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Biostats : indice de diversité




  1. #1
    chrisgir

    Biostats : indice de diversité

    Bonjour

    J'aurai une question de méthodo sur un travail que je suis en train de réaliser en écologie botanique faisant intervenir des stats. J'ai mis ça dans les maths mais ça pourrait aussi aller en biologie!

    Je cherche d'une part à réaliser une analyse de diversité spécifique intégrant à la fois l'abondance des espèces et leur relation taxinomique (relations de parenté) et d'autre part à regarder s'il existe une structuration de mes communautés en fonction des données phylogénétiques. Pour cela on calcule des indices basés sur des matrices de distance. Je me place au niveau de la famille

    Pour établir mes matrices de distance, je pense utiliser la distance nodale, c'est à dire compter le nombre de noeuds qui séparent deux taxons dans mes phylogénies. Comme ce nombre de noeuds est fonction du nombre de taxons, je voulais savoir si je devais utiliser un arbre phylogénétique total (avec toutes les familles de plantes sur la Terre) ou bien si je pouvais utiliser un arbre phylogénétique partiel (les familles qui constituent mon jeu de données), sachant que dans ce dernier cas, je risque d'introduire un biais en rapprochant artificiellement des taxons. J'aimerai aussi savoir s'il existe un moyen de quantifier ce biais (et de le corriger)

    Pour ceux qui connaissent, ça s'appuie sur l'entropie quadratique de Rao d'une part et sur les indices phylogénétiques de Webb d'autre part.

    Merci par avance

    Christophe

    -----


  2. #2
    chrisgir

    Re : Biostats : indice de diversité

    Bon en fait j'ai relu mon article et dans le cas de Webb ce n'est pas grave. Par contre pour ma matrice de distance dans le cas de l'entropie quadratique je ne sais toujours pas (et il n'y a rien qui puisse aider à ce sujet dans les articles). Merci

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