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Xénobiologie



  1. #1
    Liet Kynes

    Xénobiologie


    ------

    Bonjour

    la xéno-biologie est-elle une branche de la biophysique ?

    Biophysique telle que citée ici: https://www.researchgate.net/publica...la_biomedecine
    Xéno-biologie telle qu'approchée dans ce livre: https://books.google.fr/books?id=N6p...page&q&f=false

    Cette branche potentielle est-elle développée en synergie avec l'exobiologie?

    Cordialement.

    -----

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  3. #2
    Geb

    Re : Xénobiologie

    Bonjour,

    Question de préférence personnelle, mais en général, si tu veux que les gens participent, il faut être le plus explicite possible.

    Par exemple, dans le premier article, je n'ai pas vu de définition de la biophysique telle que tu souhaiterais l'envisager dans cette discussion. Ce qui s'en approche le plus dans cet article, c'est a priori ça (au 1er paragraphe) :

    Le biophysicien ambitionne aujourd’hui de pouvoir manipuler le vivant et reconstruire de toutes pièces un tissu fonctionnel à partir de cellules* individuelles. Dans cette perspective, il ne suffit pas de rassembler les différents éléments constitutifs du tissu, il faut encore les ordonner pour donner du sens à cet assemblage. Ainsi, si un tissu se caractérise par un (ou des) type(s) cellulaire(s)* spécifique(s), sa fonctionnalité dépend tout autant de son architecture interne, qui structure les interactions entre les cellules. L’enjeu principal est donc de parvenir à manipuler précisément celles-ci, afin de contrôler leur arrangement spatial en trois dimensions et recréer ainsi l’architecture complexe d’un tissu sain vivant.
    Donc, pour toi, dans le cadre de cette discussion, la biophysique, ça serait l'ambition de pouvoir manipuler le vivant et de reconstruire de toutes pièces un tissu fonctionnel à partir de cellules individuelles ?

    Ou peut-être est-ce plutôt la compréhension de l'interaction entre les types cellulaires spécifiques d'un tissu en fonction de l'architecture interne de celui-ci ?

    Si je me fourvoies complètement, ce qui est toujours possible et effectivement souvent le cas, ça ne fera que renforcer l'idée qu'il aurait fallu être plus explicite dans le message de départ.

    Le deuxième article présente bien une définition de la xénobiologie (quatrième de couverture) :

    La xénobiologie est l’étude des formes de vie créées par la biologie de synthèse.
    Cela dit, cette définition semble assez restrictive puisque, les formes de vie créées par la biologie de synthèse concerne des modifications mineures du vivant actuel. Or, ce que tu suggères avec cette discussion sur la xénobiologie, ce n'est probablement pas que nous discutions sur les OGM.

    Je dirais qu'en matière de xénobiologie, il y a deux manières de réfléchir :

    1) Faire une modification somme toute à la marge, en utilisant des analogues d'acides nucléiques, des acides aminés très différents des centaines qu'on trouve déjà dans le vivant actuel, etc. C'est un domaine très riche de la recherche (rien que pour les acides nucléiques, il y a des millions d'alternatives potentielles), mais dans une perspective d'organismes vivants ailleurs que sur la Terre, il faut bien reconnaître que ce qu'on pourrait en apprendre ne serait tout de même pas si différent de ce qu'on connaît déjà à propos des formes de vie sur notre planète. Dans ce cas, on a la certitude qu'on aura une réponse directe sur la viabilité des organismes alternatifs produits.

    2) On utilise une biochimie avec des atomes différents (silicium à la place du carbone, ammoniac à la place de l'eau, etc.). C'est un domaine ultra-spéculatif et contrairement à la première hypothèse de travail, on n'a absolument aucune preuve jusqu'à aujourd'hui que ça pourrait fonctionner, malgré l'intérêt profond de quelques rares chercheurs par rapport à cette question (comme Dirk Schulze-Makuch ; il est par exemple souvent cité dans ce topo). En outre, les atomes utilisés par la vie sont parmi les plus abondants dans l'Univers. Donc les alternatives à ces atomes là seront de toute façon des cas très particuliers.

