technique de retard sur gel et immunoprécipitation de chromatine

[Lilalilalou3]

Bonjour,
J'ai du mal a comprendre la différence ( s'il y en a une ) entre la technique de retard sur gel (EMSA) et celle de l'immunoprécipitation de chromatine ( ChIP). Pour moi les deux permettent de déterminer s'il y a une interaction physique entre ADN et la protéine. Je ne comprend pas bien ce que le ChIP apporte à la méthode de retard sur gel? Cette technique est plus précise?

Merci d'avance pour vos réponses.

Lila
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[camulus]

Salut

Le retard sur gel permet de déterminer si le fragment d'ADN intéragit avec une protéine ou un complexe protéique (d'ou un retard de migration si tel est le cas). Mais ne donne aucune info sur l'identité de la protéine et de la séquence (même si pour la sequence il y a moyen de bricoler pour en savoir plus)

Le ChiP permet de déterminer la séquence d'ADN avec laquelle une protéine ou complexe protéique connu intéragit. C'est de l'IP sauf que là avec l'anticorps on fait tomber une protéine (d'ou la nécessité de connaitre son identité) qui intéragit avec, entre autre, des bouts de chromatine (préalablement digéré).

Camu

[Flyingbike]

pour résumer, en EMSA on connait la séquence et on peche des protéines (on peut en déterminer la nature par diverse méthodes ensuite)
en ChIP on connait la protéine et on pèche des séquences

[win04]

Salut
Alors haha je vais t'aider a y voir plus clair donc comme tu l'as comprise pour le retard sur gel on obtient plus ou moins un retard c'est a dire on peut obtenir seulement un retard resultant de l'interaction avec une protéine mais on peut aussi obtenir aussi un super retard resultant de l'interaction avec une protéine et son anticorps spécifique donc en soit la technique de retard sur gel permet en effet de démontrer une interaction prot/adn mais aussi dans certains cas avec l'utilisation du bon anticorps elle permet de detecter la proteine specifique qui était lié (dans le cas du super retard)
La Chip on vient tout juste de me l'expliquer et en effet moi aussi j'avais du mal a nuancer les deux
Je peux te detailler le protocole mais ce que tu dois retenir c'est qu'a la fin avec la chip on obtient carrément le fragment d'adn sur lequel la protéine s'est fixé ! donc non seulement il y a eu interaction mais on peut aller plus loin en t'informant précisément du site de liaison de la protéine a l'ADN.
Donc l'une permet : interaction or not ?
L'autre : interaction oui mais ou exactement ?
J'espère avoir été clair et surtout de ne pas t'avoir dis de betises
Bonne soirée

[A voir en vidéo sur Futura]