Bonjour,
Je souhaiterais savoir (sans que vous rigoliez tous, merci) comment faire quand on veut apprendre davantage sur la modélisation mais qu'on n'a pas fait de maths depuis environ 4 ans...
Plus précisément, je commence à beaucoup m'intéresser à la manière de modéliser un système biologique mais je me rends compte également que c'est quelque chose qui me dépasse... et ça me frustre!
Merci pour vos réponses.
Cordialement,
Salut,
Si tu as des données numériques (du type nuage de points) je te conseille d'utiliser un logiciel qui te permette de trouver un ajustement (affine, exponentiel, cubique, polynomial, j'en passe et des meilleures !).
Il existe aussi des programmes qui interpolent une suite de points (polynôme d'Hermite, interpolation cubique...).
Voilà (Graphe Easy fait des trucs de ce genre, mais il est payant... Tu dois pouvoir trouver du gratuit en cherchant un peu !)
Bon courage.
RV
Salut,
Merci pour les précisions.
En fait, je crois m'être mal exprimée... Je voudrais savoir ce qu'il me faut comme connaissances pour produire un modèle. Ce n'est pas forcément que j'ai l'ambition de le faire, mais en tout cas cela me permettra d'avoir une utilisation intelligente de l'outil que sont par exemple les logiciels dont tu parles
Je m'explique. Par exemple, je veux étudier les interactions entre deux (idéalement, plusieurs) cellules. Je veux, par exemple, savoir à quel moment doit se produire une certaine interaction (émission de signal, disons) qui déclenchera une cascade d'évènements. Cette cascade étant essentielle pour le devenir de mes cobayes, je veux également savoir quelle doit être sa fréquence. Et enfin, quel serait le devenir de mes cellules dans des conditions différentes... (Je sais, je veux plein de trucs
Comment traduire toutes ces envies en modèle? C'est ce que je ne comprends pas...
Cordialement,
Avant toute chose, pour modéliser, il faut.... un modèle !!
Donc il faut, suivant ce qui t'interresse, lire un peu de theorie pour trouver des modèles appropriés, cad des fonctions mathématiques qui font intervenir des parametres qui ont du sens. Ensuite, la modelisation va consister a determiner des valeurs pour ces parametres qui vont coller avec tes données experimentales. La methode a employer va fortement dependre de ton modèle, mais en gros tu peux tomber sur du lineaire (cool !) ou du non lineaire (moins, voire franchement pas cool).
On est bien d'accordEnvoyé par jobherzt
Avant toute chose, pour modéliser, il faut.... un modèle !!
En ce qui concerne le modèle, ce n'est vraiment pas ce qui manque...
Justement : qu'est-ce que je dois lire de compréhensible (très importantDonc il faut, suivant ce qui t'interresse, lire un peu de theorie pour trouver des modèles appropriés, cad des fonctions mathématiques qui font intervenir des parametres qui ont du sens. Ensuite, la modelisation va consister a determiner des valeurs pour ces parametres qui vont coller avec tes données experimentales. La methode a employer va fortement dependre de ton modèle, mais en gros tu peux tomber sur du lineaire (cool !) ou du non lineaire (moins, voire franchement pas cool).
Cordialement,
Si tu veux regarder un exemple simple mathématiquement et écologiquement tu peux te renseigner sur le modèle de population proie/prédateur, par exemple là :Justement : qu'est-ce que je dois lire de compréhensible (très important
http://www.univ-tlemcen.dz/these/chiali.pdf
Bonjour, je ne connais pas ton niveau, mais si tu es en thèse et de formation purement biologiste les problèmes de modélisation de système biologique sont complexes et vraiment non triviaux. Il s'agit en général de système d'équation dites "EDO" pour Equation aux Dérivées Ordinaires à mettre en forme puis à résoudre, ça peut aussi être des EDP. Si ta situation est celle décrite plus haut je te recommande de contacter des chercheurs en maths/bio beaucoup de labo de maths ont des équipes qui font de la modélisation en bio.
Si tu ne fais pas partit du cas précédent, je te conseil de prendre un livre de math/bio y en a ça existe et par cet intermédiaire de te remmettre tranquillement à refaire un peu de maths.
Bon courage.
Euh... on ne doit pas etre tant d'accord, pour moi un modèle c'est une fonction mathématique. Après, savoir quels sont ces modèles, la ca sort de mes competences....Justement : qu'est-ce que je dois lire de compréhensible (très important
Cordialement,
Merci, Médiat! Ca doit certainement parler de Lotka-Volterra, le grand chéri des généticiens de population...