    Cordialement.
    Dernière modification par Geb ; 14/06/2020 à 09h29.

  4. #3
    Liet Kynes

    Re : Xénobiologie

    Bonjour,


    Merci pour cette réponse éclairante et les liens.

    Le paragraphe que tu cites est bien celui qui me fait "raccrocher" la xénobiologie à la biophysique.

    J'ai plus l'idée d'une recherche des fonctionnalités permettant de définir une structure comme vivante et d'en tirer des formes structurelles possibles d'un point de vue physique.

    Le terme biologie selon l’étymologie donné par Wikipédia est "du grec bios « la vie » et logos, « discours »"

    En considérant la partie "discours" dans une approche descriptive et "inventoriante" des fonctionnalités, en réduisant au maximum celles ci pour rester dans ce que nous considérons comme vie (seuil de fonctionnalités que possède un organisme pour être considéré comme vivant), il serait alors possible de transposer ce phénomène vers d'autres formes structurelles, celle ci seraient possiblement transférables dans la limite de critères physiques (composition de l'organisme, nature du milieu).

    Par exemple, cet organisme crée , https://www.sciencemag.org/news/2016...ewer-500-genes , opération de réduction conservant la fonction de reproduction.

    Et donc dans ce que tu dis "On utilise une biochimie avec des atomes différents (silicium à la place du carbone, ammoniac à la place de l'eau, etc.). C'est un domaine ultra-spéculatif et contrairement à la première hypothèse de travail, on n'a absolument aucune preuve jusqu'à aujourd'hui que ça pourrait fonctionner, malgré l'intérêt profond de quelques rares chercheurs par rapport à cette question (comme Dirk Schulze-Makuch ; il est par exemple souvent cité dans ce topo). En outre, les atomes utilisés par la vie sont parmi les plus abondants dans l'Univers. Donc les alternatives à ces atomes là seront de toute façon des cas très particuliers." , je trouve une réponse à ma question, qui reste ouverte dans le sens ou je me demande si ces configuration alternatives seraient rendues possibles sous certaines conditions physiques?

    De cette interaction milieu-structure de l'organisme vivant, savoir si il est possible de trouver une limite conditionnelle exhaustive, au regard des connaissances actuelles, à la présence de vie et si cette limite est déjà fixée définitivement ou puisse être étendue par de nouvelles découvertes en physique?

    Le topo que tu as mis en lien, qui correspond donc bien à ma réflexion:

    "Pour rechercher la vie sur des planètes autres que la Terre, nous devons être prêts à reconnaître la vie telle que nous ne la connaissons pas. Nous ne pouvons pas exclure d'autres planètes simplement parce qu'elles ne sont pas comme notre monde. Un nombre infini de formes de vie peut avoir été façonné dans des environnements extraterrestres avec des caractéristiques fondamentalement différentes de celles trouvées sur Terre. Dans ce contexte, pour reconnaître la vie extraterrestre, nous devons apprendre à échapper à notre façon de penser anthropocentrique et centrée sur la Terre et à abandonner la croyance pré-copernicienne selon laquelle notre planète est le centre de l'univers biologique et toutes les formes de vie sont comme nous. "

    C'est intéressant et en même temps, dans ce passage "Ce dont nous avons vraiment besoin, c'est d'une théorie générale des systèmes vivants, analogue à la théorie des molécules qui permette de répondre sans ambiguïté à la question «qu'est-ce que l'eau?» (Chyba et Hand 2005). " se retrouve un peu ma question de départ: xénobiologie = théorie générale des systèmes vivants ?

  5. #4
    Geb

    Re : Xénobiologie

    Bonjour,

    Pour paraphraser la remarque de George Gaylord Simpson (1902-1984), l’exobiologie, dans son sens premier de "recherche d’organismes vivants ailleurs que sur la Terre", doit encore prouver l’existence du domaine qu’elle est censée étudier (Simpson, 1964).

    En outre, pour faire de cette ambition de trouver du vivant ailleurs un succès largement reconnu, il faudra éviter les faux positifs, que ce soit pour la détection de vie extraterrestre "locale" (Mars, Europe, Encelade, etc.), comme à l’époque des missions Viking, tout autant que pour la recherche de preuves spectroscopiques de la présence de vie sur des exoplanètes situées dans la zone d’habitabilité de leurs étoiles respectives. Il faut avoir conscience de nos capacités extrêmement limitées de détection.

