Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique
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Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique



  1. #1
    Nemoclay

    Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique


    ------

    Jerry Coyne pour ceux qui ne le connaissent pas est un biologiste de l'évolution, il est aussi connu pour avoir écrit un livre "Why evolution is true ?".

    Sur son blog personnel il a posté cet article un peu coup de gueule sur la façon de considérer l'épigénétique.

    Mauvaise foi ou bon sens ?

    Qu'en pensez-vous ?

    Cordialement

    -----

  2. #2
    MadMarx

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    J'ai pas encore fini de lire l'article ( pffff, il en a des choses à dire ), mais je dois dire que j'ai quelque fois vu les dégats que provoque l'insertion des concepts "épigénétique" et "lamarckisme" dans la discussion. Impossible de parler de population proprement quand c'est le cas. Faut croire que les parents transforment littéralement l'espèce via leur propre reproduction.
    Je suis assez stupéfait aussi quand je lis que la transmission du savoir est une forme d'hérédité lamarckiste ... Va falloir que quelqu'un m'explique ça un jour ...

  3. #3
    shmikkki

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    Bonjour à a tous!

    Je suis désolé mais je n'ai pas encore lu l'article de Coyne, comme dit MadMarx, c'est long!!!

    Par contre, juste pour répondre:

    Citation Envoyé par MadMarx Voir le message
    Je suis assez stupéfait aussi quand je lis que la transmission du savoir est une forme d'hérédité lamarckiste ... Va falloir que quelqu'un m'explique ça un jour ...
    C'est assez simple en fait. Une unité comportementale (un "même" pour Dawkins) peut être vu comme un gène: Il est transmis à la descendance, il a une influence sur la fitness (donc soumis à la sélection) et est variable. Le meilleur exemple qui y est: La langue.
    Ce même peut s’acquérir au long de la vie. Par exemple: Un français va s'installer au Pérou et apprend l'espagnol (il acquiert un même). Puis il se mari avec un péruvienne et il fait des enfants avec elle, et apprend l'espagnol a ses enfants (transmission verticale, donc héritabilité), ce qui aura une influence non négligeable sur leur fitness ahma (donc soumis à l'évolution)!.
    On voit bien dans ce schéma qu'il y a eu transmission d'un caractère acquis. Ce qui est très souvent rapproché avec la théorie lamarckienne. Mais attention, il ne faut pas résumer Lamark à simplement "théorie des caractère acquis" (on en avait parlé dans un topic il y a peut être 3 mois dans le forum biologie).

    Pour compléter: http://champagnelab.psych.columbia.e...hampagneNR.pdf
    Rien en biologie n'a de sens, si ce n'est à la lumière de l'évolution - Dobzhansky

  4. #4
    Nemoclay

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    Bonjour shmikkki,

    J'ai hâte que tu lise l'article pour que tu me dise ce que tu en pense ^^

    Cordialement

  5. A voir en vidéo sur Futura
  6. #5
    MadMarx

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    Citation Envoyé par shmikkki Voir le message
    C'est assez simple en fait. Une unité comportementale (un "même" pour Dawkins) peut être vu comme un gène: Il est transmis à la descendance, il a une influence sur la fitness (donc soumis à la sélection) et est variable. Le meilleur exemple qui y est: La langue.
    Ce même peut s’acquérir au long de la vie. Par exemple: Un français va s'installer au Pérou et apprend l'espagnol (il acquiert un même). Puis il se mari avec un péruvienne et il fait des enfants avec elle, et apprend l'espagnol a ses enfants (transmission verticale, donc héritabilité), ce qui aura une influence non négligeable sur leur fitness ahma (donc soumis à l'évolution)!.
    On voit bien dans ce schéma qu'il y a eu transmission d'un caractère acquis. Ce qui est très souvent rapproché avec la théorie lamarckienne. Mais attention, il ne faut pas résumer Lamark à simplement "théorie des caractère acquis" (on en avait parlé dans un topic il y a peut être 3 mois dans le forum biologie).

    Pour compléter: http://champagnelab.psych.columbia.e...hampagneNR.pdf
    Je pense avoir bien compris cette partie là, mais d'après moi, le problème est ailleurs.
    La théorie des caractères acquis concerne l'hérédite, donc ce qui est transmis à un individu par ses ancètres direct non ? La transimission du savoir ne correspond pas nécéssairement à cette définition.
    Ensuite, si on considère tout savoir comme un caractère acquis dans le sens de la théorie des caractères acquis, alors la logique nous commande d'évaluer les possessions matérielles de la même manières, or, je crois qu'on fini par se retrouver face à des contradictions.
    On observe que ce ne sont pas forcément les pays qui ont les ressources pour nourrir plus de monde qui se reproduisent le plus.
    On pourrait faire la même remarque à propos du niveau d'étude par exemple. Il me semble que la première naissance est plus tardive et le nombre d'enfants moins élevé quand le niveau d'éude augmente ... ( J'ai un peu la flemme de chercher les chiffres là, désolé lol. mais je suis sûr qu'on peut en trouver facilement sur le site de l'insee par exemple )
    Bref, je ne suis même pas sûr qu'on puisse trouver les corrélations pertinentes ...

