord.seq )
	print "%i features," %len ( seqrecord.features )
	print "from: %s" %seqrecord.annotations ['source']
handle . close ()

La sortie :

-desktop:~$ python Desktop/essai2.py
AB088224.2 Streptomyces rochei plasmid pSLA2-L DNA, complete ...
Sequence length 210614,
230 features,
from: Streptomyces rochei
-desktop:~$

Mais dès que j'essaie avec une autre banque (SwissProt en l'occurrence) en faisant pareil que ci-dessus, il râle et j'ai tout oublié pour décoder comment faire
Donc, le code :

#!/usr/bin/python

#-*- coding: utf-8 -*-

from Bio.SwissProt import SProt
from Bio import SeqIO
print dir(SProt)
handle = SProt.read_and_call(['P08874'])
for seqrecord in SeqIO . parse (handle, "swissprot" ) :
	print seqrecord.id, seqrecord.description [:50] + "..."
	print "Sequence length %i," %len ( seqrecord.seq )
	print "%i features," %len ( seqrecord.features )
	print "from: %s" %seqrecord.annotations ['source']
handle.close ()

L'erreur :

-desktop:~$ python Desktop/essai4.py
['AbstractConsumer', 'AbstractParser', 'Alphabet', 'BooleanType', 'BufferType', 'BuiltinFunctionType', 'BuiltinMethodType', 'ClassType', 'CodeType', 'ComplexType', 'DictProxyType', 'DictType', 'Dictionary', 'DictionaryType', 'EllipsisType', 'EventGenerator', 'ExPASy', 'ExPASyDictionary', 'File', 'FileType', 'FloatType', 'FrameType', 'FunctionType', 'GeneratorType', 'GetSetDescriptorType', 'Index', 'InstanceType', 'IntType', 'Iterator', 'LambdaType', 'ListType', 'LongType', 'MemberDescriptorType', 'MethodType', 'ModuleType', 'NoneType', 'NotImplementedType', 'ObjectType', 'Record', 'RecordParser', 'Reference', 'RequestLimiter', 'SGMLStrippingConsumer', 'Seq', 'SeqRecord', 'SequenceParser', 'SliceType', 'StringType', 'StringTypes', 'TaggingConsumer', 'TracebackType', 'TupleType', 'TypeType', 'UnboundMethodType', 'UnicodeType', 'XRangeType', '_CHOMP', '_RecordConsumer', '_Scanner', '_SequenceConsumer', '__builtins__', '__doc__', '__file__', '__name__', 'attempt_read_and_call', 'handler', 'index_file', 'is_blank_line', 'os', 'read_and_call', 'read_and_call_until', 'read_and_call_while', 'safe_peekline', 'safe_readline', 'string', 'sys', 'traceback', 'xml_support']
Traceback (most recent call last):
File "Desktop/essai4.py", line 8, in <module>
handle = SProt.read_and_call(['P08874'])
TypeError: read_and_call() takes exactly 2 arguments (1 given)
-desktop:~$

Et là, je bloque J'ai laissé le print pour le tas d'options.
Mais je ne sais pas du tout quel est le second argument... Quelqu'un a une pitite idée?

Pour ceux qui voudraient (sait-on jamais ) le tester chez eux, il faut avoir biopython. Pour ça (Ubuntu) :

sudo apt-get install python-biopython

Merci pour les idées
-----

[Philou67]

Salut Malicia,
Sauf erreur, read_and_call demande 2 paramètres et ligne 8 de essai4.py, tu n'en fournis qu'un, non ?

[Towl]

Il manque effectivement 1 argument :
la methode read_and_call (handle, method) fait tout simplement :
-> je prends mon flux (par son handle) et je lit 1 ligne que je stocke dans line
-> j'execute method(line).

Ainsi si tu fais un read_and_call(handle, print), tu affichera la ligne (print(line))

Reste que le handle m'a pas l'air tres correct, je suppose qu'il faut plutot faire une connexion à la base de donnée (tu vas obtenir un handle à ce moment la)


Edit: et félicitation pour avoir choisi un vrai langage

[Philou67]

Ah !! c'est un
map method, <HANDLE>

Hhumm, désolé

[A voir en vidéo sur Futura]

[MaliciaR]

Il manque effectivement 1 argument :
la methode read_and_call (handle, method) fait tout simplement :
-> je prends mon flux (par son handle) et je lit 1 ligne que je stocke dans line
-> j'execute method(line).

Ainsi si tu fais un read_and_call(handle, print), tu affichera la ligne (print(line))

Reste que le handle m'a pas l'air tres correct, je suppose qu'il faut plutot faire une connexion à la base de donnée (tu vas obtenir un handle à ce moment la)

Merci
Je vais essayer de trouver le temps ce we, en ce moment c'est la course

Edit: et félicitation pour avoir choisi un vrai langage

Après un moment d'égarement, je rentre au bercail