Bonjour, tout nbien reflechi, cette qustion a plus sa place em physique voir maths statistiques...Desole pour le doublon.
Voilà je fais un stage en calcul numérique, plus précisément des simulations de dynamique moléculaire sur des complexes protéiques.
J'ai une question simple, le laboratoire où je suis utilise un programme pour calculer des différence d'énergie libre (leto) au cours de la complexation. Le problème c'est que mes trajectoires je les ai faites avec namd, et pas avec charmm, alors y'a plus ou moins des incompatibilités. Du coups j'ai fait ces calculs d'enrgie avec namdenergy, mais il y a un truc qui cloche.
Voilà comment je procède : j'ai une trajectoire du complexe AB, une trajectoire de A, une trajectoire de B.
Pour un élément donné (résidu,chaine,etc...) je calcule l'énergie (VdW, Elec, SAS) d'interaction avec l'eau ,les ions ,l'autre protéine si c'est le complexe.
Je fais une moyenne sur la trajectoire de 2ns, avec 160 points, puis je fais la différence entre l'état lié et l'état libre.
En théorie, les résidus impliqués dans le docking ont une énergie qui diminue pendant celui-ci.
Le problème c'est que mes valeurs sont juste impossibles, je trouve des valeurs trop grandes (genre -40kcal/mol au lieu de 10 max), les résidus concernés ne sont pas ceux attendus, etc...
Le programme du labo, lui, trouve des résultats significatifs avec très peu de points (genre une dizaine je crois) et il me semble qu'il y a une histoire d'échantillonnage et d'équation de Poisson-Boltzman là dedans. Quel est le problème, c'est le calcul de ma moyenne qui est faux, c'est ça? Je ne peux pas faire une simple moyenne sur un système microscopique, il me faut quelque chose pour trouver des valeurs macroscopiques?
Je suis un peu perdu et surtout je perds patience avec tout le boulot que j'ai sans aucun résultat exploitable !
Grand merci à qui me répondra !
Renaud