    Bien sûr, l'exemple que tu choisis parait pertinent, mais on pourrait rétorquer qu'on se retrouve devant quelque chose de totalement aléatoire. Un coup c'est le pérou, un coup c'est un des autres pays, un coup c'est un milieu sociale défini par la richesse, un coup c'est le niveau d'étude, ou les centres d'intérêts, ou la condition physique ... Bref, quelle tendance devrait se dégager ?

  7. #6
    shmikkki

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    Hello!
    Ça y est, j'ai lu l'article. Et ben, ça pour un coup de gueule, c'est un coup de gueule, il n'y va pas avec le dos de la cuillère!
    Honnêtement, je ne m'y connais pas grand chose sur l'épigénétique ... je ne connais que les méthylations, mais c'est tout. Coyne dit qu'il n'y a pas d'exemple d’héritabilité d'un caractère épigénétique acquis, mais j'en connais quand même un. Il y a l'exemple des souris. On a observé que lorsque les petits sont mal nourris, il y a méthylation de l'ADN, ce qui change leur caractère et les pousse à leur tour à mal nourrir leurs petits. Le nourrissage des petits est essentiel pour leur capacité adaptative (et celle de leur parents!), donc soumis à la sélection, donc ce type d'héritabilité des caractères acquis a une influence non-négligeable sur l'histoire évolutive de ces bestioles!
    C'est bien expliqué là: http://champagnelab.psych.columbia.e...hampagneNR.pdf
    Cet article est un article résumant les forme d'héritabilité non-génétique, pouvant être soumis à la sélection .... DONC ayant un rôle non-négligeable dans l'évolution!
    Un autre ici de Bonduriansky: http://www.sciencedirect.com/science...69534712000493

    En plus, bon ça c'est que l'épigénétique, mais lorsque on s'intéresse à la culture, là c'est autre chose! Et je pense franchement que oui, il faut sortir de cette idée que l'évolution des organismes ne peut s'appliquer que par le biais des gènes. Il a d'autres formes d'héritabilité, et la culture en est la forme la plus puissante chez l'Homme.

    Bref, Coyne est quand même un peu "old school" ..
    Rien en biologie n'a de sens, si ce n'est à la lumière de l'évolution - Dobzhansky

  8. #7
    shmikkki

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    Citation Envoyé par MadMarx Voir le message
    On observe que ce ne sont pas forcément les pays qui ont les ressources pour nourrir plus de monde qui se reproduisent le plus.
    ? Je ne comprend pas pourquoi cette remarque. On dirait que tu parle de sélection, alors que je croyais que tu parlais plus d'héritabilité.

    Citation Envoyé par MadMarx Voir le message
    Bien sûr, l'exemple que tu choisis parait pertinent, mais on pourrait rétorquer qu'on se retrouve devant quelque chose de totalement aléatoire. Un coup c'est le pérou, un coup c'est un des autres pays, un coup c'est un milieu sociale défini par la richesse, un coup c'est le niveau d'étude, ou les centres d'intérêts, ou la condition physique ... Bref, quelle tendance devrait se dégager ?
    Pour être plus clair:
    Ce que je dis c'est que pour qu'il y est évolution il faut sélection + héritabilité + variabilité, et c'est tout.
    On est tous d'accord pour dire que la sélection se retrouve à peu près partout dans la nature et chez l'Homme. Si sélection il y a, alors variabilité il y a (et oui, la sélection sélectionne des variants, donc il y a nécessairement de la variabilité).
    Donc voilà, tout le débat réside dans l'héritabilité. Y-a-t'il d'autres formes d'héritabilité que les gènes? Moi je dis, OUI, et notamment la culture chez l'Homme. Mais attention, pas tous les types de culture, il faut chercher lesquelles (pour moi la langue en fait parti, et par exemple notre intérêt pour divers sujet n'en font pas parti). Mais il est clair que ça me parait évident qu'il existe des formes d'héritabilité culturelles soumis à la sélection (donc ayant un rôle dans l'évolution). Pour appuyer cela, on peut regarder par exemple les pays européens: Aucune différenciation génétique entre tous (je rappelle que sur la planète on distingue 5 cluster génétiques ... les 5 continents, ce qui entre parenthèse montre parfaitement les barrières géographiques au flux génique entre les populations (l'océan en est une belle!)) mais pourtant un espagnol ne ressemble pas à un suédois (mis à part les cheveux et la couleur de peau hein) et un allemand ne ressemble pas à un grec. Pourquoi? Parce qu'il n'ont pas la même culture. Mais alors? Pourquoi cette différence entre allemand et grecs reste marquée même après qu'un allemand vienne habiter en Grèce? C'est comme s'il y avait une forme d'héritabilité (comme lorsque on fait des cross-fostering en écologie pour tester l'influence de l'environnement VS celle des gènes).
    En fait j'ai pas l'impression d'être très clair ... désolé .
    Rien en biologie n'a de sens, si ce n'est à la lumière de l'évolution - Dobzhansky