    Là où je veux en venir, c’est qu’il est déjà extrêmement difficile de trouver une méthode fiable pour déterminer l’existence de formes de vie ailleurs que sur la Terre qui pourtant ressembleraient beaucoup (chimiquement) aux formes de vie terrestres. Du coup, je ne serais pas étonné si les scientifiques qui proposent des formes de vie potentiellement très différentes n’aient jamais évoqué de méthodes fiables pour détecter à distance ce type de "vivant" ailleurs.

    En ce qui concerne une théorie générale du vivant terrestre, il y a des tentatives très récentes chez les scientifiques qui s’intéressent aux origines de la vie sur la Terre. Il y a par exemple deux écoles de pensée que tout oppose au point de vue théorique, l’une dite "métabolisme d’abord" (Branscomb et al., 2017), l’autre dite "réplication d’abord" (Pascal et al., 2013).

    En beaucoup moins débattu (et là où les progrès sont les plus intéressants et les plus significatifs à mes yeux ces 30 dernières années), on a aussi une tentative de développement d’une "théorie générale du vivant", du vivant évidemment terrestre, chez ceux qui étudient l’embryogenèse d’une part (Karsenti, 2008) ainsi que les détails du fonctionnement des organites cellulaires chez les eucaryotes d’autre part (Misteli, 2001).

    Même si c’est intellectuellement très stimulant de se poser la question de savoir à quel point la vie extraterrestre pourrait être différente de la vie terrestre, l’ambition de base c’est d’avoir une théorie générale du vivant terrestre d’une part (ce qui n’est pas encore fait), et de répondre à la question : suis-je en mesure de détecter des formes de vie ressemblant à la vie terrestre sans ambiguité ?

    Et par rapport aux deux questions ci-dessus, elles deviennent extrêmement difficile si on remplace, dans la phrase ci-dessus, les mentions faisant peu ou proue référence à "la vie terrestre" par "une forme de vie alternative". La question : "Suis-je en mesure d’imaginer une méthode susceptible de détecter une vie alternative que je conçois et de la distinguer sans ambiguité de processus naturelles ?" n’est pratiquement jamais abordée dans la littérature scientifique parce qu’il est déjà extrêmement difficile de le faire avec la vie terrestre ou quasi-terrestre.

    Enfin, dans le monde actuel, il faut pouvoir convaincre les bailleurs de fonds de financer ton effort. Si on parvenait à imaginer une méthode de déctection d’une forme de vie alternative, étant donné que les formes de vie terrestre sont composés principalement de H, C, N et O, parmis les éléments les plus abondants dans l’Univers outre l’hélium et le néon (qui sont chimiquement inertes), alors la probabilité de réussir la détection non-ambigue de formes de vie quasi-équivalentes, au moins dans leur composition chimique, à celles qu’on trouve sur notre planète serait a priori toujours supérieure à la probabilité de détection de cette forme de vie alternative. Par conséquent, les éventuelles méthodes de détection de formes de vie alternatives (qu’on n'a toujours pas inventé à ma connaissance) seront plus difficile à financer.

    Donc, de mon point de vue très personnel, avec les informations très partielles que j’ai à l’esprit, deviser sur la possibilité d’organismes vivants très différents est certes très intéressant et stimulant d’un point de vue purement intellectuel, mais pour les principales raisons exprimées plus haut, cela s’apparente davantage à de la philosophie qu’à de la science.

    Cordialement.
    Dernière modification par Geb ; 15/06/2020 à 10h25.

