question sur les programmes de phylogénie
bonjour a tous
je voudrais appliquer a mes 25 sequences d adn de 685 bases des programmes tels que clustalw, dnapars, neighbor et fastdnaml.
plusieurs sites proposent ces programmes online mais tous ne me conviennent pas car je ne peux pas modifier l outgroup ou le bootstrap.
ma question est la suivante:
connaissez vous un site qui puisse me permettre d utiliser ces programmes avec ce type d options?
merci d avance
Kiz
Bonjour,
mes dernières manip de bioinfo commencent à dater, mais il me semble que les programmes dont tu parles existent en version téléchargeable, avec le code accessible. C'est possible qu'une fois installé sur ton ordinateur, tu aies accès à plus d'options que sur les version en ligne.
J'utilisais une version de cluctalw installée sur un Mac pour faire mes alignement de protéines et je pouvais choisir le nombre de bootstrap et l'outgroup.
Je viens de trouver CLUSTALW à télécharger sur le site de l'EBI. A mon avis, le logiciel doit être complet, avec toutes les options.
Tu trouveras surement les autres programmes sur ce site, c'est quand même une des plus grosses plate-formes de bioinfo.
Bonne recherche,
Annaïck.
Salut
Pour le groupe extérieur, tu peux sortir un ".tre" et a aller l'ouvrir avec "treeview" qui se télécharge facilement (voir google). Les ".tre" sont des fichiers a paranthèse tout bete :
(((1,2),3),4) etc etc...
Avec treeview tu peux modifier la racine facilement.
Pour le boostraping que veux tu faire j'ai pas compris ???
A+
J
merci pour cette reponse rapide
je connais le programme dont tu parles, mais mon probleme se situe en fait plus en amont. je vais essayer d etre plus precis cette fois ci.
J ai une vingtaine de sequences d adn sur laquelle je voudrais executer un programme de parcimonie (tel que dnapars), un programme de maximum de vraisemblance (tel que fastdnaml), et un programme de calcul des distances (tel que neighbor).
Pour chacune de ses methodes, je souhaite preciser l outgroup et le boostrap (que je souhaite a 1000)
Mon probleme est de trouver un site internet qui me permette de faire toutes ces operations simplement et facilement. je n ai trouve que des sites qui font une partie de ces programmes et generalement je ne peux pas modifier le bootstrap ou l outgroup
voila si quelqu un a une solution, je l ecouterai avec plaisir.
merci en tout cas
Ok tu peux utiliser le package phylip ou tu devrais trouver tout ça :
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html
A+
J
Merci encore pour cette reponse rapide
J ai deja philip sur mon ordinateur mais je n obtiens pas les resultats que je souhaite. et je crois pourtant savoir le faire marcher (saut peut etre l histoire du text only format que je n arrive pas a appliquer, et je suis oblige de passer par un site japonnais pour avoir le bon format).
Je veux dire par la que je peux utiliser les differents programmes de phylip mais au bout du compte je n ai pas un arbre avec un bootstrap de 1000 et un outgroup indiques sur l arbre.
Est ce que tu as deja utiliser phylip? as tu obtenu des arbres tels que je les desire? en plus je suis a peu pres sur que tout le monde utilise phylip alors je comprends pas pourquoi avec moi ca me donne pas ce que je veux...
En tout cas encore merci pour reflechir a mon probleme (que je traine depuis des mois maintenant...)
Oui je suis un utilisateur extensif de phylip.
Pour le textonly je vois pas de quoi tu parles, tu parles du fichier d'entrée ???
Pour le choix de l'outgroup, de tete c'est l'option O. Pour le sampling du boostrap dans seqboot c'est l'option R.