  9. #8
    MadMarx

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    Je pense que je peux être un peu plus précis.

    Quel est l'avantage évolutif pour un lion ( eh oui encore les lions, je regarde trop de docu sur la nature africaine ) de se nourrir de buffles plutôt que de gnous ? En fait, il n y'en a pas. Les lions se nourrisent de ce qui est disponible. C'est juste comme ça que ça marche : Les lions chassent ce qui peut être chassé. On s'attend à ce qu'ils chassent quelque soit l'espèce disponible. Et bien sûr, les lionnes vont apprendre à leur jeunes à chasser les proies qu'elles ont l'habitude de chasser puisque ce sont elles qui sont disponibles et pas les autres. Les techniques ont quelques spécifiques : il y'a donc transmission du savoir et apprentissage. Tout ça est contingent du type de proie, mais le type de proie disponible dépend du hasard. Ca pourrait tout aussi bien être la vache normande. Au final on s'attend à ce que le lion chasse de toute manière et les variations qui en découle ne sont pas forcément pertinentes.

    L'exemple de la langue, c'est la même chose. On s'attend à ce que l'humain parle une langue. il va choisir celle qui lui permet d'interagir avec ses congénères géographiquement proches, et on s'attend aussi à ce que ses enfants parlent la même lanque pour les mêmes raisons. mais la langue en elle même n'a que peu de pertinence. Il faut juste une langue, comme il faut une proie. il ne peut en être autrement.

    En gros, je trouve qu'on débouche facilement sur un raisonnement tautologique. Les activités d'une espèce impliquant nécéssairement certaines variations, qui sont, disons "post-évolution" ou bien "parallèle" à l'évolution.

    Bon, maintenant, puisque tu as posté pendant que j'écrivais, il faut que j'ajoute quelque chose !

    La théorie des caractères acquis était censée expliquer la diversité biologique. Hors ce n'est pas le cas apparemment. Donc, pour moi utiliser le terme de lamarckisme pour parler d'un caractère, certes acquis, mais dans le sens général, et pas spécifique à l'idée du lamarckisme, semble impropre. Des tas des choses vont arriver à l'individu durant sa vie, est ce qu'il faut tout prendre en compte uniquement parce qu'on peut construire une phrase ayant du sens en utilisant la même terminologie pour décrire tous ces évènements ? Non, le contexte théorique est important. C'est pour ça que les analogies ont des limites. Eh bien là c'est pareil : Sorti du contexte d'une explication pour la biodiversité, on peut appeler tout ce qu'on veut "caractère acquis", ça ne veut pas dire que ce sont des exemples de lamarckisme.

  10. #9
    MadMarx

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    Citation Envoyé par shmikkki Voir le message
    ? Je ne comprend pas pourquoi cette remarque. On dirait que tu parle de sélection, alors que je croyais que tu parlais plus d'héritabilité.
    J'ai oublié de répondre à ça

    Dans le contexte de ce que je viens de dire, je pense que c'est plus clair. L'idée du lamarckisme à l'origine c'est que les caractères acquis sont sélectionnés. Hors, peut on démontrer qu'un savoir spécifique ou la richesse par exemple sont sélectionnés ? Il faut que ça donne un avantage reproductif. Mais la corrélation n'est pas démontrée pour les exemples cités.

  11. #10
    MadMarx

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    Pour en revenir à l'article de Coyne, il me semble que je connais l'exemple dont tu parles Shmikkki ( les souris ), ou du moins quelque chose de similaire. L'effet n'est il pas tellement fragile qu'il peut être renversé à tout moment ? Il me semble me souvenir que la probabilité que ça tienne plus de quelque générations est très faible.
    Par contre j'avoue que je n'ai pas lu les sources que tu as fourni parce que je suis en overdose de lecture en anglais là !