  6. A voir en vidéo sur Futura
  7. #5
    Liet Kynes

    Re : Xénobiologie

    Bonjour GEB,

    Merci pour vos indications,les liens et vos réflexions,

    Après une lecture très rapide, trop brève des liens que vous me donnez ma vision de la question c'est enrichie énormément. Je me permet de vous livrer ce qui me passe par l’esprit en terme d'hypothèses:
    Vous m'apportez là une vision tout à fait nouvelle de ces problématiques, la question de l’énergie me semble être centrale, l'idée du maintien métabolique et la nécessité du transfert d'information peuvent peut-être se concevoir en terme de synergie, l'un ne va pas sans l'autre.. Je ne pensais pas trouver un champs de complexité aussi vaste et il est vrai que déjà se concentrer sur l'observable est une tâche titanesque et tenter d'observer des signes induits par l'activité de processus vivants multiplie encore la difficulté.

    Dans les réflexions:
    En terme de recherche, de financements, je me dis que l'informatique, la modélisation, les simulations, l'IA et le big data peuvent être des outils qui demain permettront d'explorer ses formes potentielles: il me semble que le fait de considérer que ce que nous connaissons de l'organisation des choses vivantes est probablement le schémas majoritaire en dehors de notre planète reste hypothétique, les conditions permettant le phénomène "vie" sur terre sont peut-être une combinaison de facteurs extrêmement rare ?

    Je vous répond bien trop rapidement, il me faut prendre le temps de la lecture approfondie de ce que vous m'avez fourni pour discuter plus sérieusement et encore creuser ce sujet.. et surtout ne pas l'abandonner à la philosophie.

  8. #6
    Geb

    Re : Xénobiologie

    Bonsoir,

    Citation Envoyé par Liet Kynes Voir le message
    Vous m'apportez là une vision tout à fait nouvelle de ces problématiques, la question de l’énergie me semble être centrale, l'idée du maintien métabolique et la nécessité du transfert d'information peuvent peut-être se concevoir en terme de synergie, l'un ne va pas sans l'autre..
    Dans le cadre des discussions scientifiques sur les origines de la vie sur la Terre, la question est plutôt comment ça a commencé, quelle a été la "force motrice" derrière l’apparition de la vie (d’où ces débats très intéressants sur le thème de la gestion des flux d’énergies et de matière à l’origine de la vie). Très souvent, dans les hypothèses métaboliques, il s’agit de processus géochimiques (comme la serpentinisation) et dans le cas des hypothèses réplicatives, il s’agit de processus faisant appel au rayonnement ultraviolets. Le fait que l’un n’aille pas sans l’autre chez les organismes modernes ne signifie pas que c’était ainsi à l’époque de l’apparition des premières formes de vie terrestres.

    Citation Envoyé par Liet Kynes Voir le message
    Je ne pensais pas trouver un champs de complexité aussi vaste et il est vrai que déjà se concentrer sur l'observable est une tâche titanesque et tenter d'observer des signes induits par l'activité de processus vivants multiplie encore la difficulté.
    C’est principalement mon propos. Je ne suis pas fermé aux hypothèses alternatives, mais le champ de recherche pour comprendre dans le détails la vie seulement terrestre, où à la rigueur, à base de carbone, est tellement vaste et les progrès sont tellement rapides, que j’ai fait le choix de me concentrer sur ces recherches plutôt que de consacrer du temps aux hypothèses alternatives qui sont, en comparaison, tellement difficile à discuter d’un point de vue purement scientifique.

    Citation Envoyé par Liet Kynes Voir le message
    En terme de recherche, de financements, je me dis que l'informatique, la modélisation, les simulations, l'IA et le big data peuvent être des outils qui demain permettront d'explorer ses formes potentielles
    Réussir des simulations informatiques ne prouvera pas l’existence effective de formes de vie alternatives. Il faudra des bases plus solides que cela pour que ça soit largement accepté il me semble.

    Citation Envoyé par Liet Kynes Voir le message
    […] il me semble que le fait de considérer que ce que nous connaissons de l'organisation des choses vivantes est probablement le schémas majoritaire en dehors de notre planète reste hypothétique, les conditions permettant le phénomène "vie" sur terre sont peut-être une combinaison de facteurs extrêmement rare ?
    L’hypothèse d’une origine de la vie à partir d’une combinaison de facteurs extrêmement rares est certes toujours valide, et des gens comme Monod et Crick l’on effectivement défendue, mais lorsque tu es un chercheur qui a décidé de consacrer une bonne partie de ta carrière au sujet des origines de la vie, ce n’est très souvent pas ce que tu penses.

