alignement de séquences

[invited47ed9bb]

Bonjour!
J'ai une question de bio-informatique: avec certains sites on peut chercher des orthologues et faire des alignements de séquence. Lorsque ces séquences sont alignées on peut voir le match dessous: une * quand c'est un match parfait, mais aussi des . et : dont je connais pas la signification.
Quelqu'un en sait-il un peu plus?
Je vous remercie d'avance!
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[invite4b0a59dd]

hello,

Renseigne toi sur les Blast, tu as des tutos sympas sur le net

[invite4ff72fd5]

Tutorial ClustalW :

CONSENSUS SYMBOLS:

An alignment will display by default the following symbols denoting the degree
of conservation observed in each column:

"*" means that the residues or nucleotides in that column are identical in all
sequences in the alignment.

":" means that conserved substitutions have been observed, according to the
COLOUR table above.

"." means that semi-conserved substitutions are observed.

Plus de détail sur la FAQ en allant sur cette page et click sur "New users, please read the FAQ."
http://www.ebi.ac.uk/clustalw/#

Perso pour moi le ":" signifie qu'on a des résidus différents mais aux propriétés physico-chimiques semblables.

[invited47ed9bb]

Merci beaucoup! Il y a un diagramme sympa qui montre les relations physico-chimiques entre les acides aminés.
Bon aprèm!

[A voir en vidéo sur Futura]