Moore's law vs biology

[jiherve]

Bonsoir
Piqué sur Physorg :
http://phys.org/news/2013-04-law-life-began-earth.html
cela laisse reveur.
JR
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[invite179e6258]

le problème avec cette idée que la croissance de la complexité est exponentielle, c'est que beaucoup de temps est passé dans les premiers stades, et que donc si le taux de croissance était légèrement différent aux débuts de la vie, l'erreur sur l'estimation de la date du démarrage peut être énorme. Bref, c'est de l'extrapolation à longue distance, pas fiable par nature. Mais c'est joli quand-même en tant qu'exercice.

[jiherve]

Re
la date est tout de même compatible avec ce que l'on sait des premières générations d’étoiles car il faut tout de même des éléments lourds pour faire du vivant.
Mais effectivement l'extrapolation est hardie.
Pour finir le papier invalide la formule de Drake, ce qui ne sera pas rien pour certains.
JR
désolé pour la faute de frappe dans le titre.

[invitec0b62935]

C'est à déplacer d'urgence dans la catégorie "humour" si il en existe une !

[A voir en vidéo sur Futura]

[invitec0b62935]

comme certains semblent prendre cet article au sérieux, je précise les points problématiques :

- Il y a des génomes largement plus grands que le génome humain, certains génomes de plantes ou d'amibes sont tellement grands qu'ils sortiraient du graphique par le haut.
- Il y a une énorme controverse sur la longueur du génome fonctionnel chez les eucaryotes supérieurs.
- On ne connait pas a lognueur du génome des premiers eucaryotes et encore moins des premières bactéries. On ne connait pas non plus la date d'apparition des eucaryotes. Autrement dit, sur cinq points il y en a quatre dont on ne connait pas la position et les auteurs se sont bien gardés de mettre les barres d'erreur sur les paramètres imprécisément connus.
- Tracer une droite passant par cinq points dont quatre qu'on peut positionner comme ça nous arrange, ce n'est pas très difficile et encore moins informatif. Surtout quand on peut choisir ces cinq points parmi des milliers de points et qu'on peut également garder ceux qui nous arrangent.
- Pourquoi la vie devait commencer par un génome de 1 nucléotide (ou 1000 ou 10^34) ?

Bon pour finir, je parlerais bien de crypto-finalisme mais je mettrais ça sur le compte de la maladresse de la part des auteurs.

[invite14397db8]

En même temps, c'est publié sur arXiv, pas dans une revue, je pense pas que ça passerait. Je me demande d'ailleurs si c'est autre chose qu'une distraction intellectuelle pour les auteurs.

Sinon, j'aime beaucoup ce genre de phrases, parce que on peut la réécrire pour d'autres groupes: "Evolution of advanced organisms has accelerated via development of additional information-processing systems: epigenetic memory, primitive mind, multicellular brain, language, books, computers, and Internet."

J'essaie
"Evolution of advanced organisms has accelerated via development of additional flower organs, reduction in flower size, diversification of flavors, use of lower organisms (animals) for seed dispersal"

Une autre

"Evolution of advanced organisms has accelerated via development of additional stinging cells and specialized cellular structures, high reproduction rate, no investment in useless neural system, different ecological niches exploitation according to development stage"

[invite32f57b05]

C'est déprimant ces trucs. Il aurait suffit aux auteurs de discuter 30mn avec un biologiste pour nous éviter ce grand n'importe quoi.
Moi qui suis biologiste, je ne prétends pas révolutionner la physique et réfuter les lois de la gravitation après avoir observé un oiseau en vol.

[Geb]

Bonjour,

Cette idée que la vie pourrait être apparue avant que la Terre se soit formée est un argument présenté par les partisans de la panspermie à la mode du XIXe siècle (il y a encore des partisans de cette hypothèse aujourd'hui), qui s'imagine encore que l'Univers n'a pas d'origine et donc, qu'il est éternelle (mettant à la poubelle la théorie du Big Bang par la même occasion). C'est pourquoi ces "chercheurs" (comme Rhawn Joseph) furent les premiers à faire ce type d'analyse bizarre qui semblaient justement en parfait accord avec leur hypothèse de départ.

Je tiens à dire que ce n'est sûrement pas le cas des deux chercheurs cités dans ce cas, mais en tout cas, il utilise la même technique biaisée et en tirent donc les mêmes conclusions.

le problème avec cette idée que la croissance de la complexité est exponentielle, c'est que beaucoup de temps est passé dans les premiers stades, et que donc si le taux de croissance était légèrement différent aux débuts de la vie, l'erreur sur l'estimation de la date du démarrage peut être énorme.

