C'est sous ce titre provocateur que Wiley et Michaels tirent la sonnette d'alarme concernant les logiciels enfermant les données brutes issues d'expérience de biologie dans des formats propriétaires. Cet article (Nature Biotechnology 22, 1037 - 1038) parle surtout des risques liés à l'opacité des formats informatique en biologie mais la question peut-être posée dans tous les domaines (scientifiques ou non) : est-ce que votre logiciel favori peut vous prendre en otage, vous et vos données ?
(normalement, l'article est disponible pour tout le monde mais, au cas où, voici un petit résumé)
La biologie commence à développer ses besoins informatiques. Son nombre d'utilisateurs potentiels est bas. De plus, ses besoins sont spécifiques et requièrent plus que du bidouillage dans un coin de labo. Tout ceci fait en sorte que le développement de logiciels pour la biologie est onéreux.
Les outils "open source" sont bien développés en génomique et bioinformatique. Les bases de données, souvent issues d'organismes publics, sont ouvertes et les formats connus, dans ces 2 domaines.
Mais, pour les autres domaines, les logiciels fermés ont le dessus et "en profitent" pour enfermer les utilisateurs. Soit ces logiciels sont vendus au prix coûtant et sont peu achetés. Soit ces logiciels sont vendus avec un matériel qu'ils sont les seuls à savoir diriger et les données arrivent souvent dans un format fermé. Bien sûr, il y a souvent une fonction d'export mais les données brutes ou les analyses avancées ne sont pas souvent disponibles, ce qui fait perdre beaucoup d'intérêt à ces fonctions.
La fermeture des formats impliquent aussi des conséquences au niveau de l'accessibilité (quid des données lorsque le logiciel n'est plus développé et ne fonctionne plus sur les nouvelles versions des OS ?) et de la sécurité (quid des données lorsqu'on laisse le logiciel sur un OS qui n'est plus supporté par son fabricant ?).
Les auteurs finissent leur article en disant que dans un véritable marché concurrentiel, les formats fermés ne pourront pas survivre, que les logiciels open source sont la solution la plus alléchante mais, malheureusement, impraticable dans l'immédiat (par manque de biologistes écrivant du code libre) et que la solution pratique immédiate serait que les biologistes et industriels des logiciels travaillent ensembles pour la disponibilité des données (l'ouverture des formats de fichiers).
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