Segmentation et seuillage d'un volume 3d

[clitton93]

Bonjour à tous,

J'ai fait une reconstruction 3D avec le logiciel ImageJ(à l'aide de TomoJ),et mes informations cherchées sont touffues dans le volume,mais je parviens quand même a les distinguer car ce sont les voxels qui sont les plus intenses(mon stack est en 16 bits et d'extension .tiff). Alors ma question est la suivante: existe t-il des logiciels qui peuvent me permettre de ne garder que des niveaux de gris les plus important? et aussi j'aimerais insérer des formes(une croix par exemple) sur ces points de haute intensité,est ce qu'il est possible d'écrire un programme qui le fait automatiquement?
est-il possible d'avoir à partir d'une image,un fichier qui rassemble les coordonnées et les niveaux de gris de chaque point sur l'image?

PS:Je m'excuse pour la longueur du texte

Merci d'avance
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[Paraboloide_Hyperbolique]

Bonsoir,

Je ne connais pas bien imageJ. Cependant, il me semble qu'un petit seuillage (thresholding en anglais) pourrait convenir. http://occm.otago.ac.nz/resources/Im...resholding.pdf

S'il vous faut quelque chose de plus spécifique, je pense que passer à un langage de programmation relativement "facile" du style Matlab (ou Octave, son équivalent gratuit). Dans ce cas là, 4 ou 5 lignes de code devraient suffire pour obtenir ce que vous voulez.

[clitton93]

salut,
là ils parlent de la segmentation d'images (si je comprends bien),moi ce qui m’intéresse c'est de le faire en 3D.Concernant la programmation je pense que je vais m’y mettre.
Merci bien