  12. #11
    Nemoclay

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    Bref, Coyne est quand même un peu "old school" ..
    C'était a peu près l'idée que je m'en suis fait aussi.

    Merci pour les publis (Comme par hasard tu m'en passe une ou Anne à écrit dedans ^^ )

    Je suis complètement d'accord avec toi en ce qui concerne l'évolution culturelle, par contre concernant l'épigénétique et l'évolution j'ai quelques remarques à faire. Ce qui m’énerve c'est que des gens dissocient complètement la génétique et l'épigénétique et ont tendance à dire que cela "contredit" le schéma classique de l'évolution. Ce qui est archi-faux car en réalité si on réfléchit bien une partie non négligeable des mécanismes épigénétiques sont eux mêmes mis en place par des protéines. Et ces protéines d'ou viennent-elles ? Elles sont codées par quoi ? Et bien par les gènes pardi ! De plus les changements épigénétiques même s'il ne modifient par les séquences ils modifient quoi ? L'ADN toujours... Ce n'est plus une modification de séquence mais de structure par le biais d'un marquage biochimique (méthylation, acétylation, modification des histones..). Du coup on devrait considérer comme mutation toute modification de l'ADN et ne pas limiter ce terme uniquement aux modification des séquences. Ainsi il n'y aurait plus d'opposition stricte entre génétique/épigénétique.
    Cela réduit déjà bien l'aspect soit disant contradictoire avec la vision classique. De plus pour contredire une théorie, il faut des faits qui vont à son encontre, et non des éléments augmentant sa complexité.

  13. #12
    Nemoclay

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    Ainsi il n'y aurait plus d'opposition stricte entre génétique/épigénétique.
    Hormis le fait que les modifications épigénétiques semblent plus labiles que les mutations classiques.

    Petite correction:
    même s’ils ne modifient par les séquences
    "pas"
    Dernière modification par Nemoclay ; 16/01/2013 à 17h27.

  14. #13
    MadMarx

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    Citation Envoyé par Nemoclay Voir le message

    Ce qui m’énerve c'est que des gens dissocient complètement la génétique et l'épigénétique et ont tendance à dire que cela "contredit" le schéma classique de l'évolution.
    Peut être à cause d'un amalgame entre épigénétique et ce qu'on appelle vulgairement le lamarckisme ?

  15. #14
    Alhec

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    Citation Envoyé par shmikkki Voir le message
    Hello!
    Ça y est, j'ai lu l'article. Et ben, ça pour un coup de gueule, c'est un coup de gueule, il n'y va pas avec le dos de la cuillère!
    Honnêtement, je ne m'y connais pas grand chose sur l'épigénétique ... je ne connais que les méthylations, mais c'est tout. Coyne dit qu'il n'y a pas d'exemple d’héritabilité d'un caractère épigénétique acquis, mais j'en connais quand même un. Il y a l'exemple des souris. On a observé que lorsque les petits sont mal nourris, il y a méthylation de l'ADN, ce qui change leur caractère et les pousse à leur tour à mal nourrir leurs petits. Le nourrissage des petits est essentiel pour leur capacité adaptative (et celle de leur parents!), donc soumis à la sélection, donc ce type d'héritabilité des caractères acquis a une influence non-négligeable sur l'histoire évolutive de ces bestioles!
    C'est bien expliqué là: http://champagnelab.psych.columbia.e...hampagneNR.pdf
    Cet article est un article résumant les forme d'héritabilité non-génétique, pouvant être soumis à la sélection .... DONC ayant un rôle non-négligeable dans l'évolution!
    Un autre ici de Bonduriansky: http://www.sciencedirect.com/science...69534712000493

    En plus, bon ça c'est que l'épigénétique, mais lorsque on s'intéresse à la culture, là c'est autre chose! Et je pense franchement que oui, il faut sortir de cette idée que l'évolution des organismes ne peut s'appliquer que par le biais des gènes. Il a d'autres formes d'héritabilité, et la culture en est la forme la plus puissante chez l'Homme.

    Bref, Coyne est quand même un peu "old school" ..
    Tu passes complètement à côté de l'argumentation de Coyne. Ton motif de métylation de l'ADN, il est lui-même encodé dans l'ADN. Donc cela reste de l'épigénétique, mais qui a une base héréditaire tout à fait classique. Ou alors il faut que tu prouves que la méthylation est due à la malnutrition en elle-même et qu'aucun gène préexistant n'est impliqué.
    De plus, dans ton exemple, ton héritabilité n'est pas adaptative. Seront sélectionné les individus qui ne réagissent pas à la méthylation, oui qui peuvent la "supprimer", et ça je fais le pari que ça repose sur des mécanismes encodés dans le génome.

