Lire des fichiers dans plusieurs dossiers differents sous matlab

[caabet]

Bonjour ,
j'ai des fichiers data sous formes 1, 2 ....ect qui se trouve dans differents dossiers , j'arrive a lire les data qui se trouve dans un seule dossier en enregistrant mon programme dans le dossier en question.
Je veux maintenant pouvoir mettre au debut de mon programme une instructions dir qui me permettra de lire les data qui se trouve dans le dossier1 puis qui passera apres aux datas qui se trouve dans le dossier 2 qui se trouve ailleurs.
Voici mon code pour les mes data:

for k=kmin:kmax
    textFileName = num2str(k);
    
if exist(textFileName)
    disp(textFileName);
    fid = fopen(textFileName, 'rt');
    a = fscanf(fid,'%f',[3 inf]);
     a=a.';
     
   t=a(:,1);
   x=a(:,2);
   y=a(:,3);
   if tmax < length(t)
      
       tmax=length(t);
        T=t;
   end
   fclose(fid);

  else
    fprintf('le fichier %s nexiste pas.\n',textFileName);
end

end

Merci.
-----

[Antoane]

Bonjour,

Il est possible d'utiliser le chemin complet dans fopen, par exemple :

fopen('C:/users/caabet/mesdoc/folder_1/1')

ou partiel depuis le PWD :

fopen('folder_1/1')

Sachant qu'il est possible de concaténer les strings :

path = 'folder_1\'
fopen([path, textFileName])

PS : pense à correctement indenter ton code. Ca se fait aisément sous matlab en sélectionnant tout (CTRL+A) puis avec CTRL+I.

[caabet]

Bonjour,

Il est possible d'utiliser le chemin complet dans fopen, par exemple :

fopen('C:/users/caabet/mesdoc/folder_1/1')

ou partiel depuis le PWD :

fopen('folder_1/1')

Sachant qu'il est possible de concaténer les strings :

path = 'folder_1\'
fopen([path, textFileName])

PS : pense à correctement indenter ton code. Ca se fait aisément sous matlab en sélectionnant tout (CTRL+A) puis avec CTRL+I.

Merci pour ta reponse.
le probleme c'est que en mettant

 fopen('folder_1/1')

je reste toujours dans le même dossier folder_1 et moi je vaudrai qu'il passe par les autres dossiers.

[Paraboloide_Hyperbolique]

Bonjour,

Il n'est pas nécessaire de se trouver dans le même dossier que celui des fichiers pour les ouvrir et les lire. Si vous y tenez, voyez la commande "cd".

[A voir en vidéo sur Futura]

[pm42]

Il n'est pas nécessaire de se trouver dans le même dossier que celui des fichiers pour les ouvrir et les lire. Si vous y tenez, voyez la commande "cd".

A quoi va lui servir «*cd*» dans un programme ?

Dans son cas, il faudrait qu’il précise ce qu’il veut faire notamment si le nombre et le nom des répertoires est connu à l’avance mais si c’est le cas, la réponse d’Antoane avec une boucle et la syntaxe avec un tableau marche.

Le plus simple est sans doute d’utiliser la librairie Python glob qui permet de faire ça en 1 ligne.

[caabet]

oui effectivement les noms des dossiers est connue mais c'est des noms aléatoires exemple : dossier1 , cool, programme0....ect

[invite73192618]

A quoi va lui servir «*cd*» dans un programme ?

La même chose que dans le terminal: changer le dossier courant. Par exemple si tu es dans un dossier racine avec des fichiers à lire dans des dossiers enfants numérotés de 1 à 17, il est possible d'écrire quelque chose comme

for i = 1:17
    eval(['cd ' + int2str(i)])
    dowhatyoumustdo
    cd ..
end

...pas le champion du monde en terme de portabilité, mais pour les utilisateurs de matlab ce n'est pas habituellement important. Une meilleure alternative est de faire une liste des chemins. Par ailleurs utiliser dir() permet de ne pas trop se préoccuper de ce qu'il y a comme nom de dossier.

maliste= dir(*/*.m)
for i = 1:size(maliste,2)
    dowhatyoumustdowith(maliste(i))
end

(PS: code non testé)

[pm42]

Oups j’ai lu le code trop vite sur un téléphone et j’ai cru voir du python. D’où mes remarques à côté de la plaque.

[Antoane]

Bonjour,

Le principal est que ca marche, mais je trouve également que le cd, c'est moche
de même : eval(['cd ' + int2str(i)]), sera avantageusement remplacé par cd(int2str(i)).

si j'ai bien compris, il y a un certain nombre de fichiers, nommés, par exemple '1' à '17', dans divers dossiers. Dans l'ensemble des dossiers, il y a un unique fichier de chaque nom mais la répartition par dossier est inconnue a priori. Il n'y a pas deux fichiers de même nom dans deux dossiers différents (par exemple, il n'est pas possible de trouver le fichier '1' dans 'cool/1' et dans 'chien/1').