    Citation Envoyé par Liet Kynes Voir le message
    Je vous répond bien trop rapidement, il me faut prendre le temps de la lecture approfondie de ce que vous m'avez fourni pour discuter plus sérieusement et encore creuser ce sujet.. et surtout ne pas l'abandonner à la philosophie.
    Je suis effectivement d’avis que c’est toujours plus intéressant de lire les papiers des chercheurs plutôt que de passer par de la vulgarisation (même si la vulgarisation est extrêmement utile comme introduction à un sujet dont on ne connaît rien).

    Mais au cas où tu préférerais la vidéo plutôt que l’écrit, je me permets de te signaler qu’il y a aussi des conférences qui présentent un certain intérêt à mes yeux :

    Approche "métabolisme d’abord" :

    - Eric Smith (63 min., 2007)
    - Michael Russell (60 min., 2013)

    Approche "réplication d’abord" :

    - Addy Pross : 1re partie (79 min., 2016)
    - Addy Pross : 2e partie (70 min., 2016)
    - Robert Pascal (92 min., 2014)

    Conférence sur les recherches sur les processus d’auto-organisation dans le vivant moderne :

    - Éric Karsenti (97 min., 2018)

    Cordialement.
    Dernière modification par Geb ; 16/06/2020 à 18h11.

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  10. #7
    Liet Kynes

    Re : Xénobiologie

    Bonjour,

    Les études écrites sont plus parlantes pour moi, non pas juste du fait que ma pratique de l'anglais parlé soit devenues quasi nulle dans ma vie d'aujourd'hui mais surtout par le fait qu'elles possèdent un caractère synthétique plus fort et donc disent plus vite ce qu'elles ont à dire.. je ne dispose que de peu de temps malheureusement.

    Je serai plus présent après lecture des études proposées, je vais écouter les vidéos en Français aussi, dans ces thèmes il y a eut des conférences-rencontres en exobiologie qui étaient mises en vidéos et étaient franchement passionnantes (les briques du vivants..)

    Dans mon esprit néophyte se pose dans cette relation "déterministe" entre une fonction d'un organisme vivant et les conditions physiques qui peuvent la permettre et en tache de fond cette idée de l'impossibilité de cyclicité d'un organisme vivant au sein d'un milieu absolument fermé, avec en plus la question de savoir si un milieu peut exister dans un état fermé du point de vue physique.

    Je suis dans un questionnement orienté aussi sur ces deux questions métabolisme et réplication à la nuance près d'une fonction supplémentaire qui est l'exploration, l'inter-action avec le milieu de l'organisme vivant.
    La recherche de ses composants de croissances, de son carburant implique que l'organisme se diversifie par sélection adaptative dans son expression phénotypique pour pouvoir se développer vers un milieu plus riche et en même temps ce faisant il reste limiter dans son exploration, son talonnement primitif, par ce que son milieu d'origine permet d’exprimer en fonction des lois de la physique.

    Je répond au post, histoire de développer et expliquer ce qui m'intrigue mais je n'affirme surtout rien.. je ne suis qu'un organisme qui tâtonne (je ne pourrais lire sérieusement que le week-end prochain ce qui m'a été donné).

    Cordialement, L,K

  11. #8
    Liet Kynes

    Re : Xénobiologie

    Bonjour,

    Je continue d'explorer ce sujet et effectivement la compréhension de ce que l'on a sous les yeux devrait suffire étant donné l’extraordinaire combinaison de facteurs entrant dans l'apparition, le développement et la diversification des organismes vivants, je suis toujours dans la conférence de Éric Karsenti et je vais de passer la partie sur les sources chaudes. Je ne suis pas surpris par l'idée développée de molécules capables de changer les propriétés de l'eau dans leur environnement immédiat et générer une zone isolée du reste, les conditions de pression de température et de chimie variables autour de ces sources chaudes doivent être complexes et leur état actuel n'est peut-être pas celui d'il y a quatre milliards d'années ni même la composition des océans.