    Je fais remarquer aussi que héritabilité et évolution ne sont pas nécessairement liés. Je crois que Coyne a raison, s'il existe bien des changements épigénétiques qui se transmettent, il reste à prouver qu'ils sont impliqués dans les mécanismes de sélection.

  16. #15
    Alhec

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    Citation Envoyé par Nemoclay Voir le message
    C'était a peu près l'idée que je m'en suis fait aussi.

    Merci pour les publis (Comme par hasard tu m'en passe une ou Anne à écrit dedans ^^ )

    Je suis complètement d'accord avec toi en ce qui concerne l'évolution culturelle, par contre concernant l'épigénétique et l'évolution j'ai quelques remarques à faire. Ce qui m’énerve c'est que des gens dissocient complètement la génétique et l'épigénétique et ont tendance à dire que cela "contredit" le schéma classique de l'évolution. Ce qui est archi-faux car en réalité si on réfléchit bien une partie non négligeable des mécanismes épigénétiques sont eux mêmes mis en place par des protéines. Et ces protéines d'ou viennent-elles ? Elles sont codées par quoi ? Et bien par les gènes pardi ! De plus les changements épigénétiques même s'il ne modifient par les séquences ils modifient quoi ? L'ADN toujours... Ce n'est plus une modification de séquence mais de structure par le biais d'un marquage biochimique (méthylation, acétylation, modification des histones..). Du coup on devrait considérer comme mutation toute modification de l'ADN et ne pas limiter ce terme uniquement aux modification des séquences. Ainsi il n'y aurait plus d'opposition stricte entre génétique/épigénétique.
    Cela réduit déjà bien l'aspect soit disant contradictoire avec la vision classique. De plus pour contredire une théorie, il faut des faits qui vont à son encontre, et non des éléments augmentant sa complexité.
    Je pense que Coyne ne dit pas autre chose que ça. Les vrais changement épigénétiques héréditaires auraient finalement tous une base génétique classique... Il me semble qu'il y a une tendance chez certains à oublier ce qu'est un organisme vivant: un "lecteur" et réplicateur d'ADN.

  17. #16
    shmikkki

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    Citation Envoyé par Alhec Voir le message
    Tu passes complètement à côté de l'argumentation de Coyne. Ton motif de métylation de l'ADN, il est lui-même encodé dans l'ADN. Donc cela reste de l'épigénétique, mais qui a une base héréditaire tout à fait classique. Ou alors il faut que tu prouves que la méthylation est due à la malnutrition en elle-même et qu'aucun gène préexistant n'est impliqué.
    Mais enfin, comment peux-tu affirmer comme ça que c'est un mécanisme classique d'hérédité. On est quand même en présence de la transmission d'un caractère acquis à la descendance! Qui est quelque chose longtemps rejeté par les généticiens et les évolutionnistes qui ont fondé la théorie synthétique de l'évolution!
    Si tu prend le souriceau et que dès la naissance tu le nourris bien, il n'aura pas de propension en mal nourrir ses petits. Si au contraire le souriceau est mal nourris, il aura tendance à l'âge adulte à mal nourrir ses petits (peu importe la quantité de nourriture présente dans le milieu.
    Regarde le papier de Bonduriansky, je suis vraiment d'accord avec lui quand il dit qu'il faut faire un appel à une théorie un peu plus élargi, prenant en compte l'héritabilité inclusive (c'est à dire sous toute ses formes).

    Citation Envoyé par Alhec Voir le message
    De plus, dans ton exemple, ton héritabilité n'est pas adaptative. Seront sélectionné les individus qui ne réagissent pas à la méthylation, oui qui peuvent la "supprimer", et ça je fais le pari que ça repose sur des mécanismes encodés dans le génome.
    Je crois que tu n'as pas très bien compris: On a une transmission d'un caractère acquis à la descendance. Ce caractère porte sur le nourrissage des petits, et je ne pense pas que tu peux nier que le nourrissage des petits est intrinsèquement lié à la fitness! Un caractère lié à la fitness est soumis à la sélection, c'est tout (c'est la définition même).

