Aide fortran

invite5420aad7 · 10/07/2012, 09h31

Bonjour,
je programme actuellement en fortran et en c je dois comparer les deux langages.
Je ne suis malheureusement pas une experte en fortran y a encore des choses qui m'échapper.

Premier petit soucis :
-> je dois récupérer des paramètres entiers passer dans ligne de commande (monprog.f90 100 100) pour définir par exemple les dimensions d'une matrice. J'ai fais des recherche et la seule chose que j'ai toruvé c'est la fonction getarg(entier,char) le problème c'est qu'elle renvoie des arguments de type "string", je ne vois pas comment contourner le problème.

Deuxième gros soucis :
-> j'ai fais dans mon programme deux fonction qui prennent en parametres des matrices et je voudrais qu'elle puisse prendre aussi bien des matrices d'entiers que des matrices de réels. ex mafonction(T** A) T pouvant etre entier ou reel. J'ai beau chercher sur internet je vois rien du tout.

Merci.

invitee840409b · 11/07/2012, 15h03

Bonjour,

Je n'ai jamais fait de Fortran, mais cette page semble instructive, et elle est accompagnée d'un exemple : http://gcc.gnu.org/onlinedocs/gfortran/GETARG.html

Valentin

invite5420aad7 · 13/07/2012, 10h26

Bonjour,
Sur le site ils ont écrit ceci :
Syntax:
CALL GETARG(POS, VALUE)
"POS Shall be of type INTEGER and not wider than the default integer kind; POS \geq 0
VALUE Shall be of type CHARACTER and of default kind. "
et justement c'est tout le probleme c'est que value est du type CHARACTERE et que moi je voudras pouvoir récuperer un entier. POS donne le nombre d'arguments. Maisl'arrgument est du type CHARACTERE.
Est-ce que quelqu'un aurait une solution, aurait déjà rencontré ce problème?
Bien coridalement

invite5420aad7 · 13/07/2012, 10h39

Sinon j'ai avec un script (en bash) rempli un fichier.txt qui contenait les dimensions des matrice il est de la forme :
10 10 carree
20 20 carree
30 30 carree
...
Donc les deux premiers entiers sont les dimensions de ma matrice.
dans le programme fortran j'essaie de lire les donnes je vous donne ci-dessous le bout du code qui correspond :

!LECTURE DES CARACTERISTIQUE DE LA MATRICE DAN SLE FICHIER TST.TXT

OPEN (UNIT=13,FILE="test.txt",FORM="FORMATTED",ACTION="READ",STATUS="OLD")
READ(13)DIM1,DIM2,FORME

avec dim1 et dim2 declarer en INTEGER et forme en CHARACTERE*15,
Ca compile sans erreur mais au moment d'executer ca me renvoie le message d'erreur suivant :
At line 24 of file prog_princ.f90 (unit = 13, file = 'test.txt')
Fortran runtime error: Missing format for FORMATTED data transfer

quelqu'un aurait uen solution pour ce problème ?

A voir en vidéo sur Futura · Aujourd'hui

**Calvert** · 13/07/2012, 10h42

Oui, ajouter le format qu'il demande !
Si ta ligne est simple, tu peux essayer un simple

Code:

read(13,*)

Si ça ne fonctionne pas bien, il faut détailler:

Code:

read(13,'(i2,1x,i2,1x,a15)')

invite5420aad7 · 13/07/2012, 11h35

Envoyé par Calvert

Oui, ajouter le format qu'il demande !
Si ta ligne est simple, tu peux essayer un simple

Code:

read(13,*)

Si ça ne fonctionne pas bien, il faut détailler:

Code:

read(13,'(i2,1x,i2,1x,a15)')

Bonjour merci,

effectivement c'est ce que j'ai fini par faire :

!LECTURE DES CARACTERISTIQUE DE LA MATRICE DANS LE FICHIER TEST.TXT
OPEN (UNIT=13,FILE="test.txt",FORM= "FORMATTED",STATUS="UNKNOW N")
READ(13,45)DIM1,DIM2,FORME
45 FORMAT(I3,I3,A15)

toujours pas de problème a la compilation,
maintenant à l'execution j'ai une erreur de segmentation j'imagine que c'est du au fait que je ne parcours pas toutes les lignes de mon fichier.
10 10 carree
20 20 carree
...

