Extraction des gènes d'un fichier gbk

[invite8165a9e4]

Bonjour à tous !
En effet le prof nous a demandé d'extraire toutes les informations d'un ficher gbk voici mon code python mais j'ai un problème il marche j'ai pas compris ou exactement le problème c'est pour ca j'ai besoin de vos aides

merci d'avance!!

#!/user/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-
#ouverture un fichier genbank 
f=open("NC_001133.gbk","r") 
#Extraction de l'organisme 
def species(f):
    ns=[]
    liste=[]
    for line in f:
     if line[0:12].strip() =="ORGANISM":
        ns.append(line[1:].strip())
    f.close()
    for i in range(len(ns)):
        print ns[i]
species(f)
#Extraction de position des gènes 
def position_gen(f,liste):
	for line in f:
     if line[0:12].strip() =="gene" and line[23:40] != "complement"
	    liste.append(line[1:].strip())
    for i in range(len(liste)):
        print liste[i]
  
postion_gen(f,liste)
#Extraction de postion des complement 
def position_compl(f,com):
	for line in f:
     if line[0:12].strip() =="gene" and line[23:40] == "complement"
	    com.append(line[1:].strip())
    for i in range(len(com)):
        print com[i]
  
postion_gen(f,com)

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[Jack]

C'est tout de même plus lisible avec les balises code, non?

Merci de prendre le temps de lire les règles participatives de ce forum avant de poster.