    Citation Envoyé par Alhec Voir le message
    Je fais remarquer aussi que héritabilité et évolution ne sont pas nécessairement liés.
    Ah????
    L'héritabilité est nécessaire à l'évolution.
    Pas de transmission sous quelque forme que ce soit, pas d'évolution.
    Dernière modification par shmikkki ; 16/01/2013 à 20h51.
    Rien en biologie n'a de sens, si ce n'est à la lumière de l'évolution - Dobzhansky

  18. #17
    JPL
    Responsable des forums

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    Citation Envoyé par MadMarx Voir le message
    Dans le contexte de ce que je viens de dire, je pense que c'est plus clair. L'idée du lamarckisme à l'origine c'est que les caractères acquis sont sélectionnés.
    Ce n'est pas du tout l'essentiel du lamarckisme, je dirais même que c'est un détail. L'histoire du cou de la girafe n'occupe que quelques lignes dans un ouvrage volumineux. D'ailleurs Darwin n'excluait pas du tout ce type d'hérédité. L'essentiel du système de Lamarck était plutôt que les organismes évoluaient sous la pression d'une "force" interne, mais détailler serait hors sujet. Donc parlons de l'hypothèse d'une hérédité des caractères acquis, mais oublions le lamarckisme dans ce contexte.
    Rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant - Pierre Dac

  19. #18
    Nemoclay

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    Citation Envoyé par Alhec Voir le message
    Je pense que Coyne ne dit pas autre chose que ça. Les vrais changement épigénétiques héréditaires auraient finalement tous une base génétique classique... Il me semble qu'il y a une tendance chez certains à oublier ce qu'est un organisme vivant: un "lecteur" et réplicateur d'ADN.
    Tes propos sont à nuancer, car les choses sont plus compliquées en réalité.

    Certains biologistes de l'évolution (dont Dawkins) suggèrent que la capacité à évoluer (et donc à s'adapter) peut elle même évoluer. Autrement dit cette capacité à évoluer (évolvabilité) serait soumise à la sélection naturelle. On trouve certaines preuves de ça, l'existence de gènes mutateurs c'est à dire qui provoquent des mutations, cela pourrait également expliquer l'apparition du sexe etc..
    Pour ma part (c'est juste une hypothèse personnelle) je pense que l'épigénétique en est aussi une conséquence, car l'épigénétique a le potentiel d'améliorer la capacité à évoluer/s'adapter.

    Mais le niveau ultime de la sélection reste les gènes, car comme je l'ai dit plus tôt, une part de l'épigénétique (et donc de l'hérédité acquise) à elle-même une origine génétique . Les gènes conférant cette capacité améliorent l'aptitude à survivre et à se reproduire de leurs machines, donc naturellement ces gènes deviennent plus fréquent dans le pool génique.

    Cordialement.
    Dernière modification par Nemoclay ; 16/01/2013 à 22h44.

  20. #19
    Alhec

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    Citation Envoyé par shmikkki Voir le message
    Mais enfin, comment peux-tu affirmer comme ça que c'est un mécanisme classique d'hérédité. On est quand même en présence de la transmission d'un caractère acquis à la descendance! Qui est quelque chose longtemps rejeté par les généticiens et les évolutionnistes qui ont fondé la théorie synthétique de l'évolution!
    Si tu prend le souriceau et que dès la naissance tu le nourris bien, il n'aura pas de propension en mal nourrir ses petits. Si au contraire le souriceau est mal nourris, il aura tendance à l'âge adulte à mal nourrir ses petits (peu importe la quantité de nourriture présente dans le milieu.
    Regarde le papier de Bonduriansky, je suis vraiment d'accord avec lui quand il dit qu'il faut faire un appel à une théorie un peu plus élargi, prenant en compte l'héritabilité inclusive (c'est à dire sous toute ses formes).



    Je crois que tu n'as pas très bien compris: On a une transmission d'un caractère acquis à la descendance. Ce caractère porte sur le nourrissage des petits, et je ne pense pas que tu peux nier que le nourrissage des petits est intrinsèquement lié à la fitness! Un caractère lié à la fitness est soumis à la sélection, c'est tout (c'est la définition même).



    Ah????
    L'héritabilité est nécessaire à l'évolution.
    Pas de transmission sous quelque forme que ce soit, pas d'évolution.
    Et cette modification de l'ADN, elle se fait par magie? Elle n'est pas le résultat de l'action d'un ou plusieurs gènes suite à la malnutrition? Si elle est le résultat de l'action de gènes, la sélection agira sur les gènes. C'est bien beau tout ça, mais je le répète, dire "c'est héréditaire', ne m'éclaire pas sur l'évolution par sélection. Donc, dans ton exemple, sur quoi la sélection va-t-elle agir? Quels individus va-t-elle sélectionner?

    Si tu me démontres que l'évolution ne va pas sélectionner des individus résistant à la méthylation grâce à des traits génétiques particuliers, ou contre-sélectionner ceux qui y sont sensibles à cause de particularités génétique, j'admettrai qu'il faut élargir la théorie ou la révolutionner.

