App. Java et base de données SQL vers fichier .exe ?

[vincechimie]

Bonjour à tous,

Ayant des connaissances très limitées en bases SQL et java, je recherche depuis un moment un LIMS gratuit et j'ai fini par trouver freelims qui correspond à toutes mes attentes.
Le problème est qu'il s'agit d'une app Java et base SQL, j'ai tenté en vain de faire fonctionner en localhost sans résultats il y a toujours quelque chose qui ne va pas, de plus le fait que ce soit sur mon réseau ne m'intéresse pas, dans l'idéal j'aimerai que ce soit sous la forme d'un logiciel classique exécutable...
Donc j'en viens à ma question fatidique , est-il possible de "modifier" certains paramètres pour pouvoir rendre une app Java et une base SQL sous la forme d'un logiciel executable ?

Le lien du LIMS : https://sourceforge.net/projects/freelims/

Merci d'avance pour votre aide

Vincent
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[Ikhar84]

Salut,

Une base SQL ça ne veut rien dire, SQL serait plus une norme, avec une adaptation pour chaque éditeur de SGBD (dialecte).

La base de données est hebergée sous MySQL (le plus probable), PostgeSql, etc...

Pour une utilisations en "embarquée", il faut une une base du genre SQLite, il faut donc modifier le soft (les sources sont fournies) pour changer le fournisseur de données...

[goaoute]

Tous les langages font des exécutables, en Java, c'est des ".jar" et c'est pas simple (voir la doc)
Après, si c'est du desktop, y a certainement moyen de faire plus simple. Le tout étant de savoir ce que tu veux faire avec quoi comme données.

[pm42]

La base de données est hebergée sous MySQL

En effet (j'ai regardé sur le site)

Pour une utilisations en "embarquée", il faut une une base du genre SQLite, il faut donc modifier le soft (les sources sont fournies) pour changer le fournisseur de données...

Et pour faire ça et transformer le tout en ".exe", il faut quand même un peu de métier. Il est largement plus simple de le faire fonctionner comme prévu.

[A voir en vidéo sur Futura]

[vincechimie]

Merci pour vos réponses, pm42 s'il faut un peu de métier pour le transformer en .exe je suis loin d'y arriver avec mes connaissances limitées dans ce domaine...

[Ikhar84]

Et pour faire ça et transformer le tout en ".exe", il faut quand même un peu de métier. Il est largement plus simple de le faire fonctionner comme prévu.

Oui c'est clair, je voulais juste signaler au posteur que c'était du domaine du possible. Et la piste à suivre.

Enfin, en étant plus clair.

Comprendre ce qu'est un code source, dans le cas de Java, ce qu'est un driver Jdbc, et comment l'utiliser...
Et enfin, comment "lancer" un jar...
Et du côté bd, créer a base puis les tables devrait suffire avec sqlite (pas besoin de notion d'utilisateur), et enfin charger le dump des données préchargées...

Donc oui, sans connaissance, utiliser la solution telle que fournie, reste le plus simple et le plus sage...

[vincechimie]

Merci de ta réponse goaoute, je comprends pas ce que tu dis par "faire avec quoi comme données" désolé je suis peu compétent la dedans ^^. Une fois le contenu téléchargé j'ai ce contenu :
Le fichier script contient la base de donnée MySQL, le fichier lib contient plusieurs fichiers .jar
C'est un peu complexe pour moi tout ça

[goaoute]

Merci de ta réponse goaoute, je comprends pas ce que tu dis par "faire avec quoi comme données"

Exemples de données: Kilos de jambon; nombre de véhicules/heure; longueurs de queues de chats; températures moyennes/villes...ect...ect
Faire quoi: Compter; comparer; extraire...ect...ect
Note: la pièce jointe ne passe pas (ou pas encore ?)

[vincechimie]

Je vois dans ce cas c'est beaucoup de données à savoir, des valeurs de tests analytiques ainsi que leurs unités, méthodes de test, leurs normes, le type d'échantillon, le numéro de lot et bien d'autres encore...
Faire quoi, j'imagine qu'il y a compter et comparer entre autres puisque si par exemple une valeur de test saisie est hors normes elle doit être "calculée" et détectée comme non conforme.

[pm42]

Le fichier script contient la base de donnée MySQL

Non, il contient un backup.
Il faut que :
- tu installes MySql et tu crées une base
- tu restaures le backup en question
- tu configure le fichier connect.xml qui permet à ton appli de savoir où est la base. Dans ton cas, ce sera localhost
- tu aies java installé sur ton poste
- tu lances l'appli en ligne de commande comme indiqué dans le README ou bien sur les .jar sont associé à java tu cliques sur freelims.jar

Tu n'as pas besoin de regarder dans lib
J'ai quand même un doute sur le fait que même en faisant tout ça, ça marche parce que normalement, il faut lui dire que les librairies sont dans lib mais sans essayer, difficile de confirmer.

Je manque de temps pour tester de mon coté (et j'ai du vrai boulot à faire) mais dis moi si tu te sens capable d'avancer avec ça.