Si tout les dossiers contenant les fichier intéressants ont pour racine un même dossier appellé par exemple 'root_myFiles', il est possible de simplifier la recherche :

rootPath = 'root_myFiles'
addpath(genpath(rootPath))

for k=kmin:kmax
    textFileName = num2str(k);
    
    if exist(textFileName)
        disp(textFileName);
        fid = fopen(textFileName, 'rt');
        ...
    end
end

La ligne "addpath(genpath(rootPath) )" permettant à Matlab de savoir qu'il doit chercher dans tous les dossiers situés plus bas dans l'arborescence que rootPath.
rootPath peut être le chemin complet vers le dossier (par exemele 'C:/users/mesDoc/root_myFiles) ou bien le chemin partiel depuis le pwd (par exemple : '../data/root_myFiles').

[caabet]

Bonjour, pour les fichiers de 1 a 17 par exemple ils ne sont pas unique car dans chaque dossier on peut trouver les d'autre fichiers 1,2,3....ect avec d'utre donnée .

Bonjour,

Le principal est que ca marche, mais je trouve également que le cd, c'est moche
de même : eval(['cd ' + int2str(i)]), sera avantageusement remplacé par cd(int2str(i)).

si j'ai bien compris, il y a un certain nombre de fichiers, nommés, par exemple '1' à '17', dans divers dossiers. Dans l'ensemble des dossiers, il y a un unique fichier de chaque nom mais la répartition par dossier est inconnue a priori. Il n'y a pas deux fichiers de même nom dans deux dossiers différents (par exemple, il n'est pas possible de trouver le fichier '1' dans 'cool/1' et dans 'chien/1').

Si tout les dossiers contenant les fichier intéressants ont pour racine un même dossier appellé par exemple 'root_myFiles', il est possible de simplifier la recherche :

rootPath = 'root_myFiles'
addpath(genpath(rootPath))

for k=kmin:kmax
    textFileName = num2str(k);
    
    if exist(textFileName)
        disp(textFileName);
        fid = fopen(textFileName, 'rt');
        ...
    end
end

La ligne "addpath(genpath(rootPath) )" permettant à Matlab de savoir qu'il doit chercher dans tous les dossiers situés plus bas dans l'arborescence que rootPath.
rootPath peut être le chemin complet vers le dossier (par exemele 'C:/users/mesDoc/root_myFiles) ou bien le chemin partiel depuis le pwd (par exemple : '../data/root_myFiles').

[Antoane]

Donc tu sais que tu doit, par exemple aller chercher :
- les fichiers 1, 3 et 6 dans le dossier 'chien',
et :
- les fichier 2, 4 et 5 dans le dossier 'cool' ?

[caabet]

oui exactement mais je doit lire tous les fichiers qui se trouve dans chaque dossier donc par exemple pour le dossier 'chien' 1 j'ouvre avec

for k=1:6
    
    textFileName = num2str(k);
    
    if exist(textFileName)
        disp(textFileName);
        
        fid = fopen(textFileName, 'rt')
.......end;

et apres je ferai la passerai au dossier 'cool' pour lire les fichiers qui se trouvent dedant portant les même numéros donc

 for k=1:6 ....end

[Antoane]

folderList = { % list of the folders of interest.
    'chien'
    'cool'} ;

for k_folder=1:numel(folderList) % for each element of folderList
    currentFolder = folderList{k_folder} ;
    listOfFiles = ls(currentFolder) ; % list of files in the current folder
    
    for k_files = 1:numel(listOfFiles) % for each file in listOfFiles
        try % handles errors
            textFileName = listOfFiles(k_files, :) ; % name of the current file in the current folder
            fid = fopen([currentFolder, '\', textFileName], 'rt'); % open the current file in the current folder
            a = fscanf(fid,'%f',[3 inf]);
            ...
            fclose(fid) ;
        
            disp([currentFolder, '\', textFileName])
        end
    end
end

[caabet]

