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alignement de séquences



  1. #1
    calypso26

    alignement de séquences


    ------

    Bonjour!
    J'ai une question de bio-informatique: avec certains sites on peut chercher des orthologues et faire des alignements de séquence. Lorsque ces séquences sont alignées on peut voir le match dessous: une * quand c'est un match parfait, mais aussi des . et : dont je connais pas la signification.
    Quelqu'un en sait-il un peu plus?
    Je vous remercie d'avance!

    -----

  2. #2
    Guillmot

    Re : alignement de séquences

    hello,

    Renseigne toi sur les Blast, tu as des tutos sympas sur le net
    Compte à supprimer

  3. #3
    mantOs

    Re : alignement de séquences

    Tutorial ClustalW :

    Citation Envoyé par FAQ clustalW
    CONSENSUS SYMBOLS:

    An alignment will display by default the following symbols denoting the degree
    of conservation observed in each column:

    "*" means that the residues or nucleotides in that column are identical in all
    sequences in the alignment.

    ":" means that conserved substitutions have been observed, according to the
    COLOUR table above.

    "." means that semi-conserved substitutions are observed.
    Plus de détail sur la FAQ en allant sur cette page et click sur "New users, please read the FAQ."
    http://www.ebi.ac.uk/clustalw/#

    Perso pour moi le ":" signifie qu'on a des résidus différents mais aux propriétés physico-chimiques semblables.
    Desole pour l'absence d'accentuation, je suis sur clavier QWERTY.

  4. #4
    calypso26

    Re : alignement de séquences

    Merci beaucoup! Il y a un diagramme sympa qui montre les relations physico-chimiques entre les acides aminés.
    Bon aprèm!

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