A+
J
ca c est de la reponse rapide! ca fait plaisir de voir que des gens sont prets a nous aider! merci pour tout!
plus de details sur mes problemes
tout d abord par rapport a l histoire du text only format, je parle effectivement du fichier d entree. je ne sais pas creer un fichier de ce type sans passer par le site japonnais http://align.genome.jp/ dont je parlais plus haut. Dans la faq de phylip, il est ecrit :
question:
"I make a file called infile and then the program can't find it!"
reponse:
Let me guess. You are using Windows, right? You made your file in Word or in Notepad or WordPad, right? If you made a file in one of these editors, and saved it, not in Word format, but in Text Only format, then you were doing the right thing. But when you told the operating system to save the file as infile, it actually didn't. It saved it as infile.txt. Then just to make life harder for you, the operating system is set up by default to not show that three-letter extension to the file name. Next to its icon it will show the name infile. So you think, quite reasonably, that there is a file called infile. But there isn't a file of that name, so the program, quite reasonably, can't find a file called infile. If you want to check what the actual file name is, use the Properties menu item of the File item on your folder (in Windows versions, anyway). You should be able to get the program to work by telling it that the file name is infile.txt.
voila. mon premier probleme est de creer ce fichier au format text only.
sinon j ai bien repere les commandes a faire pour avoir le bootstrap et l outgroup. mais le resultat obtenu ne correspond pas a ce que je demande. je veux dire par la que l outgroup n est pas le bon et/ou le bootstrap n est pas indique sur l arbre.
ceci est valable pour dnapars et neighbor.
alors le probleme vient il de mes sequences? ou de l experimentateur?
merci d avance
Si je comprends bien tu fais un clustal pour aligner tes séquences. Normalement tout les clustal quelques soit la version sorte un fichier de sortie utilisable par phylip !Envoyé par Kiz
Bon déjà si sur ton site japonais ca marche, c'est déjà ça. Au pire tu édites ton fichier avec wordpad, les fichiers phylip c'est tout simple.
C'est pas les séquences le pb. Normalement seqboot te sort un fichier de sortie avec le resampling, tu retraites ce fichier avec ton programme de phylogénie et là tu sors 2 fichier : "outfile" et "outtree". Copie/colle un bout de ces 2 fichiers ici même qu'on voit leur tete stp.sinon j ai bien repere les commandes a faire pour avoir le bootstrap et l outgroup. mais le resultat obtenu ne correspond pas a ce que je demande. je veux dire par la que l outgroup n est pas le bon et/ou le bootstrap n est pas indique sur l arbre.
ceci est valable pour dnapars et neighbor.
alors le probleme vient il de mes sequences? ou de l experimentateur?
merci d avance
Ensuite tu fais quoi avec ces 2 fichiers ???
A+
J
oui avec le site japonnais et une petite bidouille je m en sors, disons que c est pas le probleme le plus urgent (ca le deviendra si le site ne fonctionne plus!)
mais le probleme vient peut etre de seqboot car je n utilise pas ce programme... voila dans les grandes lignes les programmes que j utilise et leur enchainement:
1. clustal W puis dnapars puis drawgram
2. clustal W puis dnadist puis neighbor puis drawgram
3. clustal W puis dnaml puis drawgram
je viens de verifier sur phylip. j ai bien la possibilite de choisir l outgroup pour ces differents programme mais pas de faire un bootstrap. se pourrait il qu en fait je sois oblige de passer par seqboot en premier? serait ce la solution a mes problemes?
merci d avance
j ai essaye seqboot mais ca donne pas un meilleur resultat...
j en profite pour demander ce que signifie : random number seed (must be odd)
je trouve ca dans tous les programmes pour le bootstrap mais je n ai trouve aucune information a ce sujet...
merci d avance John78
je joins le seul fichier que m a donne seqboot. j ai change deux parametres: le nombre de bootstrap (que j ai mis a 1000), et le random number seed que j ai mis a 999 (sans savoir ce que c est!)
edit: bon mon fichier est semble t il bien trop gros (25 Mo) pour etre mis en piece jointe...
bon...
personne pour m aider?
tant pis pour moi
merci quand meme pour ces premieres solutions
merci annaick, je viens seulement de voir ton message! (je suis pas au point non plus avec les forums!). je vais voir ce lien si j ai de meilleurs resultats.
merci en tout cas!