Personne ne se f***** de moi quand je reviendrai "Euh, moi pas comprendre"
Zarkis, je ne suis pour l'instant qu'en M1et suis de la 1re catégorie re-
Cordialement,
Le mot modèle est souvent utiliser, parfois par des expérimentateurs parfois par des matheux et parfois par des gens entre les deux. Chacun voit midi à sa porte et ça peut paraitre frustrant, l'important est de décrire de quoi on parle.
Si tu es en M1 est que tu veux faire de la modélisation au sens mathématiques (équation pour décrire ton modèle) je te conseil de laisser pour le moment tomber l'idée et de te concentrer sur la bio et pourquoi pas si vraiment ça te plait te renseigner sur un M2 math/bio.Merci, Médiat! Ca doit certainement parler de Lotka-Volterra, le grand chéri des généticiens de population...
Personne ne se f***** de moi quand je reviendrai "Euh, moi pas comprendre"
Zarkis, je ne suis pour l'instant qu'en M1
Cordialement,
Ce n'est pas forcément une envie incoercible de faire de la modélisation
Si tu veux, je m'oriente de plus en plus vers la bio-info, je commence à me rendre compte que si je veux étudier ce qui me plaît (les génomes et leurs évolutions), c'est un outil indispensable. De plus, je vois assez souvent des modèles mathématiques pointer leur nez en bio et je me dis que plus tôt je commence à mettre le doigt dedans, mieux c'est... Encore une fois, entendons-nous bien, je n'ai nulle ambition de faire de la modélisation comme le feraient des gens ayant suivi un cursus maths/bio.
Mais comprendre l'outil dont je compte me servir et pouvoir en faire une utilisation intelligente, pas seulement rentrer des données et récupérer une figure...
Merci en tout cas pour vos réponses
Cordialement,
Otto & Day: A Biologist's Guide to Mathematical Modelling.Bonjour,
Je souhaiterais savoir (sans que vous rigoliez tous, merci
Hello,
Je vois deux-trois départs possibles pour commencer à faire joujou avec ce genre de trucs :
_ regarder l'équilibre entre un ADN+protéine et un ADN complexé avec cette protéine, et étudier l'évolution de la concentration de l'ADN complexé en fonction de paramètres tels que la concentration en ADN, la concentration en ADN complexé, le paramètre d'ordre de la réaction.
_ regarder un peu des modèles basiques d'évolution de population, par exemple Malthus, et comparer avec des données réelles (genre l'évolution de la population en Europe ou aux US au cours du XIXe siècle et du XXe siècle).
_ faire joujou avec Voltera-Lotka pour étudier des populations proies-prédateurs (plus complexe que ce que j'ai dit plus haut), avec des équations différentielles somme toute assez simples à écrire, plus dur à résoudre
Comme l'a dit zarkis, une modélisation mathématico-physique des phénomènes biologiques est hautement non triviale, donc bon s'attaquer à ça tout de suite c'est un peu hard
Salut,
Ca paraît très intéressant et tout à fait utile
On a dû voir ça en classe dans ma jeunesse_ regarder un peu des modèles basiques d'évolution de population, par exemple Malthus, et comparer avec des données réelles (genre l'évolution de la population en Europe ou aux US au cours du XIXe siècle et du XXe siècle).
Il y avait justement un long laïus concernant Lotka-Volterra dans le pdf que Médiat m'a recommandé hier... Je dois voir mon psy d'urgence_ faire joujou avec Voltera-Lotka pour étudier des populations proies-prédateurs (plus complexe que ce que j'ai dit plus haut), avec des équations différentielles somme toute assez simples à écrire, plus dur à résoudre
Je me doute bien. Mais je vais quand même essayer de voir de plus près le bouquin qu'Ambrosio a cité et aller doucement pour ne pas tomber dans des choses totalement indigestes pour moi qui doivent pourtant être passionnantes.Comme l'a dit zarkis, une modélisation mathématico-physique des phénomènes biologiques est hautement non triviale, donc bon s'attaquer à ça tout de suite c'est un peu hard
Quoi qu'il en soit, merci beaucoup pour toutes vos réponses
Cordialement,
c'est un bouquin très pédagogique et très bien écrit, mais il demande quand-même quelques efforts, m'enfin on n'a rien sans rien.