[vincechimie]

Merci, je comprends que tu n'essayes pas de ton côté et tu n'as pas à le faire je ne veux pas te faire perdre ton temps, je vais essayer de nouveau quand j'aurai le temps car moi aussi j'ai beaucoup de boulot en dehors de ça, si je m'attarde sur ce projet c'est qu'il me simplifierai la vie au niveau de ma traçabilité, actuellement je jongle avec des fichiers excels c'est pas le top.

Merci en tout cas pour ton aide

[goaoute]

Je vois dans ce cas c'est beaucoup de données à savoir, des valeurs de tests analytiques ainsi que leurs unités, méthodes de test, leurs normes, le type d'échantillon, le numéro de lot et bien d'autres encore...
Faire quoi, j'imagine qu'il y a compter et comparer entre autres puisque si par exemple une valeur de test saisie est hors normes elle doit être "calculée" et détectée comme non conforme.

Quel est le volume des données brutes (Ko; Mo), combien de types de données et peuvent-elles êtres mises en ".txt" ?
Par quel moyen saisis-tu les données et sont-elles évolutives ?

[goaoute]

Quel est le volume des données brutes (Ko; Mo), combien de types de données et peuvent-elles êtres mises en ".txt" ?
Par quel moyen saisis-tu les données et sont-elles évolutives ?

Quel que soit le nombre, le type et le nombre de types, tout ça peut être mis en chaine, et après on fait ce qu'on veut avec, autant pour l'affichage que pour le traitement, et sans se prendre la tête avec du Java et du SQL; le tout accessible par fichiers ou par interface.

[Ikhar84]

@Gaoute: regardes ce qu'est un LIMS... et ce qu'est un progiciel en général au lieu de dire des bêtises...

[pm42]

@Gaoute: regardes ce qu'est un LIMS... et ce qu'est un progiciel en général au lieu de dire des bêtises...

Je confirme que comme d'habitude, il a dit n'importe quoi sur un sujet qu'il ne maitrise clairement pas.

[goaoute]

@Gaoute: regardes ce qu'est un LIMS... et ce qu'est un progiciel en général au lieu de dire des bêtises...

Des usines à gaz avec des formats rigides quand ils ne sont pas propriétaires-->"progiciel"

[goaoute]

Je confirme que comme d'habitude, il a dit n'importe quoi sur un sujet qu'il ne maitrise clairement pas.

Ce n'est pas parce que des "cerveaux" ont fait des usines à gaz qu'on ne peut pas gérer des données sans SQL.

[Ikhar84]

Oui, on peut très bien gérer les données sans utiliser SQL. C'est ce que font la quasi totalité des utilisateurs.

Pour stocker, traiter, restituer, etc... de (relativement) gros volumes de données, qui plus est liées entres-elles, et qu'on veuille mettre les mains dans le cambouis, là, une solution robuste de gestion des données est indispensable. Impossible à réaliser à base de fichiers texte sans normalisation...

Accessoirement, il existe des solutions dites no-sql, ce qui ne veut pas dire qu'il n'y ait pas SQL en arrière plan...

Pour en revenir à la question du posteur, il est possible, avec des compétences de dev Java, de modifier les sources du projet pour obtenir un fonctionnement avec une base embarquée, j'essaierais de regarder dans la semaine si je peux proposer quelque chose...

Comme le dit pm, nous sommes bénévoles et aidons avec plaisir, dans la limite du temps que nous laisse nos occupations pros...

Si le projet est bien conçu, cela devrait être possible de modifier la couche d'accès aux données (adapter le dialecte SQL) et le fournisseur de données (le driver jdbc) sans tout refaire... puis de "précharger" le dump (le fichier SQL fourni). Je n'ai pas regardé le site en question en détails et pas télécharger les sources...

Il faut regarder aussi si l'auteur du projet autorise la modif.

[goaoute]

En fait, on ne sait pas si c'est un exercice étudiant ou un besoin personnel.
Moi je pars du principe que c'est un besoin personnel puisque "vincechimie" demande un exe (et donc un truc dans lequel il n'a pas à mettre les pognes, qu'il veut juste pouvoir exploiter pour traiter ses données).
Comme il paraît évident qu'il n'a pas la compétence pour se servir de l'usine à gaz, je lui propose de gérer ses données avec un truc simple (mais efficace).
Mais bon suite à un mp, il semble qu'il y ait problème pour accéder aux données brutes.
Donc, wait and see...

[vincechimie]

Salut,

Oui c'est un besoin personnel je ne suis plus étudiant depuis quelques années... Si j'ai posté ici c'est tout simplement que je voulais de l'aide ou des avis parce que mes connaissances dans ce domaine sont très limitées et que ce n'est pas mon métier, je suis chimiste donc rien à voir. Désolé pour mes réponses un peu éloignées de vos questions mais j'ai parfois du mal à comprendre votre jargon

Pour reprendre ton MP goaoute
Si c'est un truc perso, il faut avoir les données brutes.
Exemple:Lot B212; Echantillon N°5; Type: bactério ff6; Norme: ISO 12000; Méthode: fitration
Qui se résume en: B212; 5; bactff6; ISO 12000; filtration; les rubriques(Lot; Echantillon; Type; Norme; méthode) étant en tête de page.
En bref, d'où viennent les données ?