L'algo serait :
1-> lit la ligne 1 du fichier et affecte la valeur 10 a dim1, la valeur 10 a dim2 et la valeur carre a forme
2-> ensuite allouer une matrice 10 10
3-> ecrire dans un fichier les dimensions de la matrice plus la forme et le temps d'execution d'une fonction
4-> lit la ligne 2 du fichier et affecte la valeur 20 a dim1, la valeur 20 a dim2 et la valeur carre a forme
5-> ensuite allouer une matrice 20 20
6-> ecrire dans un fichier les dimensions de la matrice plus la forme et le temps d'execution d'une fonction
...

indépendamment de 1->, 2-> jusqu'à 3-> marchent bien (mais dans ce cas je defini directement dim1,dim2 et forme ds le programme)
en gros mon probleme c'est de faire une boucle de lecture

Cordialement

**Calvert** · 13/07/2012, 13h25

Pour le moment, je ne vois pas de boucles. A priori, tu vas lire seulement la première ligne de ton fichier.
Première chose : si tu affiches dim1, dim2 et forme juste après leur lecture, est-ce que cela fonctionne ?

invite5420aad7 · 13/07/2012, 13h46

Envoyé par Calvert

Pour le moment, je ne vois pas de boucles. A priori, tu vas lire seulement la première ligne de ton fichier.
Première chose : si tu affiches dim1, dim2 et forme juste après leur lecture, est-ce que cela fonctionne ?

Voila ce qu'il maffiche :
10 10carree

toujours avec le format 45 : WRITE(*,45)DIM1,DIM2,FORME
ensuite il me met erreur segmentation;
j'imagine que ca vient du fait que 10 et carree sont collee a la fin je ne sais pas pourquoi c'est bizzare.
Pourtant mon texte est bien de la forme : (c'est bien un copier/coller)
10 10 carree
20 20 carree
30 30 carree
40 40 carree
et dans mon script j'utilise la commande : echo -e "$k $k carree" >> test.txt

invite5420aad7 · 13/07/2012, 13h52

Quand je lui dit de m'afficher un a un DIM1, DIM et FORME, il m'affiche bien les bonnes valeurs, mais juste après il me met erreur de segmentation je sais pas pourquoi

invite5420aad7 · 13/07/2012, 13h57

Je pense que le mieux c'est que je vous montre mon code :

Code:

PROGRAM PROG_PRINC

!

IMPLICIT NONE

!DECLARATION DES PARAMETRES

 ! LA TAILLE DES MATRICE EST PRECISE DANS UN FICHIER TEXTE (TEST.TXT)

 INTEGER :: DIM1

 INTEGER :: DIM2

 INTEGER :: I,J

 INTEGER :: K

 

 CHARACTER*15 :: FORME

 

 !POUR LE STOCKAGE CLASSIQUE DE MATRICE CREUSE

 INTEGER,DIMENSION(:),ALLOCATABLE :: VALUES !TABLEAU DE VALEURS

 INTEGER,DIMENSION(:,:),ALLOCATABLE :: INDICES

 !POUR LA MATRICE PLEINE 

 INTEGER,DIMENSION(:),ALLOCATABLE :: U

 INTEGER, DIMENSION (:,:), ALLOCATABLE :: A

 INTEGER :: IERR



!DO WHILE (OK == 0) !BOUCLE POUR 

! !LECTURE DES CARACTERISTIQUES DE LA MATRICE DANS LE FICHIER TEST.TXT

  OPEN (UNIT=13,FILE="test.txt",FORM="FORMATTED",STATUS="UNKNOWN")

  READ(13,45)DIM1,DIM2,FORME

  WRITE(*,45)DIM1,DIM2,FORME

45 FORMAT(I3,I3,A15)

  

 

 !ALLOCATION DYNAMIQUE DE LA MEMOIRE ALLOCATE (A(DIM1,DIM2),STAT=IERR)

 ALLOCATE (U(DIM2))

 ALLOCATE (INDICES(DIM1,2),STAT=IERR)

 ALLOCATE(VALUES(DIM1))

 IF(IERR.NE.0) STOP 'ERREUR!'

 

 ! PRENONS A LA MATRICE UNITE POUR A ET VALUES

 DO I=1,DIM1

   DO J=1,DIM2

      A(I,J)=0

      U(J)=j;

   END DO

   INDICES(I,1)=I

   INDICES(I,2)=I

   VALUES(I)=1

   A(I,I)=1;

 END DO



 

!!!AFFICHONS LA MATRICE I        

! DO I=1,DIM1

!   WRITE(*,*) (INDICES(I,J),J=1,2)

! END DO

   

 !APPEL DES SUBROUTINES  

 CALL GEMV(A,U,DIM1,DIM2,FORME)

! CALL SPMV_CLASSIQUE(INDICES,VALUES,U,DIM1)

! CALL SPMV(A,U,DIM1)



 !----------------------ESPACE SUBROUTINES

 CONTAINS

  

