Bonjour, je suis en train de decouvrir la programmation de macro pour excel et j'aurais besoin de definir des variables contenant des chaines de 100 000 à 250 000 caracteres. Malheureusement, le type String semble limité à 65000. Il semble qu'il existe un moyen de definir des chaines de caracteres beaucoup plus longues mais je ne sais pas comment faire. Quelqu'un aurait-il une idée ?
C'est pour faire quoi exactement ? Si c'est pour pouvoir faire des opérations classiques sur les chaînes, je n'ai jamais entendu parler. Si c'est pour stocker des données pas forcément numériques, tu as le tableau et la sauvegarde en accès direct. Mais attention : bonjour la lenteur.
Je veux effectuer des opérations classiques dessus. Mes chaines correspondent à des gènes qui peuvent faire plusieurs centaines de milliers de nucléotides en comptant les introns et les opérations classiques en biologie (restriction,ligation, complementaire inverse, recombinaison, ....) correspondent à des opérations assez simples sur les chaines. Le seul probleme, c'est qu'il faut que je fasse tenir ces gènes dans une seule variable sinon mon code risque de ressembler rapidement à une usine à gaz.
Bonjour,
C'est du gros gâchi si n'a que 4 nucleotides possibles, alors qu'un caractere=1 octet permet 256 symboles differents.Envoyé par Svenn
Tu pourrais regrouper les bits par 2, par exemple A=00, C=01, G=10, T=11
Ca permetrait de diviser la taille de la chaine par 4.
65000*4=260000 nucleotides.
Sinon, le plus simple en gachant un peu mais sans trop de programmation serait d'utiliser un tableau dynamique de byte (byte=octet=8bit)
Dim ADN() as Byte
La limite d'occupation en mémoire d'un array est d'environ 2Go il me semble, donc il y a de la marge.
Pour une "chaine" de 500000 nucleotide ça fait une occupation de 500Ko, ce qui reste raisonable.
Si il y a plusieurs "chaines" de nucleotides, il est bien entendu possible de les gérer avec un tableau non dynamique à 2 dimensions.
Par exemple pour un tableau de 10 chaines de 500000 nucleotides ça donne :
Dim ADNComplet(10, 500000) as Byte
On pourrait penser utiliser un tableau de bit à la place d'un tableau de byte, mais je craint de mémoire que VBA ne stoque pas un bit, mais utilise un byte complet pour un seul bit.
Donc niveau optimisation mémoire, ce ne serait pas meilleur.
Quelques exemples ici:
http://didier-gonard.developpez.com/...s-tableau-vba/
En passant par un tableau de Byte, ça devrait effectivement résoudre le problème. Ca occupe certes plus de mémoire que de compresser le génome mais ça offre beaucoup plus de souplesse et dans mon cas, c'est le meilleur choix !
Je viens de découvrir qu'on pouvait stocker des chaînes de caractères dans des variables de type Variant. J'ai effectué sous VB 6.0 la recherche d'une sous-chaîne de 15 caractères dans une chaîne de 500.000 caractères à l'aide de la fonction Instr(), aucun problème. Donc c'est une alternative qui peut être intéressante.
