Promoteurs bactériens "forts"

[invite153e7487]

Salut,

Je tente le forum, au cas où un fidèle procaryotiste ami laisse trainer ses pattes pleines de MgSO4 sur le forum

Je voudrais réaliser des constructions plasmidiques contenant des promoteurs fortement régulés et activés chez la bactérie modèle E. coli devant des gènes rapporteurs afin d'étudier l'effet de certains "stress".

Comment pourrais-je faire pour trouver les promoteurs les plus "forts" chez E. coli (forte induction, bon consensus de sigmas, etc.) ? Existe-t-il des études les listant ou autre ? Je ne m'y connais pas bien en bioinformatique, la disponibilité et la variété des bases de données m'échappe encore. Connaissez vous un moyen ? Des publis ?

Je pense aux promoteurs des gènes codant les Usp, CsgD, CRP, H-NS, fnr, arcA, etc; mais ce sont juste des idées, j'aimerais avoir des infos plus claires...

Merci beaucoup pour votre aide !

T.
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[invitee8b3f97e]

Salut ami procaryotiste ! Je viens en paix, conduis-moi à ton chef

La base de données dans laquelle tu trouveras sans doute ton bonheur est le ncbi (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Cherche les publis parlant des gènes que tu cites, avec la mention "operon" pour avoir des infos plus larges.

Les sites et catalogues des fournisseurs de matériel biologique (Sigma, Qbiogen...) peuvent aussi fournir indirectement ce genre d'information : regarde quels sont les promoteurs qu'ils incluent dans lse plasmides vendus.

Je vois que tu travailles sur le stress bactérien. Cherches tu un promoteur qui répondrait à un stress précis ?

[Yoyo]

salut

Pourquoi n'utilises tu pas le promoter T7 reguler par l'IPTG? la seule contrainte est d'utiliser une souche de coli lyzogene pour le t7 (BL21 par expl).
c'est un promoteur tres fort

yoyo

[invitef798c617]

Salut,

Je tente le forum, au cas où un fidèle procaryotiste ami laisse trainer ses pattes pleines de MgSO4 sur le forum

Je voudrais réaliser des constructions plasmidiques contenant des promoteurs fortement régulés et activés chez la bactérie modèle E. coli devant des gènes rapporteurs afin d'étudier l'effet de certains "stress".

Comment pourrais-je faire pour trouver les promoteurs les plus "forts" chez E. coli (forte induction, bon consensus de sigmas, etc.) ? Existe-t-il des études les listant ou autre ? Je ne m'y connais pas bien en bioinformatique, la disponibilité et la variété des bases de données m'échappe encore. Connaissez vous un moyen ? Des publis ?

Je pense aux promoteurs des gènes codant les Usp, CsgD, CRP, H-NS, fnr, arcA, etc; mais ce sont juste des idées, j'aimerais avoir des infos plus claires...

Merci beaucoup pour votre aide !

T.

bonjour,
quel est le but de ta construction?
- régulation
- transcriptome
- contrôle interne

les promoteurs forts de K12 sont rarement les mieux régulés,
donc tout dépend ce que tu veux faire et quel taux d'induction tu anticipes,
si c'est 2x alors il faut un promoteur hyper stringent,
si c'est 3 logs alors il peut être un peu leaky c'est pas génant...

pour une étude physio éviter en tout cas:
- toute la série lac/tac/trp/trc et autres hsp
- tous ceux utilisés en surproduction protéique/RNA en particulier T4/T7
- les vecteurs multicopy de la famille colE1 (oui je sais c'est 99% des vecteurs courants).

suggestion:
un coup d'oeil aux études de transcriptomes,
à mon avis chez K12 tout ce qu'on voulait regarder avec des chips a déjà été étudié...

bonne chasse!
Hiro

[A voir en vidéo sur Futura]

[gorben]

Salut,

Juste pour completer un peu la reponse de Hiro, on etudie generalement pas la reponse a un stress en piochant au hasard un promoteur parmi les quelques 3 ou 4000 du geneome d'E. coli.

Ensuite, si tu dois vraiment choisir un promoteur, je te conseillerai de choisir ceux des facteurs sigma-alternatifs, ce sont ceux qui sont les plus susceptibles d'etre regules lors d'un stress (mais la reponse au stress est deja bien connue).

A+

[invite2a651650]

Je voudrais réaliser des constructions plasmidiques contenant des promoteurs fortement régulés et activés chez la bactérie modèle E. coli devant des gènes rapporteurs afin d'étudier l'effet de certains "stress".

bonjour,

peut etre serait-il bon de regarder vers les promoteurs des protéines chaperones bactériennes, style DnaK et autres.
ces gènes sont fortements régulés aux cours de stress au niveau transcriptionnel.

bon, reste à savoir si ton/tes stress activeront ce promoteur.