    Les réflexions qui me viennent en visionnant ce reportage et que la vie (les organismes vivants) modifie et façonne son environnement (passage de 2 à 30% d'O2 puis équilibre à 20%).
    Ce qui s'est crée au départ serait peut-être un système moléculaire avec une propriété de maintien de sa structure par interaction adaptative avec son environnement puis une fois l'espace immédiat occupé par d'autres "molécules" des interactions entres elles pour aller vers plus de complexité? La contingence évoquée en début de la conférence?

    Le principe de la xénobiologie reste peut-être une voie pour expérimenter et approfondir différemment ces sujets: la seconde loi de la thermodynamique donnant peut-être une méthode pour envisager ces contingences?

    Je retourne voir la fin, chaque thème ouvert fait que cette conférence ne peut pas se regarder dans les 1H30 en la regardant avec un ordinateur: la tentation d'approfondir les thématiques évoquées est facilitée par le bouton pause et l'ouverture d'un nouvel onglet, voir une question dans le forum et là, c'est des jours d'exploration qui s'ouvrent

  12. #9
    Geb

    Re : Xénobiologie

    Bonsoir,

    Citation Envoyé par Liet Kynes Voir le message
    Je continue d'explorer ce sujet et effectivement la compréhension de ce que l'on a sous les yeux devrait suffire étant donné l’extraordinaire combinaison de facteurs entrant dans l'apparition, le développement et la diversification des organismes vivants, je suis toujours dans la conférence de Éric Karsenti et je vais de passer la partie sur les sources chaudes. Je ne suis pas surpris par l'idée développée de molécules capables de changer les propriétés de l'eau dans leur environnement immédiat et générer une zone isolée du reste, les conditions de pression de température et de chimie variables autour de ces sources chaudes doivent être complexes et leur état actuel n'est peut-être pas celui d'il y a quatre milliards d'années ni même la composition des océans.
    Citation Envoyé par Liet Kynes Voir le message
    Ce qui s'est crée au départ serait peut-être un système moléculaire avec une propriété de maintien de sa structure par interaction adaptative avec son environnement puis une fois l'espace immédiat occupé par d'autres "molécules" des interactions entres elles pour aller vers plus de complexité? La contingence évoquée en début de la conférence?
    Je tiens à préciser quelque chose. Éric Karsenti n'est pas spécialiste des origines de la vie. D'ailleurs, il passe à peine plus de 3 minutes de sa conférence de 2018 sur ce sujet. En outre, ce qu'il en dit est assez vague et plutôt floue pour moi (en particulier parce qu'il ne cite aucune source). C'est d'ailleurs très étonnant que de nombreuses questions lui sont posées au sujet des origines de la vie à la fin de sa conférence, alors qu'il n'a fait que l'effleurer pendant sa conférence.

    En revanche, il est un expert mondialement reconnu du fuseau mitotique et en particulier, de l'auto-assemblage des microtubules durant cette phase du cycle cellulaire.

    Je suis personnellement convaincu que les recherches foisonnantes sur l'auto-organisation du vivant grâce aux techniques d'observation in vivo ont beaucoup à apprendre aux chercheurs qui s'intéressent de près à la question des origines de la vie. Et à ma connaissance, l'auto-assemblage des microtubules et, d'ailleurs, toute la phase du fuseau mitotique est le mieux étudié de ces phénomènes fascinants faisant intervenir l'auto-organisation dans le vivant. C'est à ce titre que je m'y intéresse de près.

    Selon moi, l'établissement d'une liste plus ou moins exhaustive, conditions physico-chimiques préalables, nécessaires et suffisantes, pour initier et maintenir les phénomènes d'auto-organisation en biologie, ou en tout cas une bien meilleure compréhension de ces conditions, est un champ de recherche absolument fondamental pour réussir à comprendre la nature profonde de ce qu'est un organisme vivant.

    Même si je n'étais pas obsédé par la question des origines de la première population d'organismes vivants sur la Terre, je crois que serais toujours aussi fasciné de lire ce que l'on est capable d'apprendre aujourd'hui, avec les techniques de pointe, sur les processus d'auto-organisation du vivant.