  !SUBROUTINES MATRICE DENSE

  SUBROUTINE GEMV(A,U,DIM1,DIM2,FORME)

    !DECLARATIONS PARAMETRES

    REAL :: T1,T2,TEMPS_MOY=0.0

    INTEGER, INTENT (IN) :: DIM1,DIM2

    CHARACTER*15, INTENT (IN) :: FORME

    INTEGER :: I,K,COMPTEUR=0,F_COMPTEUR=100

    INTEGER,DIMENSION(:), INTENT (IN) :: U

    INTEGER, DIMENSION (:,:), INTENT (IN) :: A

    INTEGER,DIMENSION(:),ALLOCATABLE :: V

    INTEGER :: IERR

    ALLOCATE (V(DIM1))

    IF(IERR.NE.0) STOP 'ERREUR!'



    !CALCUL PRODUIT

    DO COMPTEUR=1,F_COMPTEUR

     !TOP CHRONO

    CALL CPU_TIME(T1)

    

    DO I=1,DIM1

      V(I)=0

    END DO



    DO I=1,DIM1

     DO K=1,DIM2

       V(I)=V(I)+A(I,K)*U(K)

     END DO

    END DO

    !STOP CHRONO

   CALL CPU_TIME(T2)

   TEMPS_MOY=T2 -T1+TEMPS_MOY

   END DO

   TEMPS_MOY=TEMPS_MOY/F_COMPTEUR

   WRITE (6,*) 'TEMPS TOTAL POUR GEMV= ',TEMPS_MOY

   

   ! ECRITURE DES RESULTATS DANS UN FICHIER (ECRITURE SEULE)

   OPEN(12,FILE='Dense_F.csv',FORM='FORMATTED',ACTION="WRITE",POSITION="APPEND")

   WRITE(12,'(I3,A3,I3,A3,F8.8)') DIM1,';',DIM2,';',TEMPS_MOY

   

   !FERMETURE DU FICHIER

   CLOSE(12)

   

  END SUBROUTINE GEMV

  

  

  !SUBROUTINES MATRICE CREUSE CLASSIQUE

  SUBROUTINE SPMV(INDICES,VALUES,U,DIM1)

    !DECLARATIONS PARAMETRES

    REAL :: T1,T2,TEMPS_MOY=0.0

    INTEGER :: I,K,DIM1,COMPTEUR=0,F_COMPTEUR=100

    INTEGER,DIMENSION(:), INTENT (IN) :: VALUES

    INTEGER,DIMENSION(:), INTENT (IN) :: U

    INTEGER, DIMENSION (:,:), INTENT (IN) :: INDICES

    INTEGER,DIMENSION(:),ALLOCATABLE :: V

    INTEGER :: IERR

    ALLOCATE (V(DIM2))

    IF(IERR.NE.0) STOP 'ERREUR!'



    !CALCUL PRODUIT

    DO COMPTEUR=1,F_COMPTEUR

    !TOP CHRONO

    CALL CPU_TIME(T1)

    DO I=1,DIM1

      V(I)=0

    END DO

    DO I=1,DIM1

     V(INDICES(I,1))=V(INDICES(I,1))+VALUES(I)*U(INDICES(I,2))

!     WRITE (6,*) V(I)

    END DO

    

   !STOP CHRONO 

   CALL CPU_TIME(T2)

   TEMPS_MOY=T2 -T1+TEMPS_MOY

   END DO

   TEMPS_MOY=TEMPS_MOY/F_COMPTEUR

   WRITE (6,*) 'TEMPS TOTAL POUR SPMV_CLASSIQUE= ',TEMPS_MOY

  

    !ECRITURE DES RESULTATS DANS UN FICHIER (ECRITURE SEULE)

   OPEN(11,FILE='Creuse_F.csv',FORM='FORMATTED',ACTION="WRITE",POSITION="APPEND")

   WRITE(11,'(I3,A3,F8.5)') DIM1,';',TEMPS_MOY

   !FERMETURE DU FICHIER

   CLOSE(11)

   

  END SUBROUTINE SPMV



  

END PROGRAM PROG_PRINC

**Calvert** · 13/07/2012, 14h07

Re !