    Je rappelle que l'enjeu, ce n'est pas de voir s'il y a des caractères acquis héréditaires, mais si leur présence permet de réfuter ou de montrer que le schéma classique variation génétique aléatoire des gènes- sélection de variants, n'est pas le seul mécanisme d'évolution par sélection naturelle.

    Donc, y a-t-il des exemples de modifications épigénétiques qui induiront un phénomène de sélection qui ne peut pas être ramené à des variations de séquences génétiques? Là, on aurait effectivement quelque chose de vraiment révolutionnaire.

    Toute l'idée est bien là, trouver une forme d'hérédité qui ne reposerait pas sur les séquences nucléotidiques.

  21. #20
    toothpick-charlie

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    Citation Envoyé par Alhec Voir le message
    Je fais remarquer aussi que héritabilité et évolution ne sont pas nécessairement liés.
    bonjour,

    tu peux préciser cette phrase? elle va à l'encontre de ce que je pensais.

  22. #21
    Nemoclay

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    Alhec la transmission à la descendance de certains caractères phénotypiques acquis existe (via l'épigénétique) mais cela reste labile et n’est pas durable à l’échelle de nombreuses générations. Comme je l'a dit cela correspond à un marquage biochimique du patrimoine génétique qui influe sur son expression, mais non à une information génétique propre.
    Cela dit un modification épigénétique peut potentiellement (je suis sûr qu'il doit y avoir des exemples) procurer un avantage sélectif au niveau de l'individu.
    Il est probable que des gènes ont "construit" cette nouvelle forme d'hérédité à court terme qu'est l'hérédité acquise, en y réfléchissant c'est comme les mèmes, les gènes ont construit des cerveaux capables d'imitation et d'apprentissage, c'est ainsi qu'une nouvelle forme d'hérédité et donc d'évolution a pris son envol. (Juste une précision, l'hérédité culturelle, elle a un transmission horizontale et verticale) Tout ces éléments améliorent la capacité à évoluer.

    Mais je suis d'accord que ces éléments ne contredisent pas la vision classique, cela rajoute des paramètres à prendre en compte. Je me répéte mais pour contredire une théorie il faut des faits qui aillent à son encontre pas qui en augmente la complexité.
    Il faut juste une "synthèse étendue" qui en plus des concepts fondamentaux inclurait les concepts suivants: L'évolvabilité, l'épigénétique, la culture(au sens biologique du terme) et la sélection multiniveaux (même si le niveau ultime reste les gènes).

    Cordialement.
    Dernière modification par Nemoclay ; 17/01/2013 à 11h06.

  23. #22
    Alhec

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    Citation Envoyé par toothpick-charlie Voir le message
    bonjour,

    tu peux préciser cette phrase? elle va à l'encontre de ce que je pensais.
    C'est effectivement mal dit. Je vais donner un exemple: dans une région d'un chromosome, disons "R" une mutation remplace un C par un G. Mettons que cette mutation survienne dans les cellules gonadiques. Ce sera transmis à la descendance, c'est héréditaire. Cependant, imaginons que cette mutation n'aie aucun effet sur la fitness, elle est neutre. Chez le descendant, une nouvelle mutation au même endroit apparaît, dans les cellules sexuelles de nouveau. Admettons que ce soit une réversion. Le G "redevient" un C.
    On a bien un trait héréditaire qui n'a eu aucun impact sur l'évolution.

    Je voulais juste montrer que l'hérédité d'un trait ne signifie pas nécessairement que ce trait joue un rôle dans l'évolution. Cela dit dans l'exemple donné il y a bien un effet de la modification épigénétique.

    Par contre l'évolution nécessite absolument l'hérédité, on est bien d'accord

  24. #23
    toothpick-charlie

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    je ne comprends pas ce paragraphe :

    A single fertilized female, for example, carries fully half of the heritable genetic variation of the population from which she came. That fertilized female carries fewer forms of genes than does her population, but those variants that are present are there in high frequencies (this is because a single fertilized female has four genomes, so each variant gene has a frequency of at least 25% in the next generation.)
    quels sont ces quatre génomes? En comptant son génome plus celui d'un oeuf fertilisé je n'arrive qu'à 3 versions de chaque gène (les deux de la femelle plus une du mâle). Il m'en manque une...

    et de plus je ne vois pas en quoi ça représente la moitié de la variation de la population.

    si une bonne âme veut bien m'expliquer...

  25. #24
    toothpick-charlie

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    Citation Envoyé par Alhec Voir le message
    Je voulais juste montrer que l'hérédité d'un trait ne signifie pas nécessairement que ce trait joue un rôle dans l'évolution.
    ah ok. Les traits neutres sont hérités mais ne jouent pas de rôle dans l'évolution. Sachant que ce qui est neutre à un moment donné peut ne plus l'être ensuite.