    Citation Envoyé par Liet Kynes Voir le message
    Je retourne voir la fin, chaque thème ouvert fait que cette conférence ne peut pas se regarder dans les 1H30 en la regardant avec un ordinateur: la tentation d'approfondir les thématiques évoquées est facilitée par le bouton pause et l'ouverture d'un nouvel onglet, voir une question dans le forum et là, c'est des jours d'exploration qui s'ouvrent
    Il est vrai que la conférence d'Eric Karsenti brasse des sujets très différents, ce qui l'oblige sans doute à être moins précis, par manque de temps, sur des sujets pointus comme celui de l'auto-organisation du vivant. Aussi, cela le rend peut-être difficile à suivre par moment. Mais comme moi, tu sembles y déceler des propos intéressants, même si manifestement, nous ne partageons pas le même intérêt pour tous les sujets abordés.

    Cordialement.
    Dernière modification par Geb ; 30/06/2020 à 22h36.

  13. #10
    Liet Kynes

    Re : Xénobiologie

    Citation Envoyé par Geb Voir le message

    Je suis personnellement convaincu que les recherches foisonnantes sur l'auto-organisation du vivant grâce aux techniques d'observation in vivo ont beaucoup à apprendre aux chercheurs qui s'intéressent de près à la question des origines de la vie. Et à ma connaissance, l'auto-assemblage des microtubules et, d'ailleurs, toute la phase du fuseau mitotique est le mieux étudié de ces phénomènes fascinants faisant intervenir l'auto-organisation dans le vivant. C'est à ce titre que je m'y intéresse de près.

    Selon moi, l'établissement d'une liste plus ou moins exhaustive, conditions physico-chimiques préalables, nécessaires et suffisantes, pour initier et maintenir les phénomènes d'auto-organisation en biologie, ou en tout cas une bien meilleure compréhension de ces conditions, est un champ de recherche absolument fondamental pour réussir à comprendre la nature profonde de ce qu'est un organisme vivant.

    Même si je n'étais pas obsédé par la question des origines de la première population d'organismes vivants sur la Terre, je crois que serais toujours aussi fasciné de lire ce que l'on est capable d'apprendre aujourd'hui, avec les techniques de pointe, sur les processus d'auto-organisation du vivant.
    Bonjour,

    Un petit message rapide avant de partie travailler..

    Dans le cycle de reproduction, il y a des moments importants, des changements d'état significatif, (irréversibles ?), avec un processus causale: du coup je part avec des questions: quelle condition physico-chimique est l'élément déclencheur dans la division cellulaire? Est-ce une contingence de facteurs ?

    Clairement il y a un côté fascinant dans cette orchestration du vivant..

  14. #11
    Deedee81
    Modérateur

    Re : Xénobiologie

    Salut,

    Tiens, cette question m'a intrigué, j'ai fait quelques recherches pour voir ce qui déclenchait la prophase (première étape de la mitose cellulaire).
    Ca m'a l'air vachement complexe (donc multifactoriel).
    Voir par exemple :
    https://planet-vie.ens.fr/thematique...cle-cellulaire
    (point 1.2)
    http://www.ipubli.inserm.fr/bitstrea...03_03_299.html
    Keep it simple stupid

  15. #12
    Liet Kynes

    Re : Xénobiologie

    Citation Envoyé par Deedee81 Voir le message
    Salut,

    Tiens, cette question m'a intrigué, j'ai fait quelques recherches pour voir ce qui déclenchait la prophase (première étape de la mitose cellulaire).
    Ca m'a l'air vachement complexe (donc multifactoriel).
    Voir par exemple :
    https://planet-vie.ens.fr/thematique...cle-cellulaire
    (point 1.2)
    http://www.ipubli.inserm.fr/bitstrea...03_03_299.html
    A l'heure de rentrer du boulot j'en étais aussi dans ces idées de cycles et dans l'idée d'un temps, un moment de stabilité significatif (mesurable): je ne le pense pas possible et surtout ce qui est intriguant dans notre univers évolutif, c'est la persistance de ce cycle à travers une adaptation qui me semble de nature néguentropique et stabilisante. Une force pourtant placée dans un contexte plus qu’aléatoire... les mots que l'on donne pour distinguer avec significativité ces étapes n'étant pas forcement une réalité immuable. Tout cela rentre dans mes réflexions du moment, souvent de nature philo, n'hésitez pas à ouvrir mes yeux.