En appliquant le code mon programme ne reconnais plus a a cause de sa definition dans:

fid = fopen([currentFolder, '\', textFileName], 'rt');
            a = fscanf(fid,'%f',[3 inf]);
            a=a.';
            t=a(:,1);
            x=a(:,2);
            y=a(:,3);

donc je ne peux pas accéder au t, x, y

folderList = { % list of the folders of interest.
    'chien'
    'cool'} ;

for k_folder=1:numel(folderList) % for each element of folderList
    currentFolder = folderList{k_folder} ;
    listOfFiles = ls(currentFolder) ; % list of files in the current folder
    
    for k_files = 1:numel(listOfFiles) % for each file in listOfFiles
        try % handles errors
            textFileName = listOfFiles(k_files, :) ; % name of the current file in the current folder
            fid = fopen([currentFolder, '\', textFileName], 'rt'); % open the current file in the current folder
            a = fscanf(fid,'%f',[3 inf]);
            ...
            fclose(fid) ;
        
            disp([currentFolder, '\', textFileName])
        end
    end
end

[invite73192618]

En appliquant le code mon programme ne reconnais plus a a cause de sa definition dans: (...) donc je ne peux pas accéder au t, x, y

Ton message est difficile à comprendre. Perso je comprend

Mille merci Antoane!! Par contre j'ai maintenant un autre problème, je ne sais pas comment accéder au t,x,y en dehors de la boucle. Je sais que j'abuse, mais pourrais-tu m'aider avec ça aussi?"

Si c'est une bonne description de ton nouveau problème, une méthode de résolution est d'utiliser un compteur.

cp = 0
for k_folder....
....
    for k_files....
        try 
            cp = cp + 1
            ....
            t(cp) = ....
            x(cp) = ....
....

[caabet]

Et mille merci a toi Antoane.

En appliquant le code mon programme ne reconnais plus a a cause de sa definition dans:

fid = fopen([currentFolder, '\', textFileName], 'rt');
            a = fscanf(fid,'%f',[3 inf]);
            a=a.';
            t=a(:,1);
            x=a(:,2);
            y=a(:,3);

donc je ne peux pas accéder au t, x, y

[caabet]

Merci pour ta réponse Jiav ,
j'ai déjà essayé d'utiliser un compteur mais toujours pas de résultats, je ne comprends pas pourquoi il n'arrive pas a lire les données dans 'a'.

[invite73192618]

Essaie d'ajouter...

disp([currentFolder, '\', textFileName])

...juste avant le code de lecture afin de savoir sur quel fichier il bloque. Ensuite essai ton bout de code lecture directement (en te déplaçant 'à la main'). S'il marche alors il y a un problème de code dans le programme principal, possiblement une collision entre des noms de variables. S'il ne marche pas alors le problème est dans ce bout de code, possiblement à cause de format incompatibles.

PS: en cas de format incompatible un truc est d'utiliser une structure:

data(cp).t = ...
data(cp).x = ...
...

[caabet]

Merci Jiav ;
Je vais revoir le programme je pense que c'est une incompatibilité qui pause problème.

[Antoane]

Bonjour,

Tu peux éventuellement mettre l'un de tes fichier en PJ d'un message, ou en copier-coller les premières lignes dans un prochain message.

[caabet]

Bonjour, voici mes premières lignes

clear all;
close all;
tmax=0;
kmin=1;
kmax=46;
p=0;
folderList = {'5bis','15bis','23bis'};
for k_folder=1:numel(folderList)%pour chaque element de folderlist
    currentFolder = folderList{k_folder} ;
    listOfFiles = ls(currentFolder) ; % liste des fichiers dans currentFolder
    for k_files=kmin:numel(listOfFiles)
        
        textFileName = listOfFiles(k_files, :) ;
        
        if exist(textFileName)
            disp(textFileName);
            
            fid = fopen([currentFolder, '\', textFileName], 'rt');
            a = fscanf(fid,'%f',[3 inf]);
            a=a.';
            p=p+1;
            t(p)=a(:,1);
            x(p)=a(:,2);
            y(p)=a(:,3);
            if tmax < length(t)
                
                tmax=length(t);
                T(p)=t(p);
            end
            fclose(fid);
            disp([currentFolder, '\', textFileName])
        else
            fprintf('le fichier %s nexiste pas.\n',textFileName);
        end
    end
    end

Bonjour,


Tu peux éventuellement mettre l'un de tes fichier en PJ d'un message, ou en copier-coller les premières lignes dans un prochain message.

[Antoane]

Si tu regardes le contenu de listOfFiles, il va ressembler à :
['. '
'.. '
'1 '
'2 ']

où '1' et '2' sont effectivement des fichiers mais pas '.' et '..'. Cependant, exist('.') ne renvoi pas false, donc le programme va essayer de faire fopen('chien\.'), et va planter (fid = -1).
C'est pourquoi j'avais mis les bloc "try ... catch" dans mon code de départ.
Autre solution : commencer à k_files=3

Tu devrais d'ailleurs voir s'afficher dans la console "chien/." avant que le programme plante