Il y a certains chercheurs qui pensent en tout cas que les premiers stades étaient qualitativement différents de la situation évolutive actuelle. Voir par exemple ici (en page 11 du pdf) :

On the origins of cells: a hypothesis for the evolutionary transitions from abiotic geochemistry to chemoautotrophic prokaryotes, and from prokaryotes to nucleated cells (Martin & Russell, 2003)

[...] This non-free-living universal ancestor would have found itself at the dawn of the biochemical revolution where genes and proteins were diversifying into a myriad of functions, where RNA and metal sulphide catalysts were being replaced by proteins, where new pathways and cofactors were being invented to augment and substitute their mineral and RNA precursors, where FeS from the mother lode was being incorporated into proteins as FeS clusters and where biochemistry started to diversify into the forms that were both possible and useful. From the standpoint of protein structure, this age of invention would have witnessed the origin of basic building blocks of biochemical function that: (i) are conserved at the level of a 3D structure among archaebacteria and eubacteria; and (ii) are recognizable as modules of function in various electron-transporting proteins as discussed by Baymann et al. (2003). From the standpoint of amino-acid sequence conservation, this age of invention would have been a phase of molecular evolution where proteins were diversifying (e.g. Habenicht et al. 1994) and getting better at what they do, rather than not getting worse at what they do, as is thought to be the case for the evolution of today’s proteins. Put another way, most modern proteins are thought to accept amino-acid substitutions because the new amino acid does not significantly impair the pre-existing function (neutral or nearly neutral molecular evolution). At the very beginning of protein evolution, positively selected mutations that improve the function of the protein might have been the rule rather than the exception, because without advantageous mutations, adaptive evolution cannot occur (Nei 1987). Accordingly, the mechanistic basis of sequence divergence among the most ancient proteins (intense positive selection) would differ fundamentally from that in recently diverged proteins (near neutrality). [...]

Ce qui signifie approximativement :

Cet ancêtre universel ne vivant pas librement se serait trouvé à l'aube de la révolution biochimique où les gènes et les protéines étaient en train de se diversifier en une myriade de fonctions, où les catalyseurs à ARN et en sulfures de métal étaient en train d'être remplacés par les protéines, où de nouvelles voies métaboliques et cofacteurs étaient en train d'être inventés pour surpasser en nombre et substituer leurs précurseurs minéraux et à ARN, où le FeS de la veine mère était en train d'être incorporé dans les protéines en tant que centres en FeS et où la biochimie a commencé à se diversifier dans les formes qui étaient à la fois possibles et utiles. Du point de vue de la structure des protéines, cet âge d'invention aurait été le témoin de l'origine des briques constituantes de base de la fonction biochimique qui :

- sont conservées au niveau de la structure 3D parmi les archéobactéries et les eubactéries ;
- sont reconnaissables comme modules de fonction dans divers protéines transporteuses d'électrons comme discuté par Baymann et al. (2003).

Du point de vue de la conservation de la séquence d'acides aminés, cet âge d'invention aurait été une phase d'évolution moléculaire où les protéines étaient en train de se diversifier (par exemple Habenicht et al., 1994) et de devenir meilleures à ce qu'elles font, plutôt que de ne pas devenir moins bonnes à ce qu'elles font, comme on pense que c'est le cas pour l'évolution des protéines d'aujourd'hui. Dit autrement, on pense que la plupart des protéines modernes acceptent les substitutions d'acides aminés parce que le nouvel acide aminé ne détériore pas significativement la fonction préexistante (une évolution moléculaire neutre ou presque neutre). Au tout début de l'évolution des protéines, des mutations sélectionnées positivement qui améliorent la fonction de la protéine pourraient avoir été la règle plutôt que l'exception, parce que sans mutations avantageuses, l'évolution adaptative ne peut avoir lieu (Nei, 1987). Par conséquent la base mécaniste de divergence de séquence parmi les protéines les plus anciennes (une sélection positive intense) diffèrerait fondamentalement de celle dans les protéines récemment divergées (proche de la neutralité).

Ce genre d'opinion tend à minimiser l'importance scientifique (et à critiquer la validité) des résultats discutés dans cette discussion

Cordialement.

[invite14397db8]

C'est déprimant ces trucs. Il aurait suffit aux auteurs de discuter 30mn avec un biologiste pour nous éviter ce grand n'importe quoi.
Moi qui suis biologiste, je ne prétends pas révolutionner la physique et réfuter les lois de la gravitation après avoir observé un oiseau en vol.

Les auteurs de l'article sont des biologistes, c'est ça qui est drôle.

[invite32f57b05]

Les auteurs de l'article sont des biologistes, c'est ça qui est drôle.

Richard Gordon, qui est il me semble à l'origine du truc, n'a pas une formation ni un cursus de biologie. Il a fait des études de maths et une thèse en physico-chimie. Ce genre d'approche grossière en matière de sciences de l'évolution est donc relativement excusable de sa part. Et ce n'est pas la première fois qu'il aborde un sujet avec ce genre de légèreté ; c'est plutôt un habitué. Je trouve pas contre inquiétant qu'il n'ait pas trouvé un interlocuteur capable de pointer l'incroyable faiblesse de son approche.