  16. Publicité
  17. #13
    Deedee81
    Modérateur

    Re : Xénobiologie

    Salut,

    Citation Envoyé par Liet Kynes Voir le message
    A l'heure de rentrer du boulot j'en étais aussi dans ces idées de cycles et dans l'idée d'un temps, un moment de stabilité significatif (mesurable): je ne le pense pas possible et surtout ce qui est intriguant dans notre univers évolutif, c'est la persistance de ce cycle à travers une adaptation qui me semble de nature néguentropique et stabilisante. Une force pourtant placée dans un contexte plus qu’aléatoire... les mots que l'on donne pour distinguer avec significativité ces étapes n'étant pas forcement une réalité immuable. Tout cela rentre dans mes réflexions du moment, souvent de nature philo, n'hésitez pas à ouvrir mes yeux.
    J'ai envoyé ta candidature chez Sokal
    Keep it simple stupid

  18. #14
    Liet Kynes

    Re : Xénobiologie

    Citation Envoyé par Deedee81 Voir le message
    Salut,



    J'ai envoyé ta candidature chez Sokal
    Marchera pas, on a plus ce temps de la plaisanterie créatrice de nos jours..
    Pourquoi une cellule se divise, toutes les conditions réunies impliquent ce processus ? Quelle synchronicité de ces conditions dans ce cas, quelle plage de contingence?
    La physique doit pouvoir décrire cela, la biologie fonctionnelle l'expliquer peut-être?

  19. #15
    Geb

    Re : Xénobiologie

    Citation Envoyé par Liet Kynes Voir le message
    Une force pourtant placée dans un contexte plus qu’aléatoire... les mots que l'on donne pour distinguer avec significativité ces étapes n'étant pas forcement une réalité immuable.
    Je ne sais pas exactement ce que tu as voulu dire par "un contexte plus qu'aléatoire", mais pour te donner une idée contre-intuitive, dans le contexte cellulaire, j'aime beaucoup l'expression de : "un frein pour avancer" d'Astumian.

    Cordialement.

  20. #16
    Liet Kynes

    Re : Xénobiologie

    Citation Envoyé par Geb Voir le message
    Je ne sais pas exactement ce que tu as voulu dire par "un contexte plus qu'aléatoire", mais pour te donner une idée contre-intuitive, dans le contexte cellulaire, j'aime beaucoup l'expression de : "un frein pour avancer" d'Astumian.

    Cordialement.
    Bonjour, c'est cela , c'est quand même extraordinaire la mécanique du vivant ! je me garde l'article pour demain matin (j'ai l’abonnement) .. La question que je me pose est dans le déplacement de la brique mais la lecture approfondie me permettra surement de bien formuler.. je rentre encore du boulot mais je suis en vacances.. je vais pouvoir un peu travailler

  21. #17
    Liet Kynes

    Re : Xénobiologie

    Bonjour,

    J'ai lu l'article, je ne comprends pas tout mais pense saisir l'idée (ce qui n'est pas idéal). Cela se présente comme cela dans mon esprit: le mouvement brownien est exploité par des mécanismes à cliquet qui permettent une succession d'étapes irréversibles. Il y a nécessité de niveau d’énergie différents pour permettre le fonctionnement, la partie quantique est difficile à comprendre.
    L'ensemble me fait penser à un automate. L'architecture de l'ADN en double hélice me parait être en lien avec tout cela mais c'est intuitif..
    Le côté mécanique très complexe me donne l'idée des limites plus qu'étroites de ma question initiale, les lois de la physique ne me semble permettre qu'un jeu très étroit pour conduire à un organisme vivant.
    Je me rend compte du travail de recherche accompli et c'est absolument passionnant. Une grosse partie des découvertes a été réalisée après que j'ai quitté l'école et pendant un temps de mon existence ou je n'ai pas eu la disponibilité de suivre ces progrès.. j'ai l'impression d'avoir voyagé dans le temps du coup

    Merci de me guider de cette façon structurante, vous m'offrez la vue et les paysages grandioses !