[MATLAB] Programme de traitement et de visualisation de .TIF

[invite0ad9d3b8]

Bonsoir,

Je travaille actuellement à l'analyse de données expérimentales en imagerie optique. Les données brutes sont des fichiers .TIF multi frames, le "film" de l'enregistrement. J'essaie de réaliser sous Matlab un programme permettant d'afficher les frames intéressants. Par exemple, pour plusieurs fichiers de taille identique, je veux sélectionner une séquence de frames et les afficher à la suite sur une ligne, avec une ligne pour chaque fichier dans le même plot, pour pouvoir comparer visuellement ces fichier. Mon programme est grossièrement constitué d'une fonction qui génère une interface graphique pour controler différents parametres et charger les fichier à traiter. Sur cette interface, après avoir choisi tous les paramètres, il y a un bouton pour lancer la deuxieme fonction, qui plotte les fichiers selon ces parametres.

Le premier problème : le plot sort toujours vide avec le bouton de lancement, alors que si je lance le contenu de la fonction à part depuis mon éditeur, il est bon. Je ne vois pas pourquoi. J'ai peut-être mal appelé ma fonction, c'est mon premier programme avec Matlab et je n'ai pas encore d'automatismes...

Quelqu'un aurait une idée ?

L'architecture globale :
La fonction file_select est appelée dans ui_interface, elle permet de stocker le chemin des fichiers voulus dans une liste
time_windows ouvre une boite de dialogue pour choisir la fenetre temporelle interessant que l'on veut voir plotée
index_list_gen génère la liste des index des frames correspondant à la fenetre temporelle. Cette liste dépend de certains parametres d'acquisition choisis dans l'interface.
La fonction frm_plot genere la figure, elle a besoin de la liste des fichiers et des indices

function ui_interface(h,eventdata)


function file_select(h,eventdata)


function time_windows(h,eventdata)


function index_list_gen(h,eventdata)


function frm_plot(h,eventdata)

La portion de la fonction pour l'interface qui appelle la fonction pour le plot et la fonction pour le plot :

%LAUNCH
uicontrol('Style', 'pushbutton', 'String', 'LAUNCH',...
    'Position', [10 100 200 50],...
    'Callback', @frm_plot);

%%%%%%%%%%%%%%%%%%

function frm_plot(h,eventdata)
global file_list index_list 
pos=0;
figure
for j = 1:length(file_list)
    for i = 1:length(index_list)
        pos=pos+1;
        subplot(size(file_list,1),length(index_list),pos)
        imagesc(imread(file_list{j,:},index_list(i)))
    end
end

Le code entier :

 Cliquez pour afficher

function ui_interface(h,eventdata)

global select_frq select_steps
clc
fig_interface=figure (100);
set(fig_interface,'Color','w','Name','VISUALISATION TIFF IO','Position',[9 49 996 642]);

%FILE SELECTION
uicontrol('Style', 'pushbutton', 'String', 'Select files...',...
    'Position', [10 500 200 50],...
    'Callback', @file_select);
%TIME WINDOWS
uicontrol('Style', 'pushbutton', 'String', 'Define time windows',...
    'Position', [10 400 200 50],...
    'Callback', @time_windows);
%STEPS
select_steps = uicontrol('Style', 'popup',...
    'String', '1|2|3|4',...
    'Position', [30 320 100 20 ],'BackgroundColor','w');
select_steps_text = uicontrol('Style', 'text',...
    'String', 'Select STEPS',...
    'Position', [30 340 100 20],'BackgroundColor','w');

%FREQUENCY
select_frq = uicontrol('Style', 'popup',...
    'String', '3 ms|4 ms|6 ms',...
    'Position', [30 250 100 20 ],'BackgroundColor','w');
select_frq_text = uicontrol('Style', 'text',...
    'String', 'Select ACQUISITION FREQUENCY',...
    'Position', [20 270 120 30],'BackgroundColor','w');

%INDEX LIST GENERATION
uicontrol('Style', 'pushbutton', 'String', 'GENERATE',...
    'Position', [150 280 100 40],...
    'Callback', @index_list_gen);

%LAUNCH
uicontrol('Style', 'pushbutton', 'String', 'LAUNCH',...
    'Position', [10 100 200 50],...
    'Callback', @frm_plot);

function file_select(h,eventdata)
global file_list
clear file_list
continue_file_selection=1;
file_id=0;
while continue_file_selection==1
    
    dirname=uigetdir;
    d_dir = dir ([dirname '\*']);
    
    str_dir = {d_dir.name};
    
    [selectionfile_dir_new,v] = listdlg('PromptString','Select a file:',...
        'SelectionMode','multiple',...
        'ListString',str_dir,'ListSize',[400 400]);
    
    for i=1:length(selectionfile_dir_new)
        file_id=file_id+1;
        file_list{file_id,:}=[dirname '\' str_dir{selectionfile_dir_new(i)}];
    end
    
    Button_continue_selection=questdlg('Continue to select file ?','','Yes','No','Yes');
    switch Button_continue_selection
        case 'Yes'
            
        case 'No'
            continue_file_selection=0;
    end
    uicontrol('Style','text',...
        'Position',[350 500 300 100],...
        'String',file_list)
    
end

function time_windows(h,eventdata)
global start stop 
prompt = {'START','END'};
dlg_title = 'Input for time windows';
num_lines = 1;
def = {'120','150'};
answer = inputdlg(prompt,dlg_title,num_lines,def);
start = str2num(answer{1});
stop = str2num(answer{2});
uicontrol('Style','text',...
    'Position',[350 400 80 50],...
    'String',['START=' num2str(start) 'ms' ' END = ' num2str(stop) 'ms' ])

function index_list_gen(h,eventdata)
global start stop frq steps select_frq select_steps index_list
clear index_list
frq_sel = get(select_frq,'Value');
switch frq_sel
    case 1
        frq=3;
    case 2
        frq=4;
    case 3
        frq=6;
end

steps_sel = get(select_steps,'Value');
switch steps_sel
    case 1
        steps=1;
    case 2
        steps=2;
    case 3
        steps=3;
    case 4
        steps=4;
end


index_list=[start/frq:steps:stop/frq];
uicontrol('Style','text',...
        'Position',[350 300 200 90],...
        'String',num2str(index_list))

function frm_plot(h,eventdata)
global file_list index_list 
pos=0;
figure
for j = 1:length(file_list)
    for i = 1:length(index_list)
        pos=pos+1;
        subplot(size(file_list,1),length(index_list),pos)
        imagesc(imread(file_list{j,:},index_list(i)))
    end
end

Je m'arrache les cheveux depuis un moment...
Merci à celui ou celle qui a lu jusque là, et merci de votre aide
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[invite0ad9d3b8]

J'ai fini par trouver, pour une raison obscure les listes de fichiers et d'indices etaient vides au moment de plotter. Maintenant j'aimerais que mes images plottées soient toutes carrées. Elles se redimensionnent automatiquement pour occuper l'espace de manière optimale. Je voudrais garder cette largeur optimale mais que la hauteur y soit égale. une idée ?