Dans mon école doctorale, la première étape est l'autorisation à envoyer le manuscrit aux rapporteurs (pour cette première étape, il faut leur fournir des preuves de publication (ou de soumission) des articles, la liste des rapporteurs, la date de soutenance et bien sur le manuscrit). A l'issu de cette étape on a l'autorisation d'envoyer le manuscrit aux rapporteurs.
C'est seulement lorsque l'école doctorale recoit les rapports des rapporteurs qu'elle autorise (ou non) la soutenance.
Dans mon école doctorale, il y a aussi aussi 60 heures de modules à valider sur 3ans (il est possible d'avoir des dérogations dans le cadre du monitorat ou des thèses CIFRE par exemple).
Pour en revenir au cas des thèses confidentielles, je pense qu'il y'a possibilité d'obtenir une dérogation pour les publications, car lors de l'inscription en doctorat, on doit préciser si la thèse est confidentielle ou non.