Il faut chercher dans ton code à quel endroit il fait l'erreur de segmentation. Fais-lui écrire des choses à l'écran de temps en temps, et essaye de déterminer exactement à quelle ligne il plante. Ce n'est pas la lecture, qui se fait correctement. Les segmentation fault sont souvent liée à une mauvaise allocation de mémoire, ou à des manipulations des tableaux avec des indices hors des limites du tableau.

invite5420aad7 · 13/07/2012, 14h09

Bonjour,
encore moi j'ai compris "mon erreur de segmentation"
elle venait du fait que j'avais mis par inadvertance l'allocation dynamique de la matrice A en commentaire et maintenant ca marche.
Disons que DIM1=10 et DIM2=10 et FORME=carre.
Par contre ce qui est bizzard c'est que dans le fichier au lieu de me mettre le temps moyen d'execution il me met des *******
Sinon ce que j'aimerais savoir c'est comment à la fin lui dire de revenir au debut du programme et de passer a la deuxieme ligne du fichier ?

**Calvert** · 13/07/2012, 14h40

Il faut faire quelque chose de ce style :

1. Ouvrir le fichier
2. Tant que le fichier n'est pas terminé, lire le fichier (avec une boucle do while). Il peut être utile de se renseigner sur le flag "iostat" de l'instruction read.
3. Fin de la boucle
4. Fermeture du fichier.

invite5420aad7 · 16/07/2012, 10h08

bonjour,

j'ai fais effectivement une boucle, mais à partir de dim1=110 il m'affiche uen erreur d'allocation de matrice que je ne comprend pas.
Ci-dessous le nouveau code :

Code:

PROGRAM PROG_PRINC

!

IMPLICIT NONE

!DECLARATION DES PARAMETRES

 ! LA TAILLE DES MATRICE EST PRECISE DANS UN FICHIER TEXTE (TEST.TXT)

 INTEGER :: DIM1

 INTEGER :: DIM2

 INTEGER :: I,J

 INTEGER :: K

 

 CHARACTER*15 :: FORME

 

 !POUR LE STOCKAGE CLASSIQUE DE MATRICE CREUSE

 INTEGER,DIMENSION(:),ALLOCATABLE :: VALUES !TABLEAU DE VALEURS

 INTEGER,DIMENSION(:,:),ALLOCATABLE :: INDICES !TABLEAU D'INDICES

 !POUR LA MATRICE PLEINE 

 INTEGER,DIMENSION(:),ALLOCATABLE :: U

 INTEGER, DIMENSION (:,:), ALLOCATABLE :: A

 INTEGER :: IERR



! !LECTURE DES CARACTERISTIQUES DE LA MATRICE DANS LE FICHIER TEST.TXT

  OPEN (UNIT=12,FILE="test.txt",FORM="FORMATTED",STATUS="UNKNOWN")

  DO K=1,100

  READ(12,45)DIM1,DIM2,FORME

  WRITE(*,45)DIM1,DIM2,FORME

45 FORMAT(I3,I3,A15)

  

 

 !ALLOCATION DYNAMIQUE DE LA MEMOIRE 

 ALLOCATE (A(DIM1,DIM2),STAT=IERR)

 ALLOCATE (U(DIM2))

 ALLOCATE (INDICES(DIM1,2),STAT=IERR)

 ALLOCATE(VALUES(DIM1))

 IF(IERR.NE.0) STOP 'ERREUR!'

 

 ! PRENONS A LA MATRICE UNITE POUR A ET VALUES

 DO I=1,DIM1

   DO J=1,DIM2

      A(I,J)=0

      U(J)=j;

   END DO

   INDICES(I,1)=I

   INDICES(I,2)=I

   VALUES(I)=1

   A(I,I)=1;

 END DO



 

!!!AFFICHONS LA MATRICE I        

! DO I=1,DIM1

!   WRITE(*,*) (INDICES(I,J),J=1,2)

! END DO

   

 !APPEL DES SUBROUTINES  

 CALL GEMV(A,U,DIM1,DIM2,FORME)

 CALL SPMV(INDICES,VALUES,U,DIM1)





! ON DESALLOUE TOUT CE QU'ON A ALLOUE

DEALLOCATE(A)

DEALLOCATE(U)

DEALLOCATE(INDICES)

DEALLOCATE(VALUES)



END DO

 !----------------------ESPACE SUBROUTINES

 CONTAINS

  

  !SUBROUTINES MATRICE DENSE

  SUBROUTINE GEMV(A,U,DIM1,DIM2,FORME)

    !DECLARATIONS PARAMETRES

    REAL :: T1,T2,TEMPS_MOY=0.0

    INTEGER, INTENT (IN) :: DIM1,DIM2

    CHARACTER*15, INTENT (IN) :: FORME

    INTEGER :: I,K,COMPTEUR=0,F_COMPTEUR=100

    INTEGER,DIMENSION(:), INTENT (IN) :: U

    INTEGER, DIMENSION (:,:), INTENT (IN) :: A

    INTEGER,DIMENSION(:),ALLOCATABLE :: V

    INTEGER :: IERR

    ALLOCATE (V(DIM1))

    IF(IERR.NE.0) STOP 'ERREUR!'