  26. #25
    Alhec

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    Pourquoi 3? Le mâle est diploïde aussi a priori. Donc si on compte pour la femelle: un allèle venant de sa mère, un allèle venant de son père. Pareil pour le mâle.

    Par contre la première phrase, effectivement, je ne suis pas certain de voir ce qu'il veut dire. Je soupçonne une nuance entre "genetic variation" et 'forms of genes".

  27. #26
    toothpick-charlie

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    donc : la mère : 2 allèles. L'oeuf : 2 allèles. Mais l'un des allèles de l'oeuf est le même que l'un des allèles de la mère. Ca fait donc 3. Ou bien?

  28. #27
    Alhec

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    Non ça fait 2 dans ce cas. L'oeuf a un allèle du père et un de la mère. Mais si la femelle a suffisamment de descendants, on aura les 4 allèles représentés dans la descendance.
    Non? Ou bien j'ai rien compris.

  29. #28
    toothpick-charlie

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    ah oui pour moi femelle fertilisée ça pouvait dire qu'elle portait un seul oeuf. Si elle en a plusieurs et surtout s'il y a plusieurs mâles ça peut faire plus d'allèles.

  30. #29
    MadMarx

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    Citation Envoyé par JPL Voir le message
    Ce n'est pas du tout l'essentiel du lamarckisme, je dirais même que c'est un détail. L'histoire du cou de la girafe n'occupe que quelques lignes dans un ouvrage volumineux. D'ailleurs Darwin n'excluait pas du tout ce type d'hérédité. L'essentiel du système de Lamarck était plutôt que les organismes évoluaient sous la pression d'une "force" interne, mais détailler serait hors sujet. Donc parlons de l'hypothèse d'une hérédité des caractères acquis, mais oublions le lamarckisme dans ce contexte.
    Oui oui, je sais, je me suis laissé aller. Mais l'origine du mot ne change rien à ce que j'ai dit. Au départ, il y avait le fait qu'on tombe parfois sur des gens qui place chaque phénomène épigénétique dans un contexte d'opposition entre la théorie actuelle et celle qui dit que chaque modification de l'individu est transmis à la descendance ( en général appelé lamarcksime, d'où ma négligence ). Je voulais juste pointer du doigt que non seulement il me semble que ce n'est pas la question ( comme il a été dit par d'autres dans la discussion ) mais que surtout parler d'hérédité pour le savoir me paraît être un raccourci.

  31. #30
    shmikkki

    Re : Article sur le blog de Jerry Coyne sur l'épigénétique

    Citation Envoyé par Alhec Voir le message
    Et cette modification de l'ADN, elle se fait par magie? Elle n'est pas le résultat de l'action d'un ou plusieurs gènes suite à la malnutrition?
    Franchement là ce n'est qu'une bataille de mots ... Oui c'est ce qu'on appelle une interaction gène X environnement (mais en plus celle là est transmissible).
    Je reprends le schéma de penser:
    Malnutrition -> gène -> méthylation -> transmission à la descendance -> ETC ...
    Et toi toi tu dis que c'est toujours une modification génétique à l'origine du processus.
    Oui, mais à la base, qu'est-ce-qui a induit l'expression de ça?

    Avec ce type de raisonnement on retombe toujours sur nos pattes ...
    C'est comme dire qu'il n'y a pas d'effet culturel car finalement il faut des gènes pour répondre aux effet culturels (plasticité comportementale)... Ouais, au final avec ce raisonnement, ça marche tout le temps. Mais la seule question qu'il faut se poser c'est est-ce-que ça nous permet de faire des prédictions: Non. On ne peut pas faire des prédictions sur l'évolution de l'Homme par exemple en disant que ce sont les gènes qui sont à l'origine de ses multiples réponses comportementales face à stimuli qu’il reçoit.
    Pour l'épigénétique c'est pareil, c'est une bataille de mot.
    Une chose est sûre par contre: L'exemple de la malnutrition chez la souri est un exemple d'hérédité des caractères acquis. Une telle chose aurait été inconcevable il y a 50 ans. Moi je veux bien déjà commencer à parler de petite révolution dans le domaine.

    Citation Envoyé par Alhec Voir le message
    Toute l'idée est bien là, trouver une forme d'hérédité qui ne reposerait pas sur les séquences nucléotidiques.
    Ben on en connait quand même une majeure chez les grands singes, les oiseaux et surtout l'Homme: La culture.
    Rien en biologie n'a de sens, si ce n'est à la lumière de l'évolution - Dobzhansky

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