Concernant les données brutes voici un aperçu du cheminement recherché :

Saisie du numéro de lot (issu d'un ERP, ce lot correspond à un article ex : "SAVON AMANDE DOUCE 100g" et à un type d'article ici "SAVON")
Les tests et les normes sont propres à chaque type d'article.
Donc pour un lot crée en fonction de sont type d'article, création d'une "fiche de contrôle" avec les tests requis pour ce type d'article.
La saisie des résultats sur cette "fiche de contrôle" et la détection de résultats non conformes.

En gros c'est ce cheminement qu'offre FreeLIMS avec également la génération de certificats d'analyses entre autres...

J'espère que c'est compréhensible

a+

[Ikhar84]

Ok... bonne chance...
@pm: à 42 ans je suis encore un grand naïf...

[vincechimie]

Ikhar84 pourquoi dis tu que tu es naïf ? J'ai dit quelque chose de mal ?

[Ikhar84]

Non pas de soucis Vince, la simplicité est une des règles de base en informatique (et dans les domaines scientifiques).

Mais le simplisme ne peut conduire que droit au mur...

Le fofo est là pour que ceux qui possèdent les connaissances, les compétences, l'expertise, etc... la partagent, au bénéfice de tous, pas pour raconter des bêtises sans queue ni tête, sans l'ombre d'une réalisation possible...

Il y a des gars vraiment costaud ici, en info et en électronique, on ressent leur lassitude et leur départ représente une inestimable perte.

Je suis un professionnel de la pédagogie (prof) et pense être d'une patience à toute épreuve, mais je passe la main aux pros du progiciels en csv...

[goaoute]

Salut,

Oui c'est un besoin personnel je ne suis plus étudiant depuis quelques années... Si j'ai posté ici c'est tout simplement que je voulais de l'aide ou des avis parce que mes connaissances dans ce domaine sont très limitées et que ce n'est pas mon métier, je suis chimiste donc rien à voir. Désolé pour mes réponses un peu éloignées de vos questions mais j'ai parfois du mal à comprendre votre jargon

Pour reprendre ton MP goaoute
Si c'est un truc perso, il faut avoir les données brutes.
Exemple:Lot B212; Echantillon N°5; Type: bactério ff6; Norme: ISO 12000; Méthode: fitration
Qui se résume en: B212; 5; bactff6; ISO 12000; filtration; les rubriques(Lot; Echantillon; Type; Norme; méthode) étant en tête de page.
En bref, d'où viennent les données ?

Concernant les données brutes voici un aperçu du cheminement recherché :

Saisie du numéro de lot (issu d'un ERP, ce lot correspond à un article ex : "SAVON AMANDE DOUCE 100g" et à un type d'article ici "SAVON")
Les tests et les normes sont propres à chaque type d'article.
Donc pour un lot crée en fonction de sont type d'article, création d'une "fiche de contrôle" avec les tests requis pour ce type d'article.
La saisie des résultats sur cette "fiche de contrôle" et la détection de résultats non conformes.

En gros c'est ce cheminement qu'offre FreeLIMS avec également la génération de certificats d'analyses entre autres...

J'espère que c'est compréhensible

a+

ça, n'importe quel langage peut le faire, et sans SQL; mais là où ça coince c'est ça-->"génération de CERTIFICATS d'analyses"
Donc la techno est imposée, tu l'aurais dit au départ ça m'aurait éviter de me faire agonir par les "pros"

[polo974]

Bonjour,
je viens de voir ce sujet.
le soft en question est quand même déjà assez âgé (dernière version plus de 10 ans)...
bien sûr, il peut très bien fonctionner, mais il y a d'autres lims libres (mais pas en un clic) (voir par ex: https://medevel.com/top-10-foss-lims/ )

sinon, il y a https://github.com/BU-ISCIII/iSkyLIMS qui propose une vm virtualbox qui pourrait peut-être faire le job... (mais c'est orienté séquencement génomique)
ça déplace le pb à installer virtualbox, charger la vm et la lancer (ce qui n'est pas aussi simple que je ne l'ai écrit en 8 mots).

autre possibilité http://bibbox.bbmri-eric.eu/ (il y a aussi une vm virtualbox dans les ressources) ( https://github.com/bibbox ).

[Fustigator]

ça, n'importe quel langage peut le faire, et sans SQL; mais là où ça coince c'est ça-->"génération de CERTIFICATS d'analyses"
Donc la techno est imposée, tu l'aurais dit au départ ça m'aurait éviter de me faire agonir par les "pros"

Finalement, le coté surréaliste de tes interventions viennent seulement de tes difficultés de lectures ?

[goaoute]

Finalement, le coté surréaliste de tes interventions viennent seulement de tes difficultés de lectures ?

Du premier message, cite: "connaissances très limitées en bases SQL et java..."
"...Le problème est qu'il s'agit d'une app Java et base SQL..."
"...j'aimerai un logiciel classique exécutable..."
Avec la dernière citation il paraît clair que la techno n'est pas imposée.