    !CALCUL PRODUIT

    DO COMPTEUR=1,F_COMPTEUR

     !TOP CHRONO

    CALL CPU_TIME(T1)

    

    DO I=1,DIM1

      V(I)=0

    END DO



    DO I=1,DIM1

     DO K=1,DIM2

       V(I)=V(I)+A(I,K)*U(K)

     END DO

    END DO

    !STOP CHRONO

   CALL CPU_TIME(T2)

   TEMPS_MOY=T2 -T1+TEMPS_MOY

   END DO

   TEMPS_MOY=TEMPS_MOY/F_COMPTEUR

!   WRITE (6,*) 'TEMPS TOTAL POUR GEMV= ',TEMPS_MOY

   

   ! ECRITURE DES RESULTATS DANS UN FICHIER (ECRITURE SEULE)

   OPEN(13,FILE='Dense_F.csv',FORM='FORMATTED',ACTION="WRITE",POSITION="APPEND")

   WRITE(13,'(I3,A3,I3,A3,A15,A3,F8.5)') DIM1,';',DIM2,';',FORME,';',TEMPS_MOY

   

   !FERMETURE DU FICHIER

   CLOSE(13)

   

  END SUBROUTINE GEMV

  

  

  !SUBROUTINES MATRICE CREUSE CLASSIQUE

  SUBROUTINE SPMV(INDICES,VALUES,U,DIM1)

    !DECLARATIONS PARAMETRES

    REAL :: T1,T2,TEMPS_MOY=0.0

    INTEGER :: I,K,DIM1,COMPTEUR=0,F_COMPTEUR=100

    INTEGER,DIMENSION(:), INTENT (IN) :: VALUES

    INTEGER,DIMENSION(:), INTENT (IN) :: U

    INTEGER, DIMENSION (:,:), INTENT (IN) :: INDICES

    INTEGER,DIMENSION(:),ALLOCATABLE :: V

    INTEGER :: IERR

    ALLOCATE (V(DIM2))

    IF(IERR.NE.0) STOP 'ERREUR!'



    !CALCUL PRODUIT

    DO COMPTEUR=1,F_COMPTEUR

    !TOP CHRONO

    CALL CPU_TIME(T1)

    DO I=1,DIM1

      V(I)=0

    END DO

    DO I=1,DIM1

     V(INDICES(I,1))=V(INDICES(I,1))+VALUES(I)*U(INDICES(I,2))

!     WRITE (6,*) V(I)

    END DO

    

   !STOP CHRONO 

   CALL CPU_TIME(T2)

   TEMPS_MOY=T2 -T1+TEMPS_MOY

   END DO

   TEMPS_MOY=TEMPS_MOY/F_COMPTEUR

!   WRITE (6,*) 'TEMPS TOTAL POUR SPMV_CLASSIQUE= ',TEMPS_MOY

  

    !ECRITURE DES RESULTATS DANS UN FICHIER (ECRITURE SEULE)

   OPEN(14,FILE='Creuse_F.csv',FORM='FORMATTED',ACTION="WRITE",POSITION="APPEND")

   WRITE(14,'(I3,A3,A15,A3,F8.5)') DIM1,';',FORME,';',TEMPS_MOY

   !FERMETURE DU FICHIER

   CLOSE(14)

   

  END SUBROUTINE SPMV



  

END PROGRAM PROG_PRINC



!------------------------------------------------------------------------------

!MESSAGE D'ERREUR RETOURNER DANS LE TERMINAL

!a.out: malloc.c:3096: sYSMALLOc: Assertion `(old_top == (((mbinptr) (((char *) &((av)->bins[((1) - 1) * 2])) - __builtin_offsetof (struct malloc_chunk, fd)))) && old_size == 0) || ((unsigned long) (old_size) >= (unsigned long)((((__builtin_offsetof (struct malloc_chunk, fd_nextsize))+((2 * (sizeof(size_t))) - 1)) & ~((2 * (sizeof(size_t))) - 1))) && ((old_top)->size & 0x1) && ((unsigned long)old_end & pagemask) == 0)' failed.

!Abandon

!--------------------------------------------------------------------------------------

j'ai mis en commentaire tout en bas l'erreur retourner pas le terminal.

Est-ce que tu aurais uen idée de pourquoi il peut pas aller au dela de 110 ?

Cordialement.

invite5420aad7 · 17/07/2012, 09h54

Est-ce un problème lié à Linux ou au compilateur fortran?

Cordialement.

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