RNA pol et orientation spatiale

[gorben]

Bonjour à tous !

Chez une bacterie la RNA polymerase DNA dependante (RNAP pour la suite ) reconnait des séquences -10 et -35 puis s'y fixe (bon c'est pas aussi simple mais la n'est pas mon probleme...).

Imaginons une séquence normale, avec un promoteur fonctionnel (boite -10 et -35), et un ATG environ 50 pb en aval du +1 de transcription. Dans cette configuration le promoteur est fonctionnel et le gène est transcrit.
Maintenant, si je rajoute entre le +1 de transcription et l'ATG (environ 5 nt en aval du +1) un nombre de nucléotides suffisant pour forcer ma RNAP à se retrouver 1/2 tour d'helice (5 nt) ou un tour d'helice (10 nt) plus loin de l'ATG que sa position normale.
Pensez vous que cette modification spatiale de l'orientation de la RNAP sur le brin d'ADN pourrait influer sur l'efficacité de transcription?

Merci !
A+
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[pimd]

hum, le complex arn pol comprend plusieur helicase, donc quoi qu'il arrive on se retrouve avec de l'adn linearisé.

[Yoyo]

Salut

difficile de repondre sans faire l'experience, mais j'aurai tendance a penser que non.
Meme si l'orientation change du aux nt que tu ajoutes, cela n'influenceras pas l'effciacité car le brin trnscrit est defini par les signaux du promoteur. Donc la distance entre +1 de transcription et ATG n'a pas une influence directe sur l'efficacité de transcription a ma connaissance.
L'efficacité de traduction ne devrait pas non plus etre affectée, a condition que tu n'introduise pas de structure secondaire. En revanche tu vas peut etre avoir un effet sur la stabilité de l'ARNm... mais difficile a prévoir.

Yoyo

[gorben]

Salut,

Tu es sur qu'une ARN polymerase DNA dependante procaryote est associée à des hélicases??

Il me semblait que c'était les su B/B' qui s'occupaient de l'ouverture de l'ADN et de sa linearisation.

A+

[A voir en vidéo sur Futura]

[gorben]

Ok, merci pour ta réponse Yoyo, c'est bien ce que je pensais.
Je suis toujours preuneur de "preuves" si certains en ont.

A+

[pimd]

oui, pardon, l'activité helicase est apporté par un des élément du core enzyme ,pas par une proteine helicase specifique. (mea culpa, pas fait attention au contexte "dans une bacterie.." )