Dynamique moléculaire

[invite9c7554e3]

Bonjour tous,

Je suis tout à fait novice en dynamique moléculaire c'est pour cela que je me permet de vous contacter, j'aimerai savoir lors de simulation quelles sont les equations utilisée en generale pour cela (c de la mecanique quantique?)

je m'interesse egalement un mouvement des dislocations au sein des materiaux et je ne sais si cela est lié à la dynamique moléculaire ou non, es ce le cas?

De plus j'aimerai savoir si vous connaissez des liens vers des cours bien expliqués qui pourrez m'aider à m'informer sur tous cela.

Merci d'avance
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[invite55762a5d]

bonjour tout le monde; j ai grand besoin de votre aide;ma question concerne une simulation d'une protéine avec un système de dynamique moléculaire:Nous cherchons à étudier un système constitué d’une protéine composée de 230 acides aminés, correspondant à 2500 atomes baignant dans un bain de 10000 molécules d’eau. Quel est le nombre de variables décrivant le système ? Quel est le nombre d’interactions protéine-solvant à calculer sachant que le champ de force utilisé est un champ de force classique tout-atome et qu’aucun cut-off n’est utilisé merci de me répondre le plus vite possible.please

[invite9c7554e3]

bonjour tout le monde; j ai grand besoin de votre aide;ma question concerne une simulation d'une protéine avec un système de dynamique moléculaire:Nous cherchons à étudier un système constitué d’une protéine composée de 230 acides aminés, correspondant à 2500 atomes baignant dans un bain de 10000 molécules d’eau. Quel est le nombre de variables décrivant le système ? Quel est le nombre d’interactions protéine-solvant à calculer sachant que le champ de force utilisé est un champ de force classique tout-atome et qu’aucun cut-off n’est utilisé merci de me répondre le plus vite possible.please

je ne pourrais pas t'aider car je ne suis qu'au stade de comprendre comment fonctionne la dynamique moleculaire....

[invite93279690]

Bonjour tous,

Je suis tout à fait novice en dynamique moléculaire c'est pour cela que je me permet de vous contacter, j'aimerai savoir lors de simulation quelles sont les equations utilisée en generale pour cela (c de la mecanique quantique?)

je m'interesse egalement un mouvement des dislocations au sein des materiaux et je ne sais si cela est lié à la dynamique moléculaire ou non, es ce le cas?

De plus j'aimerai savoir si vous connaissez des liens vers des cours bien expliqués qui pourrez m'aider à m'informer sur tous cela.

Merci d'avance

Salut,

Ca dépend, usuellement ce sont plutot les équations de Newton quel'on intègre directement à partir d'une condition initiale mais après on peut très bien faire une dynamique moléculaire dans le cadre quantique (mais je ne suis juste pas sûr que cela s'appelle comme ça), on parle souvent dans ce cas d'une simulation "ab initio".

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite93279690]

bonjour tout le monde; j ai grand besoin de votre aide;ma question concerne une simulation d'une protéine avec un système de dynamique moléculaire:Nous cherchons à étudier un système constitué d’une protéine composée de 230 acides aminés, correspondant à 2500 atomes baignant dans un bain de 10000 molécules d’eau. Quel est le nombre de variables décrivant le système ? Quel est le nombre d’interactions protéine-solvant à calculer sachant que le champ de force utilisé est un champ de force classique tout-atome et qu’aucun cut-off n’est utilisé merci de me répondre le plus vite possible.please

Salut,

Premièrement ça devrait mettre des mois à tourner un truc aussi complexe et deuxièmement si on ne connait pas le modèle on ne peut pas donner le nombre de degrés de liberté (ou nombre de variables) comme ça. Même chose pour le nombre d'intéractions qui dépend entièrement du modèle (est ce qu'on est dans l'approximation de la somme de potentiels de paires ou bien autre chose genre téorie de la fonctionnelle de la desnioté pour l'eau etc..?).

[invite55762a5d]

je tiens a vous préciser que c'est une question de cours (que je n'arrive pas à trouver toute seule) proposer pour un examen donc je cherche juste la réponse la plus juste et plus logique moi je ne suis pas très forte en dynamique moléculaire et tout ce qui va avec....voila c'est tout ce qui y avait dans le sujet... j'espère toujours une réponse plutôt.merci

[invite9c7554e3]

Salut,

Ca dépend, usuellement ce sont plutot les équations de Newton quel'on intègre directement à partir d'une condition initiale mais après on peut très bien faire une dynamique moléculaire dans le cadre quantique (mais je ne suis juste pas sûr que cela s'appelle comme ça), on parle souvent dans ce cas d'une simulation "ab initio".

Merci beaucoup d'avoir pris le temps de repondre, pour ces equations de newton quel est le systeme que l'on isole?
Dans le cas où on s'interesse au mouvement de dislocations qu'es que l'on isole les dislocations ont une masse?

