Matlab - Octave - FIT de datas

[un_copain]

Bonjour,

Je suis physicien, pas très doué en informatique, j'ai quelques notions de c++ que j'ai utilisées jusque là pour simuler quelques phénomènes physiques.

L'étude que je traite en ce moment m'amène à fitter des mesures. L'allure de ces courbes est très variée, et je me suis mis à octave pour traiter cela (je pense perdre beaucoup de temps pour faire quelque chose de correct en C).
Je suis plutôt satisfait d'octave qui rend assez accessible l'analyse de données et qui permet de de faire des plots 3d très facilement. Mais je rame sur le partie fit de data...
Plutôt que d'écrire le code moi même, je souhaiterai trouver quelque chose de déjà prêt, optimisé et performant. Je pense bien qu'il existe des bibliothèques remplies de ça mais je ne sais pas où chercher...

Je suis tombé sur EzyFit, un petit toolbox de Matlab, qui me paraît parfait pour mes études, j'aimerai savoir ce que vous en pensez, si jamais vous connaissez, sinon, je veux bien écouter ce que vous pouvez me conseiller.



Deuxième point, je suis actuellement sur octave, est-il nécessaire pour moi d'acquérir une licence matlab ?

Merci pour vos réponses


EDIT : pas mal de collègues me disent d'utiliser origin, mais je tourne sur linux et je préfère avoir un minimum de contrôle sur ce que je fais
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[lou_ibmix_xi]

Salut,

Tu as fait le bon choix. Un outils type octave/matlab est fait pour prototyper, et ça peut être relativement rapide si tu utilises au maximum des tableaux.
Le porter en C ou C++ c'est un cran au dessus en difficultés, modulé par les bibliothèques que tu peux trouver qui font une partie du job. Mais l'étape matlab me semble obligatoire avant de se lancer la dedans, tu verras où tu mets les pieds, et tu auras une référence pour vérifier ton implémentation.

J'utilise professionnellement octave depuis environ 10 ans sous linux (traitement du signal, positionnement, stat...) , ça fait longtemps que je n'ai pas croisé matlab, mais la dernière fois (+/-5ans?) il était plus rapide, surtout pour "très" les gros plots. Mes scripts tourne à 100% sur matlab, en faisant un peu gaffe, octave offre les "demo" en fin de scripts permettant de faire des exemples, tests unitaires... que n'offre pas matlab. Il faut faire gaffe aussi aux bibliothèques matlab qui peuvent ne pas marcher. Dernier détails, matlab à un coût, mais également ses toolboxes (stat, dsp...), elles sont gratuites avec octave (attention si tu utilises ubuntu, il vaut mieut les installer avec apt-get/synaptic).

Je ne connais pas EzyFit, je connais polyfit qui utilises des polynomes, mais je parie qu'ils en existent d'autres, en plus de google, il faut jeter un oeil sur github.

origin jamais entendu parler. Attention si c'est un truc obscure utilisé par peu de monde, il y aura d'autant peu de bibliothèque à trouver sur internet. Sans parler du risque que le langage disparaisse avec l'entreprise qui la vend, et ton travail qui devient quasi inutilisable.

[un_copain]

Super, quel optimisme, ça fait plaisir à lire

Merci beaucoup pour le lien, il est formidable !

[mAx6010]

Hello,
Si je ne me trompe pas gnuplot est "inclus" dans octave. (du moins a l epoque ou j avais un peu travaillé avec octave, je m etais aperçu que gnuplot etait fourni avec)
Alors dans ce case tu peux faire du fit avec gnuplot:
http://gnuplot.sourceforge.net/docs_4.2/node82.html

[A voir en vidéo sur Futura]

[un_copain]

Ah oui tiens, je ne savais pas que gnuplot permettait de fitter, intéressant.

Mais je suis assez bien lancé avec octave, je pense que je vais rester là dessus... Typiquement j'ai besoin de fitter des lorentziennes dans une boucle (environ 200 fichiers de datas à fitter pour 1 set de paramètres) pour ensuite plot l'évolution en 3d par exemple, je pense qu'octave sera approprié.

Mais j'ai également des données de la forme 1/(x^a) où gnuplot peut effectivement être très simple à manipuler

[lou_ibmix_xi]

Hello,
Si je ne me trompe pas gnuplot est "inclus" dans octave. (du moins a l epoque ou j avais un peu travaillé avec octave, je m etais aperçu que gnuplot etait fourni avec)
Alors dans ce case tu peux faire du fit avec gnuplot:
http://gnuplot.sourceforge.net/docs_4.2/node82.html

A "l'époque", octave utilisait gnuplot pour faire les graphismes, ce n'est plus forcément le cas, tu peux choisir la "couche graphique" (je ne sais plus comment, je jetterai un oeil à l'occaz), mais de mémoire utiliser gnuplot plombe les perf d'affichage.

Je connais très mal gnuplot, je ne pense pas qu'il utilises le même langage qu'octave, et du coup je ne suis pas persuadé que ce soit une bonne solution, à moins qu'il y ait vraiment que du fit + affichage à faire... Je pense qu'il vaut mieux éviter de mélanger 2 langages de scriptes, il vaut mieux choisir le plus adapté...

[mAx6010]

Je n ai pas dit que c etait LA solution...

[Antoane]

Bonjour,

je ne connais pas octave mais utilise Matlab.

Comme indiqué, polyfit() permet de fitter des donnés avec un polynome,
nlinfit() permet de fitter avec i,e fonction quelconque, dont tu définis la forme.
Il est toujours possible d'utiliser des fonctions d'optimisation (telle fminsearch()) pour gérer finement les paramètres du fit. C'est par exemple pratique pour faire des fits en log ou utiliser des fonctions de coût autre que RMS (i.e faire une optimisation avec un autre paramètre que celui des moindres carrés).

octave offre les "demo" en fin de scripts permettant de faire des exemples, tests unitaires... que n'offre pas matlab

Tu peux détailler stp ?

[lou_ibmix_xi]

Tu peux détailler stp ?

A la fin de ton script, tu commences une ligne par "%!demo" puis toutes les lignes suivantes par "%!" avec le code que tu veux exécuter, il te suffit alors de taper "demo mon_script" pour faire tourner ton exemple. Tu peux en mettre plusieurs et en appeler une spécifique avec "demo(mon_script, 2)" pour appeler la 2ème démo. (tout ça c'est de tête, il y a peut-être des erreurs dans le détails mais l'idée est là)

C'est super pratique pour faire du "test unitaire" de script je trouve, en plus de l'exemple d'utilisation.

[minushabens]

"fitter","data","plot","rms".. . se pourrait-il que les physiciens soient encore pires que les biologistes? (qui parlent de "fitness", "primers", etc). Pourtant les mots français existent bien : ajuster, données, graphe, écart-type.

[un_copain]

se pourrait-il que les physiciens soient encore pires que les biologistes?

ouh c'est blessant ça

Oui, désolé Molière.

Mon mauvais.

[invite73192618]

Mon mauvais.

Courbe de meilleur ajusté.

[lou_ibmix_xi]

Je reviens car je me mets à Python, et il y a beaucoup de chose pour le calcul scientifique, jeter un oeil à pylab (c'est la collection de modules pour, ya pléthore).
Je dis ça car je suis en train de remplacer mes "développements" OCTAVE par du python qui reste un langage généraliste. Mais décidément un langage non typé je trouve ça perturbant (et je me pose la question de la pertinence pour l'apprentissage)