[invite9c7554e3]

je tiens a vous préciser que c'est une question de cours (que je n'arrive pas à trouver toute seule) proposer pour un examen donc je cherche juste la réponse la plus juste et plus logique moi je ne suis pas très forte en dynamique moléculaire et tout ce qui va avec....voila c'est tout ce qui y avait dans le sujet... j'espère toujours une réponse plutôt.merci

Au faite si tu as des cours en format informatique serait il possible que tu me les envois?

merci

[invite55762a5d]

j ai quelques cours mais en forma PDF

[invite9c7554e3]

j ai quelques cours mais en forma PDF

oui ca m'interesse, merci d'avance

[invite93279690]

je tiens a vous préciser que c'est une question de cours (que je n'arrive pas à trouver toute seule) proposer pour un examen donc je cherche juste la réponse la plus juste et plus logique moi je ne suis pas très forte en dynamique moléculaire et tout ce qui va avec....voila c'est tout ce qui y avait dans le sujet... j'espère toujours une réponse plutôt.merci

Je suis désolé mais telle qu'écrite, il n'y a pas de bonne réponse à la question que tu as posée. Le problème vient des molécules d'eau, est ce que ce sont des sphères, des batons, des "vraies" molécules d'eau ? Si tu ne peux pas nous donner cette information (à partir de ton cours peut être) alors a priori personne ne peut te répondre sans faire une erreur de plusieurs milliers de variables.

[invite55762a5d]

je ne sais pas comment faire pour te les envoyer!!!!

[invite55762a5d]

"..un champ de force classique tout-atome et qu’aucun cut-off n’est utilisé." comme c'est une simulation j imagine bien que ce sont de vrai molécule d'eau pour se rapprocher mieux de la réalité en je pense. comme c'est un champ classique je crois que enfin supposant que la protéine est dans une boite de simulation remplie d'eau ( peu importe la forme de la boite) je ne sais pas est ce que c'est juste une simulation qu'on doit faire pour calculer ? je ne sais plus ?!!! d'après mon cours je crois qu'il y a cette histoire degré de liberté mais j en suis pas sur. ce que je sais s il y avais 3 molécules d'eaux et 3 acides aminé j aurais peut su le faire!! lool

[invite9c7554e3]

Merci beaucoup d'avoir pris le temps de repondre, pour ces equations de newton quel est le systeme que l'on isole?
Dans le cas où on s'interesse au mouvement de dislocations qu'es que l'on isole les dislocations ont une masse?

gatsu pourrais tu me preciser cela stp?

merci

[invite2c6a0bae]

Bonjour,

Si tu veux faire de la dynamique moléculaire, plutot que d'intégrer numériquement tes équations avec la méthode d'euler, tu peux regarder les algorithmes de Verlet ou de leapfrog. Ce n'est pas plus couteux en temps de calcul et c'est plus précis. (O(dt^4))

Tu peux regarder le cours de Pascal Viot disponible sur internet et facilement trouvable

[invite9c7554e3]

Bonjour,

Si tu veux faire de la dynamique moléculaire, plutot que d'intégrer numériquement tes équations avec la méthode d'euler, tu peux regarder les algorithmes de Verlet ou de leapfrog. Ce n'est pas plus couteux en temps de calcul et c'est plus précis. (O(dt^4))

Tu peux regarder le cours de Pascal Viot disponible sur internet et facilement trouvable

merci spip je vais voir se que je trouve.

mais il y a un truc que j'ai pas compris sur les equations du mouvement, pour les obtenir il faut isoler un systeme, si on s'interesse à des mouvements de dislocations qu'es ce qu'on isole?

[invite2c6a0bae]

ça dépend de ce que tu veux faire, et comme on ne le sait pas trop... c'est difficile de te répondre.

Tu veux regarder un milieu granulaire dense avec des contraintes extérieures ? (Mohr-Coulomb et cie ?)

Si tu as des problèmes avec un 'isolement', tu peux, à la place des conditions aux limites strictes, utiliser des CL périodiques.

Je pense qu'avant tout, tu devrais faire une recherche bibliographique sur le sujet précis qui t'intéresse et voir comment les gens font des simulations avec ça...

[invite9c7554e3]

ça dépend de ce que tu veux faire, et comme on ne le sait pas trop... c'est difficile de te répondre.

Tu veux regarder un milieu granulaire dense avec des contraintes extérieures ? (Mohr-Coulomb et cie ?)

Si tu as des problèmes avec un 'isolement', tu peux, à la place des conditions aux limites strictes, utiliser des CL périodiques.

Je pense qu'avant tout, tu devrais faire une recherche bibliographique sur le sujet précis qui t'intéresse et voir comment les gens font des simulations avec ça...

je voudrais pouvoir predire le deplacement de dislocations dans un metal pour en deduire la courbe de plasticité du metal...
je ne vois pas trop comment m'y prendre

[invitecf60e175]

dear all,
Please

how to calculate the melting point for silicon nano particle using LAMMPS SYSTEM

Regards